基于网络药理学探讨黄芪-川芎药对对糖尿病周围神经病变作用机制的研究

目的系统探讨黄芪-川芎(QX)药对治疗糖尿病周围神经病变(DPN)的关键靶点及作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄芪-川芎的主要有效成分及作用靶点,通过GeneCard数据库检索DPN的主要靶点,然后通过R语言绘制Venn图得出QX治疗DPN的共同靶点;利用Cytoscape 3.7.1软件构建中药-成分-疾病-靶点调控网络,然后通过String数据平台建立PPI网络,最后利用Bioconductor平台和R语言进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果 QX中发挥治疗DPN的成分主要是槲皮素、山柰酚、叶酸、谷甾醇等19个活性成分;发挥治疗作用的靶点可能包括PTGS2、NOS2等69个关键靶点;影响治疗DPN的生物学过程主要为细胞因子活性、细胞因子受体结合等93个条目;发挥治疗的关键作用通路包括AGE-RAGE信号通路、IL-17通路等143个通路。结论 QX对DPN的治疗作用体现了中药多成分-多靶点-多通路的特点,提示其作用机制可能是通过多成分、多靶点、多通路实现,为进一步探讨QX对DPN的治疗和作用机制提供了思路和依据。     

基于网络药理学探讨青蒿治疗人急性髓系白血病作用机制

目的探究青蒿治疗人急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)的作用机制。方法根据口服生物利用度(OB)和类药性(DL)从中药系统药理学技术平台(TCMSP)中筛选出青蒿的活性成分、作用靶点,在GeneCards数据库中寻找急性髓系白血病相关靶点,将青蒿作用靶点与AML相关靶点取交集,筛选出青蒿治疗AML的活性成分及作用靶点。借助Cytoscape 3.7.2软件,构建青蒿活性成分-作用靶点网络,选出关键化合物。通过String平台构建靶蛋白相互作用网络(PPI),选出关键靶点。通过DAVID在线分析平台,对靶点基因进行GO富集分析和KEGG代谢通路分析。结果从青蒿中筛选获得22个有效活性成分,104个作用靶点,与AML有关的作用靶点94个,关键靶点14个,通路涉及免疫调节、细胞凋亡、氧化应激等,这些作用通路可能是青蒿防治AML的活性途径。结论初步研究了青蒿治疗AML的作用机制,青蒿具有多成分、多靶点的特点,可以通过多个靶点、多条通路来发挥治疗AML的作用。     

基于网络药理学研究川芎治疗冠心病的作用机制

目的基于网络药理学研究川芎治疗冠心病的作用机制。方法以化合物口服药物生物利用度(OB)和类药性(DL)为标准,根据中药系统药理学技术平台(TCMSP)等数据库预测和筛选川芎化合物及治疗冠心病的作用靶点。然后,Cytoscape 3.5.1软件构建川芎化合物-靶点网络,String平台构建靶点蛋白相互作用网络,生物学信息注释数据库(DAVID)对靶点基因进行GO富集分析及KEGG通路分析。结果从川芎中筛选得到7个化合物,作用于31个冠心病靶点,关键靶点包括血管性血友病因子、凝血因子2、跨膜受体蛋白1、心肌细胞增强因子2 A、超氧化物歧化酶1、氧化氮合酶2等,参与对缺氧的反应、对过氧化氢的反应、血压调节、心脏发育、凝血功能等生物过程,调节补体级联与凝血级联、缺氧诱导因子-1信号通路、过氧化物酶体等代谢通路。结论川芎可能主要通过抗氧化、抗炎、抗凝血、促进血管生成、扩张血管、调节血压等方面来治疗冠心病。     

基于网络药理学探讨青蒿琥酯治疗获得性免疫缺陷综合征的作用机制

目的 通过网络药理学分析青蒿琥酯治疗获得性免疫缺陷综合征(acquired immunodeficiency syndrome, AIDS)的靶点及信号通路探索其发挥作用的潜在机制。方法 利用Pharmmapper及SwissTargetPrediction数据库检索青蒿琥酯相关的蛋白质靶点,检索GeneCards、OMIM、TTD及DRUGBANK数据库中AIDS的潜在靶点,应用韦恩图获取青蒿琥酯-AIDS交集靶点,通过String平台构建蛋白互作网络模型,应用Cytoscape中MCODE插件进行模块化分析,通过DAVID平台对其生物学过程及代谢通路进行富集分析。结果 获取青蒿琥酯靶点333个,AIDS相关靶点1040个,青蒿琥酯治疗AIDS潜在作用靶点85个,通过String平台获得青蒿琥酯-AIDS靶点PPI网络共85个节点562条连接,筛选出雌雌激素受体1(estrogen receptor 1,ESR1)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)、核受体亚家族3C组成员1(nuclear receptor su...     

当归-川芎药对治疗阿尔茨海默病的生物信息学、网络药理学分析

目的 通过生物信息学、网络药理学探讨当归-川芎药对治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制.方法 检索GEO数据库,获得GSE5281基因表达谱,对AD进行差异表达基因筛选分析.应用中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库,筛选出药对中的潜在化学活性物质及相关靶点蛋白.借助Cytoscape(3.7.2)软件构建"药物-疾...     

脑型疟研究新进展

脑型疟(cerebral malaria,CM)是恶性疟原虫感染所致神经系统并发症,严重危及生命,CM死亡率高,生存的患者持续的脑损伤可表现为长期的认知功能障碍。CM的主要病理学特征是感染疟原虫红细胞(parasitised red blood cells,pRBC)在脑微血管中的滞留、脑实质中的点状、环状出血,以及广泛的脑内皮细胞活化、局灶性内皮细胞损伤和坏死等。但其发病机制至今尚不明确。目前研究认为,脑型疟的发病机制主要包括:pRBC黏附、炎症反应级联、血管渗漏性损伤、脑部缺血缺氧等。研究表明,目前用作CM诊断和预后的生物标志物有(C-X-C motif chemokine ligand 10,CXCL10)、(CXC chemokine ligand 4,CXCL4)、血管生成素(angiopoietin,Ang)等。该文梳理了近年来脑型疟基础及临床研究、药物研究的最新文献,着重从细胞因子、免疫细胞、调控因子、相关生物标志物等方面系统总结近3年脑型疟炎症及免疫机制相关研究进展,为相关研究提供参考。     

传统抗疟中药青蒿-常山抗过早搏动的网络药理学研究

目的基于网络药理学的研究方法探讨传统抗疟中药青蒿-常山抗过早搏动(premature beat)的作用机制。方法运用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP数据库)和相关文献检索并筛选青蒿-常山活性化学成分及相关靶点蛋白,通过Uniport数据库将靶点蛋白名转化为靶点基因名。构建青蒿和常山活性化学成分-靶点网络。在Gene Cards和OMIM数据库检索过早搏动疾病的相关靶点基因,并构建疾病-靶点网络。筛选出青蒿-常山活性化学成分直接作用于过早搏动疾病的靶点。将直接作用靶点输入STRING数据库进行蛋白相互作用,获得并分析蛋白互作网络;将直接作用靶点输入DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果筛选出青蒿22个活性化学成分,常山18个活性化学成分。获得青蒿靶点蛋白510个,常山靶点蛋白202个,通过Uniport数据库转化为基因名并去除重复获得青蒿-常山靶点基因110个。在OMIM,Gene Cards数据库中筛选出过早搏动疾病靶点基因971个。进一步筛选出青蒿-常山直接作用靶点43个。通过STRING数据库的蛋白互作网络,筛选出关键靶点。运用DAVID数据库的GO功能分析获得244个富集结果,涉及生物过程、细胞组分、分子功能; KEGG分析获得50个相关通路。结论通过网络药理学对传统抗疟中药青蒿-常山的研究表明,青蒿-常山可通过多成分-多靶点-多通路对过早搏动具有治疗作用,为进一步解释和阐述青蒿常山抗过早搏动可能的作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学的“川芎-延胡索”药对作用机制研究

目的:运用网络药理学理念和技术研究"川芎-延胡索"药对的主要活性成分、靶点和药理学作用机制。方法:通过检索中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库,结合口服生物利用度和类药性分析,筛选出川芎和延胡索的主要成分、靶点信息,采用Cytoscape软件构建活性成分-作用靶点网络,获取的靶点信息,筛选核心靶点。利用DAVID在线分析工具对靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路分析。结果:从"川芎-延胡索"药对中筛选得到58个主要活性成分相关作用于靶点220个,主要涉及在癌症、信号传导、免疫、细胞通讯及凋亡等生物学过程中的多条信号通路。结论:本研究初步揭示了"川芎-延胡索"药对的主要活性成分、靶点及协同作用机制,为进一步深入探讨其药理学作用提供了参考。     

基于网络药理学研究脑血疏口服液治疗脑出血的作用机制

目的 基于网络药理学研究脑血疏口服液治疗脑出血的作用机制.方法 利用TCMSP数据库,筛选出脑血疏口服液的活性成分.通过DisGeNET、Genecards数据库,筛选出脑出血疾病相关的靶点,两者取交集得到相同的靶点.将交集基因用David软件进行GO注释分析和KEGG通路分析.采用Cytoscape3.7.1软件,建...     

基于网络药理学与体外实验探讨川芎活性成分治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的 运用网络药理学和体外细胞实验探究川芎活性成分治疗缺血性脑卒中的潜在作用机制。方法检索TCMSP数据库、Genecards数据库、Drugbank数据库等及相关文献,获得川芎活性成分、作用靶点及缺血性脑卒中相应疾病靶点,并将作用靶点与获得的疾病靶点的交集作为潜在靶点;利用String平台,对潜在靶点构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络;采用R语言软件包对潜在靶点进行基因本体（Gene ontology,GO）功能及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析,然后使用Cytoscape软件分析其网络拓扑结构,筛选其核心靶点,并进行分子对接验证。在此基础上,通过CCK-8法检测川芎中的活性成分对缺氧缺糖/再灌注损伤细胞模型的作用,免疫印迹法（Western blot）验证川芎单体成分对相关靶点蛋白的影响。结果 川芎治疗缺血性脑卒中的主要潜在活性成分有16个;药物-疾病靶点有53个;涉及的信号通路主要有神经元神经活性配体-受体相互作用信号通路、钙离子信号通路、血管内皮生长因子信号通路等;关键核心靶点与活性成分藁...     

青蒿有效部位及其成分的解热作用研究

目的:观察青蒿提取物有效部位及其主要成分对大鼠的解热作用。方法:采用鲜酵母致大鼠体温升高的模型,观察青蒿有效部位及其成分对大鼠体温的影响。结果:青蒿中的有效部位(BJQH-A)及主要成分(青蒿乙素、青蒿酸、东茛菪内酯)对鲜酵母致大鼠体温升高具有明显的解热作用。结论:青蒿中含有多个具有解热作用的成分,它们的作用强度、起效时间和作用维持时间各有差别,青蒿的解热作用可能是其活性成分群整合作用的结果。     

青蒿道地药材研究综述

青蒿入药有2 000多年的历史,根据现代研究结果推断,1 700多年前的《肘后备急方》中所记治疗疟疾的青蒿应该来源于黄花蒿。基于本草资料从治疗暑热、截疟等方面,青蒿的道地产区应在历史上的荆州(今湖北)及其周边地区;从抗疟成分青蒿素含量高低的角度,青蒿道地产区应在重庆、广西及周边省份。研究表明:黄花蒿在秋季花盛开时采收,抗疟用青蒿素含量较高;黄花蒿放置半年后青蒿素可降解30%左右,一般需放置阴凉干燥处贮藏。野生黄花蒿具有丰富的遗传多样性,在试验田选育出的黄花蒿其青蒿素质量分数最高可达2%。     

基于XML树图差异度算法的青蒿鉴定

目的:研究并创建可扩展标记语言(XML)树图差异度算法,为中药青蒿鉴定研究提供新工具。方法:结合文献研究筛选中药青蒿"宏观、中观、微观"(简称"宏、中、微")等关键信息。在关键信息的基础上,引采国内外专业领域相关上位标准,为每个数据元分配与语言无关的唯一标识,建立相关数据元编码规则。将数字化编码技术应用在弹性结构编辑器上,创建返回格式为第5版超文本标记语言(HTML5)或XML树图。在差异度相关算法的基础上,创新研制同时兼顾拓扑和语义的中药青蒿XML树图差异度算法,并建立青蒿相关数学函数表达模型,通过计算结果与现实实际的对比,不断调试算法模型,直至核涵算法模型收敛。结果:通过对差异度算法研究可对XML树图进行两两间差异度比较计算,最终优化确立中药青蒿的鉴定模型,经测试树图计算分析该模型有效率达100%。结论:创建的XML树图差异度算法能够有效辅助鉴定中药青蒿,为中药领域智能化应用研究的开展提供了一定的技术支撑与理论指导。     

青蒿化学成分生物合成、体内分析及药代动力学研究进展

青蒿为传统的清虚热要药,因其为抗疟特效药青蒿素的唯一天然产物来源而受到了全世界广泛的关注.除青蒿素外,青蒿还包含倍半萜、黄酮、香豆素、挥发油和多糖等其他化学成分,具有解热、抗炎、抗病原微生物、抗哮喘、抗氧化、抗肿瘤等多种药理活性.有些成分除自身具有药理活性外,还可通过不同的机制在体内吸收和代谢等环节协同增强青蒿素的抗疟...     

An Exploration in the Potential Substance Basis and Mechanism of Chuanxiong Rhizoma and Angelicae Dahuricae Radix on Analgesia Based on Network Pharmacology and Molecular Docking

Objective: The objective was to study the potential substance basis and action mechanism of Chuanxiong Rhizoma(CX) and Angelicae Dahuricae Radix(AD) on analgesia through network pharmacology and molecular docking. Materials and Methods: The active components and targets of CX and AD and pain-related genes were retrieved through Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform(TCMSP) and GeneCards database. Then, the co-action targets were found, protein–protein interaction network was constructed by the String database. The Cytoscape 3.7.1 was used to construct "CX-AD-active components-pain" network. Further enrichment analysis of Gene Ontology(GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG) was carried out to predict its mechanism of action, the top four active components in the network were docked with the targets. Results: There are 26 compounds, 45 targets in the network. Among them,(Z)-ligustilide and beta-sitosterol, respectively, have more potential targets in CX and AD, and prostaglandin-endoperoxide synthase(PTGS2), PTGS1 have more ligands. GO analysis shows that molecular functions of CX and AD mainly performed through the G protein-coupled amine receptor activity, adrenergic receptor activity, and catecholamine binding. KEGG analysis indicates that they could exert analgesic effect on the pathways of regulating neuroactive ligand-receptor interaction, serotonergic synapse, and cGMP-PKG signaling pathway. Molecular docking results show that the active compounds are highly compatible with the structure of the protein receptor, and they interact through the hydrogen bond and π–π bond between the ligand and the active site residues. Conclusions: Through network pharmacology and molecular docking, this study preliminarily revealed the main active components, targets, and potential regulation network of CX and AD, providing a reference for the subsequent experimental research.     

青蒿药材、饮片、标准汤剂与配方颗粒的特征图谱相关性研究及量值传递分析

目的 建立青蒿药材、饮片、标准汤剂与配方颗粒的高效液相色谱法（HPLC）特征图谱,同时测定酚酸类、香豆素类成分的含量,考察四者之间化学成分的传递与差异。方法 采用CORTECS T3色谱柱（150 mm×4.6 mm,2.7 μm）,以甲醇（A）-0.1%磷酸水溶液（B）为流动相梯度洗脱,检测波长为340 nm,流速为0.70 mL·min^–1,柱温为20 ℃。以含量、特征图谱共有峰传递数及相似度为主要评价指标,分析其量值传递规律。结果 15批青蒿药材、饮片、标准汤剂及3批配方颗粒特征图谱均呈现25个共有特征峰,与各自对照特征图谱相似度均大于0.90,指认出新绿原酸、绿原酸、隐绿原酸、咖啡酸、1,3-O-二咖啡酰奎宁酸、东莨菪内酯、3,5-O-二咖啡酰奎宁酸、4,5-O-二咖啡酰奎宁酸8个成分并测定其含量,未出现离散数据。结论 青蒿药材、饮片、标准汤剂与配方颗粒的主要化学成分基本相同,HPLC特征图谱相关性良好,8个成分在测定范围内线性关系良好。所建立的质量评价模式能够反映青蒿4种形态多成分的整体面貌,可为青蒿配方颗粒质量控制提供数据支撑。     

基于网络药理学分析调肝益气定悸药对甘松-仙鹤草治疗心律失常的分子机制

目的:利用网络药理学方法和分子对接探讨调肝益气定悸药对甘松-仙鹤草治疗常见心律失常室性期前收缩(PVCs)的物质基础和作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)结合相关文献筛选甘松、仙鹤草的化学成分及其靶点。借助人类基因数据库(GeneCards),在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM),DrugBank数据库寻找治疗PVCs的潜在靶点。通过STRING平台进行蛋白质相互作用分析。利用Metascape平台进行基因本体(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用Cytoscape 3.8.0软件,构建甘松-仙鹤草药对化学成分-潜在靶点-信号通路网络。利用AutoDock 4.2.6将主要靶点蛋白与甘松-仙鹤草活性成分进行分子对接。结果:甘松-仙鹤草药对中槲皮素、山柰酚、金合欢素等9种活性成分治疗PVCs的靶点主要涉及肿瘤坏死因子(TNF),丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1),蛋白激酶B1(Akt1)等。其潜在靶点主要富集在癌症通路(pathways in cancer),高级糖基化终末产物/高级糖基化终末产物受体信号通路(AGE/RAGE signaling pathway in diabetic complications)等26条相关信号通路。分子对接结果显示该药对大部分活性成分(92.59%)与主要靶点蛋白TNF,MAPK1,Akt1的结合活性较好。结论:甘松-仙鹤草药对中多种活性成分可通过多靶点、多通路的干预,发挥调节心肌离子通道、抗炎症、抗氧化应激等作用以治疗PVCs,同时还可通过抑制单胺氧化酶活性、抗神经损伤等改善抑郁、焦虑相关症状。为进一步探索其治疗PVCs的物质基础及作用机制提供了研究思路和理论基础。     

青蒿渣中总多糖提取工艺及其抗氧化活性

目的:优选青蒿渣中总多糖的提取工艺参数并探究其抗氧化能力。方法:以液料比、提取温度、提取时间为自变量,总多糖得率为因变量,利用响应面法优选青蒿渣总多糖的超声提取工艺。通过清除1,1-二苯基-2-苦基肼自由基、清除羟自由基及油脂抗氧化试验,与抗坏血酸的抗氧化能力进行比较,评价青蒿渣总多糖的抗氧化能力。结果:最佳提取工艺条件为液料比30∶1,提取时间30 min,提取温度70℃;青蒿渣总多糖提取率1.773 3%。青蒿渣总多糖的抗氧化能力随质量浓度的增大而增强,其清除羟自由基的能力较抗坏血酸强,两者的半抑制浓度分别为(164.26±0.84),(214.89±0.18)mg·L-1。结论:优选的提取工艺稳定可靠,青蒿渣总多糖具有一定抗氧化能力,为青蒿资源的综合利用提供参考。     

基于网络药理学的射干-麻黄药对治疗支气管哮喘的分子机制探讨

目的:基于网络药理学分析射干-麻黄药对治疗支气管哮喘的有效活性成分,预测其作用靶点,并探讨其潜在作用机制。方法:用中药系统药理学数据库(TCMSP)平台收集射干-麻黄药对的活性成分及预测相应的作用靶点;采用STRING数据库与Cytoscape软件构建药物-活性成分-靶点网络和蛋白互作网络,通过Cluster Profiler和Clue GO对核心靶点的生物功能和代谢通路进行富集。最后把候选作用靶点映射在京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路图上进行分析。结果:通过口服生物利用度(OB)和类药性(DL)两个参数筛选得到38个有效活性成分,包括木犀草素(luteolin),豆甾醇(stigmasterol),香木叶素(diosmetin),柚皮素(naringenin),槲皮素(quercetin),鸢尾甲黄素A(iristectorigenin A),异鼠李素(isorhamnetin)等,与疾病相关的候选作用靶点共214个,该文首要分析核心靶点55个,包括RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Akt1),肿瘤坏死因子(TNF),分裂原活化蛋白激酶1(MAPK1),血管内皮生长因子A(VEGFA),白细胞介素-10(IL-10),核转录因子-κB抑制因子α(NFKBIA)等,并富集得到多条相关的基因本体(GO)功能和KEGG通路。结论:射干-麻黄药对可能是通过调控Th1和Th2,Th17等细胞分化,Asthma,IL-17,磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/Akt,MAPK,NF-κB,VEGF等信号通路,干预细胞代谢的多个过程,抑制促炎因子的基因表达,发挥治疗支气管哮喘的作用。     

基于网络药理学麻黄治疗肺炎的作用机制研究

目的基于网络药理学分析麻黄治疗肺炎的作用机制。方法使用TCMSP数据库收集麻黄的活性成分及靶点,通过uniprot网站筛选基因名称。使用Genecards及OMIM数据库筛选肺炎相关基因并与麻黄靶基因取交集。使用string网站构建蛋白互网络(PPI网络),并使用Cytoscape软件构建"麻黄-靶蛋白-靶基因-肺炎"网络,最后使用RGUI软件中CludterProfiler包进行GO富集分析和KEGG代谢通路分析。结果筛选麻黄靶点及靶基因得到21个成分的234个靶基因名称,与肺炎相关基因取交集后得到101个公共靶基因。"麻黄-靶蛋白-靶基因-肺炎"网络中degree值超过10的基因有PTGS1、NCOA2,麻黄成分有quercetin、kaempferol、luteolin、naringenin、beta-sitosterol、Stigmasterol。PPI网络中degree值50以上的有白细胞介素-6(IL-6)、表皮生长因子受体(EGFR)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶(CASP3)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、有丝分裂原激活蛋白激酶(MAPK8)、Myc原癌基因蛋白(MYC)。GO富集和KEGG富集发现麻黄-肺炎体系中生物过程参与最多,且细胞凋亡通路、TNF信号通路、PI3K-Akt通路、P53信号通路是主要参与的信号通路。结论麻黄-肺炎体系存在着多分子、多靶点、多通路的作用机制。麻黄可能是通过调控IL-6、细胞凋亡通路、TNF信号通路、PI3K-Akt通路、P53信号通路等干预体内多种生物过程的方式治疗肺炎。