乌梅丸治疗乳腺癌肺转移的药理机制

目的 通过对乌梅丸进行网络药理学分析和实验验证，探讨该方治疗乳腺癌肺转移的潜在靶点及作用机制。方法 通过TCMSP数据库建立乌梅丸有效成分和靶点数据集，GeneCards数据库及OMIM数据库建立乳腺癌肺转移相关靶点数据集，并将中药靶点和疾病靶点数据相匹配。通过Cytoscape 3.6.0软件进行中药-活性成分-治疗靶点的网络分析，STRING数据库分析关键靶点蛋白间的相互作用关系。利用生物学信息注释数据库进行靶点基因本体（GO）分析以及京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。结果 共发现乌梅丸治疗乳腺癌肺转移有108个可能的重要靶点，包括白细胞介素-6（IL6），半胱氨酸蛋白酶-3（CASP3），血管内皮生长因子A（VEGFA），表皮生长因子受体（EGFR），丝裂原活化蛋白激酶8（MAPK8）等，GO富集分析得到乳腺癌肺转移相关的29个细胞组分（CC），1 218个生物学过程（BP）及125个分子功能（MF），KEGG富集分析得到与乳腺癌肺转移相关的118条通路（P<0.05），包括MAPK信号通路、细胞凋亡途径等。体外实验表明，乌梅丸的有效成分肉桂醛具有诱导乳腺癌MCF7细胞凋亡、抑制增殖和迁移的作用，一定程度验证了网络药理学的预测结果。结论 乌梅丸对乳腺癌肺转移的治疗作用是多靶点、多途径、多机制的，本研究结果为乌梅丸的临床应用提供了一定证据支持。     

基于网络药理学和分子对接技术的蒙古族药健胃十味丸治疗慢性胃炎的作用机制探讨

目的 基于文献考证梳理健胃十味丸的功效,利用网络药理学和分子对接技术探讨健胃十味丸治疗慢性胃炎的作用机制。方法 通过较为系统的蒙古族医药文献考证,对健胃十味丸方剂组成与功能主治进行系统梳理;使用中药系统药理学与分析平台（TCMSP）和BATMAN-TCM数据库并结合文献补充筛选健胃十味丸中10味中药的主要化学成分和作用靶点;通过GeneCards和DisGeNET数据库获取慢性胃炎相关靶点;将药物与疾病共有靶点导入STRING在线平台构建潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并应用DAVID数据库进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,寻找其可能的作用通路;运用Cytoscape 3.7.1构建药物-活性成分-靶点网络并对网络进行拓扑分析;最后利用AutoDock Vina等软件对网络中度值较高的活性成分与核心靶点进行分子对接和可视化分析。结果 通过文献考证,明确健胃十味丸具有治疗消化系统疾病的作用;运用网络药理学筛选出槲皮素、山柰酚、木犀草素等39种活性成分和223个相关靶点,其中关键核心靶点为转录因子AP-1（JUN）、白细胞介素-6（IL-6）、胱天蛋白酶3（CASP3）、血管内皮生长因子（VEGFA）、环加氧酶2（PTGS2）、蛋白激酶B1（Akt1）、基质金属蛋白酶9（MMP9）、肿瘤坏死因子（TNF）、肿瘤蛋白p53（TP53）、缺氧诱导因子1α（HIF1A）等;GO功能富集分析共得到650条富集结果,主要涉及细胞对凋亡过程的负调控、药物反应、基因表达的正调控、细胞外空隙、胞液、淋巴细胞瘤-2（Bcl-2）家族蛋白复合物、细胞质核周区等生物过程的调节;KEGG通路分析共得到104条通路富集结果,主要涉及癌症通路、乙型肝炎、TNF信号通路、Toll样受体（TLR）信号通路、核苷酸结合寡聚化结构域（NOD）样受体（NLR）信号通路、T细胞受体信号通路、p53信号通路等;分子对接结果显示主要活性成分与核心靶点结合力均较强,能够有效自由结合。结论 在明确健胃十味丸治疗作用的前提下,初步揭示了其可通过多途径、多靶点、多通路发挥治疗慢性胃炎的作用,为进一步研究其有效成分及分子机制提供依据。     

基于网络药理学与分子对接挖掘地锦草抗类风湿关节炎的作用机制※

目的 通过网络药理学和分子对接实验挖掘地锦草对类风湿关节炎的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子作用机制的生物信息学分析工具（Batman-TCM）、基因组注释数据库（GeneCard）、人类孟德尔遗传数据库（OMIM）以及文献检索获取地锦草的活性成分、作用靶点、类风湿关节炎相关靶点，String数据库构建蛋白互作网络，Cytoscape 3.8.0构建成分-靶点-疾病网络，Bioconductor进行GO功能富集和KEGG通路分析，AutoDockVina分子对接验证。结果 共获得15个主要活性成分和38个关键靶点。GO功能富集分析得到53个分子功能条目，主要涉及DNA结合转录因子结合、核糖核酸聚合酶II特异性脱氧核糖核酸结合转录因子结合受体配体活性、泛素蛋白连接酶结合、泛素样蛋白连接酶结合、核受体活性；KEGG 通路富集分析得到 89条信号通路，主要包含脂质与动脉粥样硬化、流体切应力与动脉粥样硬化、肿瘤坏死因子信号通路、细胞凋亡、化学致癌-受体激活、白细胞介素-17信号通路等；分子对接验证发现槲皮素、山奈酚、4''，5-二羟基黄酮与关键抗类风湿关节炎靶点蛋白结合较好，4''，5-二羟基黄酮与AR靶点形成最佳结合。结论 地锦草主要通过PTGS1、AR、DPP4、HSP90AA1、RELA等靶基因对炎症因子、细胞凋亡及相关功能进行调节而发挥治疗类风湿关节炎的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌患者骨质疏松的机制及实验验证＊

目的 运用网络药理学和分子对接的方法研究益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌骨质疏松症的作用机制。方法 通过中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）和中医综合数据库（TCMID）获取益肾健骨方的活性成分和靶点，以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为阈值进行潜在活性成分筛选。通过药物靶标数据库（TTD）、药物数据库（DrugBank）、疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGenet）数据库收集疾病靶点，筛选出与益肾健骨方的交集靶点。运用Cytoscape3.7.2构建疾病-化合物-靶点网络，蛋白相互作用网络（PPI）。采用Metascape进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析，通过分子对接将关键靶点和潜在靶点与活性成分的相互作用进行验证。结果 益肾健骨方中共筛选到药代动力学较好的活性成分β-谷甾醇、谷甾醇、豆甾醇、槲皮苷、山柰酚等113种，得到GO富集条目（P<0.05）1048条，KEGG通路富集得到84条信号通路（P<0.05）。分子对接结果显示槲皮苷与核心靶点和潜在靶点结合稳定，涉及肿瘤通路、人乳头瘤病毒感染通路、PI3K-Akt信号通路等。大鼠体内实验验证益肾健骨方可以增加骨小梁密度及骨组织胶原溶剂比，改善大鼠骨质疏松状态。结论 益肾健骨方可能通过多靶点、多通路治疗乳腺癌绝经后骨质疏松症。     

基于PI3K/Akt/HIF-1α信号通路探讨补肾活血汤干预乳腺癌内分泌治疗相关骨质疏松的作用机制

目的 利用网络药理学预测补肾活血汤干预乳腺癌内分泌治疗相关骨质疏松的潜在作用机制，并通过体外细胞模型进行实验验证。方法 首先通过网络药理学筛选补肾活血汤的主要有效化学成分和作用靶点，进一步获取乳腺癌内分泌治疗相关骨质疏松相关的疾病靶点。将二者的共同靶点信息进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。其次利用生存分析网站（Kaplan-Meier Plotter）对关键靶点进行生存分析。最后通过体外实验噻唑蓝（MTT）比色法评估细胞增殖抑制活性，蛋白免疫印迹法（Western blot）验证关键靶点及通路，并使用实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）评估关键靶点mRNA表达。结果 网络药理学研究共获得补肾活血汤活性成分716个，关键靶点249个，补肾活血汤和乳腺癌内分泌治疗相关骨质疏松的共同靶点135个，其中蛋白激酶B（Akt）1、低氧诱导因子-1α（HIF-1α）是两个关键靶点，靶点共涉及生物过程531种，细胞组成62种，分子功能162种，参与乳腺癌、内分泌抵抗等细胞信号通路145条；靶点有效地富集在磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt和低氧诱导因子（HIF）-1两条信号通路。体外实验中，MTT比色法显示，与空白组比较，22.5、45、90 g·L^-1及45、90、180 g·L^-1质量浓度的补肾活血汤作用48 h后分别能不同程度的降低人Luminal A型乳腺癌细胞系MCF-7和T47D细胞增殖率和细胞运动能力。将0、15、60 g·L^-1的补肾活血汤干预MCF-7细胞48 h，Western blot实验表明，与空白组比较，不同质量浓度的补肾活血汤作用于MCF-7细胞中磷酸化（p）-PI3K、PI3K、p-Akt、Akt和HIF-1α蛋白相对表达水平均降低（P<0.05，P<0.01），且呈浓度依赖性。采用Real- time PCR检测关键靶点HIF-1α的mRNA表达，结果显示，与空白组比较随浓度升高MCF-7细胞中HIF-1α的mRNA表达显著降低（P<0.01），且呈浓度依赖性。结论 补肾活血汤通过PI3K/Akt/HIF-1信号通路作用于关键靶点Akt1、HIF1A，进而干预乳腺癌内分泌治疗相关的骨质疏松。     

基于网络药理学的藏药二十五味肺病丸防治新冠病毒肺炎(COVID-19)可行性分析及机制探讨＊

目的 采用网络药理学方法探究藏药二十五味肺病丸防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19 ）的可行性分析及机制探讨。方法 基于课题组藏药大复方的研究经验，通过文献调研，筛选出二十五味肺病丸专属性、特征性化合物，并通过Chemical book数据库以及TCMSP数据库进行验证，确定二十五味肺病丸有效物质成分。将筛选出的成分通过Swiss Target Prediction数据库进行靶点筛选，进而运用Cytoscape软件构建药物-化合物-靶点（基因）网络进行可视化。运用CTD数据库查询与疾病COVID-19 相关的靶点，找出与二十五味肺病丸共有的靶点，将共有基因导入STRING数据库生成蛋白互作网络，并通过DAVID数据库进行KEGG通路富集分析和GO功能富集分析，预测藏药二十五味肺病丸的作用机制。结果 经筛选藏药二十五味肺病丸中檀香、悬钩木、山柰、红花、獐牙菜、甘草、藏木香、宽筋藤等19种药材被纳入到研究中。药材-化合物-靶点网络包含了19种药材，38个化合物和相应靶点419个。通过CTD数据库查询到COVID-19 疾病相关靶点基因472个，与二十五味肺病丸共有靶点基因77个，分别为ESR1、NOS2、PPARG、PTGS2、PPARA、HMGCR、CYP17A1、NR1H4、TLR9等。通过网络拓扑和蛋白互作网络分析筛选出关键靶点涉及PTGS2、ESR1、AKT1、EGFR等。GO功能富集分析得到339条生物过程条目（BP），45条细胞组成条目（CC）和81条分子功能条目（MF）。KEGG通路富集分析筛选得到102条信号通路，包括小细胞肺癌、非小细胞肺癌、膀胱癌、甲型流感、胰腺癌、T细胞受体信号通路等。结论 二十五味肺病丸可能通过作用于PTGS2、ESR1、AKT1、EGFR相关靶点并通过相关肺病通路、炎症通路、免疫通路对COVID-19起到防治作用。     

基于网络药理学和实验验证探讨槲皮素治疗心力衰竭的分子机制

目的 通过网络药理学和分子对接方法预测槲皮素治疗心力衰竭的治疗靶点及相关信号通路,通过离体细胞模型进一步明确其作用机制。方法 通过SwissTargetPrediction,TargetNet数据库获取槲皮素药理作用相关靶点;通过在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）,GeneCards,疗效药物靶点数据库（TTD）数据库获取心力衰竭相关靶点;使用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析,建立槲皮素-心力衰竭靶点PPI网络图;利用Cytoscape 3.7.2软件对槲皮素抗心力衰竭网络节点进行筛选分析,使用DAVID工具平台对所得靶点进行基因本体（GO）与京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。利用离体细胞心力衰竭模型,验证药物的抗心力衰竭作用,为药物的基因预测和验证提供基础。结果 预测结果显示槲皮素与心力衰竭相关靶点23个,其中关键靶点11个,包括基质金属蛋白酶-9（MMP-9）,雄激素受体（AR）,凝血因子2（F2）,胰岛素样生长因子1受体（IGF1R）,表皮生长因子受体（EGFR）,Janus激酶2（JAK2）,细胞色素P450家族19A1（CYP19A1）,雌激素受体-1（ESR1）,肿瘤坏死因子（TNF）,C型蛋白酪氨酸激酶受体（PTPRC）,细胞色素P450家族17A1（CYP17A1）等。结果提示槲皮素可能具有干预心肌细胞和内皮细胞增殖、能量代谢调控等生理过程的功能,参与调节缺氧诱导因子1（HIF-1）信号通路、类固醇激素生物合成等信号通路。结论 槲皮素治疗心力衰竭具有多靶点-多途径-多通路的特点,作用机制可能与其调节MMP-9,EGFR等关键基因,参与心血管细胞增殖和能量代谢等生物过程相关。     

基于网络药理学和分子对接对金丝桃苷抗肝癌作用机制

目的 采用网络药理学的方法，对金丝桃苷抗肝癌的作用机制进行探讨。方法 使用过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、药物基因相互作用数据库（DGIdb）、毒性与基因比较数据库（CTD）及SwissTargetPrediction数据库预测金丝桃苷的作用靶点。利用基因数据库（GeneCards）、在线人类孟德尔遗传病数据库（OMIM）等5个数据库，获得肝癌疾病相关靶点。二者取交集，即金丝桃苷抗肝癌作用靶点。采用在线注释及可视化整合分析工具（DAVID v2021q4）进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。Cytoscape 3.6.1软件构建作用靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，筛选出核心作用靶点，并对金丝桃苷与核心作用靶点亲和力进行分子对接验证。细胞活力实验观察金丝桃苷抗肝癌的作用；划痕实验观察金丝桃苷对肝癌细胞迁移的作用；实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）、蛋白免疫印迹法（Western blot）检测金丝桃苷对关键靶基因胱天蛋白酶-3（Caspase-3）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）mRNA及蛋白表达的影响。结果 共获得金丝桃苷抗肝癌的相关基因45个，并筛选出核心靶基因6个。KEGG途径分析富集的信号通路包括凋亡信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路及癌症信号通路等。分子对接显示核心靶基因Caspase-3、TNF、雌激素受体1（ESR1）、MAPK3、过氧化氢酶（CAT）及环加氧酶2（PTGS2）与金丝桃苷亲和力较好，尤其与Caspase-3与MAPK3具有强烈的结合活性。另外细胞实验显示，与空白组比较金丝桃苷能减低肝癌细胞活力（P<0.05），抑制肝癌细胞迁移，同时升高Caspase-3 mRNA表达（P<0.05），降低MAPK3 mRNA表达（P<0.05）。结论 金丝桃苷抗肝癌作用通过影响Caspase-3、TNF、ESR1、MAPK3、CAT、PTGS2等核心靶点，共同干预凋亡信号通路、TNF信号通路及癌症信号通路等，以达到抗肝癌的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨升陷汤治疗重症肌无力的作用机制

目的 通过计算机网络药理学及分子对接技术，预测升陷汤治疗重症肌无力的药效基础和核心靶点并通过动物实验进一步验证已明确其作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库筛选升陷汤的活性成分和潜在靶点，利用GeneCards等数据库筛选疾病相关的靶点；将药物与疾病靶点互相映射取交集；结合STRING数据库和Cytoscape 3.8.2对交集靶点分别进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析、基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析；运用Cytoscape 3.8.2软件构建疾病-中药活性成分-靶点网络图；运用AutoDock和PyMOL软件对中药的关键活性成分与Hub gene进行分子对接验证，最后采用Rα97-116肽段主动免疫造模法，成功构建实验性自身免疫性重症肌无力（EAMG）大鼠模型后将分子对接验证得到的核心靶点进行动物实验验证。结果 共获得655个疾病靶点，118个药物活性成分，21个药物与疾病交集靶点，3个Hub gene；GO富集发现主要涉及活性氧代谢过程的调节、蛋白质转运的正调控、建立蛋白定位的正调控等生物功能；经过KEGG通路富集分析，其主要涉及Toll样受体信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B（Akt）信号通路、低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、T细胞受体等信号通路等。分子对接结果显示槲皮素与Akt1结合能最低且稳定，并通过氨基酸残基LYS-30发生相互作用。蛋白免疫印迹法（Western blot）分析结果显示，升陷汤能显著抑制EAMG大鼠脾脏内磷酸化（p）-Akt蛋白的表达。结论 该研究初步揭示了升陷汤治疗MG的药理机制可能是主要化学成分通过调节关键核心蛋白Akt的表达，进而可能参与并影响PI3K/Akt等信号通路来实现的，为进一步深入研究奠定了理论基础及实验依据。     

基于网络药理学研究归肾丸对薄型子宫内膜大鼠的治疗作用机制

目的 该研究通过网络药理学的方法探讨归肾丸治疗薄型子宫内膜的关键核心靶点及相关信号通路等作用机制,进一步运用动物实验加以验证所得靶点,验证归肾丸对薄型子宫内膜的影响。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库检索归肾丸中8味中药组成的有效化学成分、活性成分靶点和靶点简称;运用GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）检索薄型子宫内膜相关的靶点基因;运用韦恩软件对归肾丸的药物靶点和薄型子宫内膜的疾病靶点进行取交集操作,将交集靶点导入STRING数据库及Cytoscape 3.7.2软件进行可视化分析获得“药物-疾病”的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;再将交集靶点输入Enrichr数据库和David数据库分别进行基因本体（GO）富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。以得到的可能核心关键靶点作为理论基础,建立大鼠薄型子宫内膜模型,归肾丸及雌激素干预21 d后,通过苏木素-伊红（HE）染色法观察大鼠的内膜厚度;通过蛋白免疫印迹法（Western blot）和实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）检测表皮生长因子受体（EGFR）,基质金属蛋白酶9（MMP9）,白细胞介素1β（IL-1β）,丝裂原激活蛋白激酶14（MAPK14）这4个核心关键靶点的蛋白和mRNA的表达水平。结果 通过韦恩软件共获得130个交集靶点;将130个交集靶点导入STRING数据库和Cytoscape软件中,得到包括33个节点,107条边的蛋PPI网络;DAVID 6.8数据库进行GO分析中的功能注释分析,共涉及167个生物过程（BP）,22个细胞组分（CC）,39个分子功能（MF）;DAVID 6.8数据库进行KEGG富集分析,与薄型子宫内膜相关的通路共34条;Western blot和Real-time PCR分别对6组大鼠子宫内膜组织中的EGFR,MMP9,IL-1β,MAPK14蛋白和mRNA的表达结果进行分析,归肾丸能够增强EGFR,MMP9,IL-1β,MAPK14蛋白和mRNA在薄型子宫内膜上的表达。结论 通过网络药理学的理论分析及动物实验的研究结果发现,归肾丸能够有效改善薄型子宫内膜的相关指标,并通过增加EGFR,MMP9,IL-1β,MAPK14蛋白和mRNA表达水平,促进内膜组织增殖,改善内膜偏薄的症状。     

基于网络药理学探析黄精抗骨质疏松的机制及验证

目的 基于网络药理学及分子对接方法分析黄精抗骨质疏松（OP）的潜在机制，并通过实验进行验证。方法 利用中药系统药理学数据库（TCMSP）2.3进行条件检索，获取黄精的活性成分及其对应作用靶点，并在疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGeNET）7.0获取骨质疏松的治疗靶标，两者交集即为黄精抗骨质疏松的潜在靶基因。并用Cytoscape 3.7.1构建“黄精-活性成分-潜在靶点”网络，借助STRING数据库11.0进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析，构建PPI网络。此外，采用Metascape数据库3.5分析其参与的基因本体（GO）富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。选取黄精重要活性成分与靶点通过AutoDock Vina 1.1.2 进行分子对接验证，最后借助小鼠胚胎成骨细胞前体细胞（MC3T3-E1）观察β-谷甾醇对成骨分化的影响。结果 黄精活性成分有12个，其作用靶点与骨质疏松治疗靶点相映射得到潜在靶点32个。Cytoscape 3.7.1拓扑分析得到黄芩素、β-谷甾醇等6个主要成分，蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤蛋白p53（TP53）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、JUN原癌基因（JUN）、基质金属蛋白酶-9（MMP-9）、原癌基因c-FOS（FOS）等关键靶点。GO和KEGG富集分析中，共获得995个GO条目，涉及活性氧调节，生长调节等181条信号通路。分子对接显示黄精中核心成分与各自的靶点表现出良好的对接活性。细胞实验结果显示β-谷甾醇在2.5，5 μmol·L^-1浓度时具有显著促进成骨分化的作用。结论 黄精可通过调节炎症、氧化应激、凋亡、代谢等作用，发挥治疗骨质疏松的效果，其中β-谷甾醇可促进MC3T3-E1细胞成骨分化。     

经方桂枝茯苓丸“异病同治”任脉癥瘕类疾病的网络药理学研究＊

目的 基于网络药理学探讨桂枝茯苓丸对任脉癥瘕类病“异病同治”分子机制研究。方法 基于TCMSP数据库获取桂枝茯苓丸有效成分及作用靶点；通过GenCards、DisGeNET、DrugBank数据库检索子宫腺肌病、甲状腺结节、乳腺结节相关疾病基因；利用韦恩图获取有效成分-疾病共有靶点，上传至STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络并分析其分子生物学机制；其后，借助DAVID数据库对共有靶点进行生物学功能和通路富集分析，进一步获取通路关键靶标，并结合BioGPS、DisGeNET、GenCards网站获取关键靶标的组织定位、蛋白归属、亚细胞分布的相关信息，最后进行分子对接验证。结果 获得桂枝茯苓丸有效成分共85个，其中（+）-儿茶素、豆甾醇分布范围较广，黄芩素、β-谷甾醇度值较高。获得有效成分-疾病共有靶点24个，由GO分析可知，桂枝茯苓丸治疗子宫腺肌病、甲状腺结节、乳腺结节主要集中在凋亡过程的正调控、炎症反应、细胞蛋白代谢过程的正调控、体液免疫反应及平滑肌细胞增殖的正向调节等生物过程中。信号通路主要富集在TNF、雌激素等信号通路，主要与机体免疫炎症反应、雌激素变化等密切相关。通过KEGG分析进一步筛选其关键靶标，发现主要存在于平滑肌、淋巴细胞、甲状腺、子宫等组织器官中。其后，将筛选的10个有效成分，12个靶点蛋白进一步进行分子对接验证，结果显示，（+）-儿茶素、豆甾醇在分子对接中分别与CXCL8、MMP9结合最紧密。结论 本文通过网络药理学初步发掘桂枝茯苓丸药效物质基础，及作用于子宫腺肌病、甲状腺结节、乳腺结节的关键作用靶点和相关分子生物学途径，其共病的机制主要涉及雌激素、肿瘤、炎症、免疫反应等信号通路，并与多个生物过程密切相关，可为深入研究桂枝茯苓丸“异病同治”作用机制提供研究方向。     

槐杞黄颗粒干预狼疮性肾炎的物质基础与作用机制：网络药理学和分子对接技术

[目的] 基于网络药理学和分子对接技术探究槐杞黄颗粒干预狼疮性肾炎的物质基础与作用机制。[方法] 通过TCMSP、BATMAN-TCM获取槐杞黄颗粒的主要活性成分及作用靶点；通过GeneCards、OMIM、TTD获取狼疮性肾炎疾病靶点；利用VENNY平台获取药物和疾病的交集靶点；运用Cytoscape软件构建药物-活性成分-交集靶点-疾病网络图；将交集靶点录入STRING平台和Cytoscape软件中构建蛋白互作网络图；利用Metascape平台进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析；利用AutoDock Tools软件进行分子对接操作；最后利用Pymol软件对分子对接结果进行可视化分析。[结果] 共获取到56个槐杞黄颗粒的有效成分和211个成分作用靶点，其中核心活性成分以槲皮素、山柰酚、黄芩素、β-谷甾醇、黄豆黄素等作为代表；获取到狼疮性肾炎的疾病靶点1 822个；得到117个药物与疾病的交集靶点；通过构建蛋白互作网络图获取到核心靶点以血管内皮生长因子A（VEGFA）、c-fos原癌基因蛋白（FOS）、基质金属蛋白酶-9（MMP-9）、环氧化酶2（PTGS2）、靶向核因子κB抑制剂α（NFKBIA）等作为代表；GO功能富集分析共获取1 926条结果，KEGG通路富集分析得到195条结果，涉及到的主要通路以糖尿病并发症中的糖基化终末产物（AGE）-糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素（IL）-17信号通路、辅助性T 细胞17（Th17）细胞分化信号通路、低氧诱导因子（HIF-1）信号通路、磷脂酰肌醇3激酶（PI3K） -蛋白激酶B（Akt）信号通路等为主。分子对接的结果显示，β-谷甾醇与MMP-9、VEGFA、FOS，槲皮素与VEGFA、FOS，黄豆黄素与FOS，山奈酚与MMP-9等对接后结合能相对较小，提示这可能是槐杞黄颗粒干预狼疮性肾炎的关键作用途径。[结论] 研究初步揭示了槐杞黄颗粒可通过多成分、多靶点、多通路来干预狼疮性肾炎的进程。     

基于网络药理学探讨石榴健胃丸治疗胃肠炎的作用机制＊

目的 利用网络药理学探讨石榴健胃丸治疗胃肠炎的作用靶点及信号通路，阐述其可能的作用机制。方法 利用TCMSP和TCMID数据库，以OB ≥ 30%，DL ≥ 0.18为条件筛选石榴健胃丸中的活性成分和作用靶点。基于GeneCards和DisGeNet数据库获取胃肠炎相关靶点，蛋白质相互作用网络通过String数据库构建。成分-靶点-疾病网络的构建用cytoscape 软件，并将获得的靶点用DAVID数据库进行GO功能富集及KEGG通路分析。结果 从石榴健胃丸中筛选出有效成分96个和366个潜在靶点，其中有44个治疗胃肠炎的关键靶点。KEGG通路分析筛选得到63条信号通路（P < 0.05），GO功能富集分析得到GO条目数133个（P < 0.05）。在药物-成分-靶点-疾病网络中，显示槲皮素、红花醌甙、杨梅素、β-石竹烯、豆蔻明等成分发挥着重要作用。结论 石榴健胃丸治疗胃肠炎疾病的机理可能是通过细胞因子-受体相互作用通路、TNF信号通路和JAK-STAT信号通路等作用于TNF、IL-6、IL-1β-和IL-10等靶点，从而发挥抗炎和免疫调节等作用。     

基于网络药理学探讨百令胶囊治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制

目的 采用网络药理、分子对接预测百令胶囊治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的药效物质基础和核心靶点，并通过细胞实验进一步验证以探讨其作用机制。方法 通过中药系统药理分析数据库（TCMSP）和Swiss Target Prediction数据库筛选百令胶囊的主要活性成分及相关靶点。从人类基因数据库（GeneCards）、DrugBank数据库、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）及药物靶标数据库（TTD）等数据库中检索获取COPD主要靶点。通过蛋白质相互作用平台（STRING）与Cytoscape 3.6.1软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。应用生物学信息注释数据库（DAVID）进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。通过AutoDock Vina进行分子对接验证。采用3-（4，5-dimethylthiazol-2-yl）-5-（3-carboxymethoxyphenyl）-2-（4-sulfophenyl）- 2H-tetrazolium（MTS法）检测细胞活性，实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）检测靶点的mRNA水平。结果 共获得啤酒甾醇（cerevisterol）等11个百令胶囊活性成分，相关药物靶点270个，COPD靶点蛋白1 020个，二者交集74个。PPI网络图可视化分析显示，百令胶囊治疗COPD核心靶点为肿瘤蛋白P53（TP53）、连环蛋白β1（CTNNB1）、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素（IL）-6及胰岛素（INS）。KEGG通路富集分析筛选得到20条信号通路作为百令胶囊治疗COPD的主要途径，涉及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路、环磷酸腺苷（cAMP）信号通路、叉头框蛋白O（FoxO）信号通路、TNF信号通路、巨噬细胞缺氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路等，分子对接验证表明4种活性成分与IL-6结合能最低且稳定。与空白组比较，百令胶囊组可显著降低脂多糖（LPS）诱导的RAW264.7细胞IL-6 mRNA表达水平（P<0.01）。结论 该研究初步揭示了百令胶囊治疗COPD的药理机制可能为其主要有效成分通过作用于TP53、CTNNB1、TNF、IL-6等靶点，调控PI3K/Akt信号通路、cAMP信号通路等信号通路来改善炎症反应，从而缓解COPD症状，并为后续深入研究提供了实验依据，也为疾病相关临床治疗提供了诊治方向。     

基于网络药理学和分子对接探讨补肾活血方治疗尿酸性肾病的作用机制＊

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨补肾活血方治疗尿酸性肾病（uric acid nephropathy， UAN）的分子作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库TCMSP筛选出补肾活血方的有效活性成分。通过PubChem、DrugBank、SymMap和SwissTargetPrediction数据库筛选出中药各成分作用靶点。借助GeneCards、DisGenet、malaCards和OMIN数据库获取尿酸性肾病的靶点基因。David绘图工具筛选出中药与疾病的交集靶点，利用Cytoscape3.9.0软件构建“中药-活性成分-疾病-靶点”网络关系图，并通过CytoNCA插件构建蛋白质相互作用网络（PPI），筛选得到核心靶点蛋白。采用AutoDock Vina 1.1.2软件将补肾活血方关键有效成分和核心靶点进行分子对接。最后运用乙胺丁醇和腺嘌呤诱导的尿酸性肾病模型对网络药理学预测的结果进行基础实验验证。结果 本研究共筛选得到补肾活血方治疗UAN的作用靶点234个，其中核心靶点19个，对应5种中药的113种有效成分。GO富集分析共得到925条基因功能信息，KEGG富集分析发现112条信号通路，涉及Toll样受体、NF-κB、PI3K-Akt、p53、TNF等信号通路治疗尿酸性肾病。分子对接结果显示，双脱甲氧基姜黄素、异黄酮等关键活性成分与ALB、MMP9、TLR4等关键核心靶点有较好的结合活性。动物实验结果显示，与模型组相比，补肾活血方组、非布司他组大鼠肾组织TLR4和NF-κB蛋白表达量和血清MMP-9水平明显降低（P<0.05）；血清ALB水平明升高（P<0.05）。结论 本研究提示，补肾活血方中关键活性成分可能通过抑制TLR4/NF-κB信号通路降低TLR4、NF-κB和MMP-9水平，减轻炎症反应，进而减少ALB漏出，发挥保护肾脏治疗尿酸性肾病的作用。     

基于网络药理学及实验验证探讨薰衣草对皮肤光损伤的防护作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术预测薰衣草防护皮肤光损伤的活性成分及作用机制，并通过动物实验进一步验证可能的信号通路。方法 通过SwissTargetPrediction，PharmMapper数据库和查阅文献获取薰衣草的活性成分及潜在作用靶点；通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、DrugBank和DisGeNET数据库获取皮肤光损伤相关靶点；筛选获得两者的共同靶标后，采用STRING分析靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，利用Cytoscape 3.8.2软件中“CytoNCA”插件对该PPI网络做拓扑分析和核心靶点筛选，使用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，选取薰衣草中的活性成分和信号通路上的蛋白通过AutoDock vina 1.1.2软件进行分子对接验证；最后通过UVB辐照小鼠背部裸露皮肤建立光损伤模型，肉眼观察小鼠的皮肤状态，采用苏木素-伊红（HE）和苦味酸-酸性品红法（VG）染色观察小鼠皮肤组织病理学改变，采用蛋白免疫印迹法（Western blot）检测小鼠皮肤组织中蛋白的表达水平，进一步验证关键的信号通路。结果 该研究共筛选出薰衣草活性成分6个，潜在靶点526个，预测疾病相关靶点2 688个，药物-疾病交集靶点258个，PPI网络筛选出核心靶点16个，KEGG通路分析筛选了113条相关信号通路，其中磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）通路、核转录因子-κB（NF-κB）信号通路可能在薰衣草防护皮肤光损伤中起关键作用，分子对接结果显示，活性成分和信号通路上的蛋白对接良好。动物实验结果表明，薰衣草总黄酮能够明显改善小鼠皮肤外观状态和组织病理学，并显著降低磷酸化（p）-PI3K、p-Akt、B细胞淋巴瘤（Bcl）-2蛋白的相对表达水平（P<0.05、P<0.01），明显升高Bcl-2相关X蛋白（Bax）的相对表达量（P<0.05）。结论 该结果表明，薰衣草抗皮肤光损伤具有多成分、多靶点、多通路协同作用的特点，为后续深入研究薰衣草抗皮肤光损伤的复杂机制提供依据。     

基于网络药理学及分子对接研究苦参治疗慢性乙型肝炎的作用机制＊

目的 本研究通过网络药理学及分子对接方法研究苦参治疗慢性乙型肝炎的物质基础与分子机制。方法 依据中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选苦参有效化学成分及靶点基因。检索GeneCards数据库及OMIM数据库获取慢性乙型肝炎（CHB）相关靶点基因。采用Cytoscape3.7.2构建苦参治疗CHB的“相关活性成分-潜在作用靶点”网络并进行拓扑结构分析，利用STRING平台进行蛋白质相互作用分析，构建PPI网络，通过R 3.6.2进行基因富集分析。依据AutoDock vina将关键活性成分与核心靶点进行分子对接。结果 获得苦参治疗CHB的相关活性成分23个，潜在作用靶点97个。网络分析结果提示苦参可能通过作用于IL-6、ESR1、AR、RELA、PPARG和CASP3 6个核心靶点及相关通路以达到治疗CHB的目的。分子对接预测结果提示关键活性成分与核心靶点稳定结合。结论 本研究初步揭示了苦参治疗慢性乙型肝炎多成分、多靶点、多通路的作用机制，为苦参的临床开发提供基础。     

基于网络药理学和实验验证探讨阿里红治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的 利用网络药理学结合实验验证探讨阿里红治疗阿尔茨海默病（AD）可能的作用机制。方法 借助中药分子机制的生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）平台及公开报道的文献数据获得阿里红化学成分；利用PharmMapper药效团匹配平台和TargetNet数据库综合筛选出成分预测靶点；通过基因表达综合数据库（GEO）、DrugBank数据库等获取AD疾病靶点，取交集得出阿里红可能的作用靶点，并对其使用STRING数据库和Cytoscape 3.7.1网络可视化软件分别构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络和成分-靶点网络，且对网络进行拓扑分析；进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析筛选出阿里红主要作用通路及相关靶点蛋白，并用分子对接和体外细胞实验验证其结果。结果 共收集到阿里红24个候选成分和242个预测靶点，并得到与AD共同靶点96个，包括阿里红氨酸、3-酮基-去氢硫色多孔菌酸、齿孔酸等关键化合物和白蛋白（ALB）、乙酰胆碱酯酶（AChE）、雌激素受体α基因（ESR1）、胱天蛋白酶-3（Caspase-3）、淀粉样前体蛋白裂解酶1（BACE1）等潜在的作用靶点；GO富集分析获得392个条目，主要跟β-淀粉样蛋白代谢途径和胆碱酯酶活性有关，KEGG富集分析获得77个条目，主要涉及雌激素信号通路、胆碱能突触、AD等生物学过程及通路；分子对接结果显示，阿里红7个关键成分与淀粉样前体蛋白（APP），BACE1，AChE，Caspase-3之间表现出良好的自发结合能力。体外细胞验证实验显示，与模型组比较，不同剂量阿里红组细胞存活率均显著上升（P<0.01）且具有浓度依赖性，同时可下调APP、BACE1、AChE、Caspase-3 mRNA和蛋白表达量（P<0.05）。结论 该研究结果首次揭示了阿里红对AD治疗具有多成分、多靶点、多途径相互作用的特点，为后续阿里红防治AD作用机制研究提供了参考依据。     

基于网络药理学与分子对接技术探究冬虫夏草治疗支气管哮喘和慢性肾衰竭“异病同治”作用机制

目的 以中医“异病同治”理论为依据,采用网络药理学与分子对接方法探究冬虫夏草对支气管哮喘和慢性肾衰竭的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及SwissTargetPrediction数据库检索获取冬虫夏草活性成分及潜在靶点,利用TTD、DrugBank、GeneCards等多数据库获取疾病靶点,将两者取交集获取共有靶点,通过STRING 11.5数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,使用Cytoscape 3.9.0构建冬虫夏草“成分-靶点-疾病”网络,利用Metascape平台工具对共有靶点进行富集分析,运用Autodock 4.2软件进行分子对接。结果 筛得疾病与药物共有靶点60个,核心靶点主要涉及蛋白激酶B1（Akt1）、非受体酪氨酸激酶肉瘤病毒蛋白（Src）、TP53、基质金属蛋白酶-9（MMP-9）、前列腺素G/H合酶2（PTGS2）等,潜在靶点主要富集在肾素-血管紧张素系统（RAS）,Rap1,磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）,丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）等多条信号通路中。结论 冬虫夏草中多种活性成分通过多靶点、多途径发挥抑制炎症反应、降低纤维化和细胞凋亡作用,初步揭示了冬虫夏草“异病同治”支气管哮喘与慢性肾衰竭的潜在靶点与现代生物学机制,为深入研究开展实验及临床应用提供参考。