宏基因组学第二代测序技术辅助诊断流行性斑疹伤寒1例

流行性斑疹伤寒是由普氏立克次体引起的急性传染病。该病发作突然, 临床表现不典型, 易漏诊、误诊, 病死率高。本研究报道1例以高热、头痛、乏力起病的患者, 经验性抗感染治疗无效后, 经血清学和宏基因组学第二代测序确诊为普氏立克次体感染, 单用多西环素治疗后病情好转。     

肺隐球菌感染的诊断和治疗

肺隐球菌病（pulmonary cryptococcosis）是由新生隐球菌感染所引起的亚急性或慢性深部真菌病。近年来，其发病率有逐渐增加的趋势，这除了人们对肺隐球菌病认识上的提高和诊断技术的改进外，也与抗生素的广泛应用、恶性肿瘤的放疗、化疗、器官移植、获得性免疫缺陷综合征（AIDS）的流行、人群老龄化和糖皮质激素的使用增加密切相关。     

经肺泡灌洗液宏基因组测序诊断肺隐球菌病一例并文献复习

肺隐球菌病( pulmonary cryptococcosis, PC)是由于患者吸入了环境中新生隐球菌或格特隐球菌后导致肺部感染而形成,是一种在临床上呈现亚急性或慢性感染的机会性疾病.常见于免疫功能低下患者,如传统免疫功能低下患者有血液系统肿瘤、长期使用免疫抑制剂或糖皮质激患者、后天获得性免疫缺陷综合征患者等.但是,...     

肺泡灌洗液宏基因组二代测序辅助诊断肺隐球菌病一例

<正>肺隐球菌病(pulmonary cryptococcosis,PC)的影像学表现多种多样,以单发或多发的周围型结节团块及局限的肺炎样病灶最为多见^[1-2],主要取决于宿主的免疫状态,易被误诊为肺结核、肺癌等疾病。目前针对肺隐球菌病的诊断没有相关的指南推荐意见。临床多采用检测外周血隐球菌荚膜多糖抗原的传统方法,具有快速简便的优势,在孤立性肺隐球菌病的诊断中存在敏感性不足;常规支气管镜下毛刷及肺泡灌洗液培养,因多数肺隐球菌病病灶靠近外周,存在培养阳性率低;组织病理学检查,是肺隐球菌病确诊的“金标准”,需经支气管镜肺活检、或在B超/CT引导下经皮肺穿刺活检以及经电视胸腔镜肺活检等方法获取肺组织标本,存在医院技术条件的限制。本文对我院收治的1例经肺泡灌洗液m NGS辅助诊断肺隐球菌病患者的全过程进行回顾性分析,结合文献对m NGS技术在诊断肺隐球菌病中的价值进行讨论,报告如下。     

感染病原二代高通量基因测序技术诊断肾移植术后非HIV型肺孢子菌肺炎一例

患者,女,27岁,因“咳嗽咳痰伴活动后气促半月,加重1周,发热3天”于2018年11月13日入院。患者入院半月前因受凉后出现咳嗽,干咳为主,偶咳白色黏痰,伴活动后气促,于门诊行胸部X线片检查结果示双肺中下野斑片状模糊影,考虑肺炎,予莫西沙星400 mg每日1次,治疗7天后复查胸部X线片,结果提示病变吸收不明显,予法罗培南0.2 mg每日3次治疗。     

宏基因组学测序诊断曼氏裂头蚴病1例

患者于2000年无明显诱因发现下腹部游走性包块,20年来多次就诊,未明确病因。2020年8月11日发现包块游走于左侧腋前,微创手术取出不完整白色虫体3段,用宏基因组学测序鉴定虫体,明确诊断为曼氏裂头蚴病。2021年10月21日经手术取出完整虫体,患者康复出院;随访患者身体状况良好,全身未发现新包块。     

获得性免疫缺陷综合征常见机会性感染的诊治(一)——病毒与肺孢菌

疱疹病毒感染一、神经系统疱疹病毒感染1.巨细胞病毒(CMV)感染:神经系统CMV感染主要表现为脑炎,其次为多发性神经根炎,罕见多发性神经炎。CMV脑炎主要见于CD4+T淋巴细胞计数     

肺活检确诊肺隐球菌病4例并文献复习

目的提高对肺隐球菌病的认识。方法回顾性分析2008年1月～2009年3月期间经肺活检病理确诊的4例肺隐球菌病患者的临床资料。结果男性3例,女性1例,年龄24～58岁。农民2例（其中1例曾经种蘑菇7年）,小商贩和教师各1例。1例8年前因右肺球孢子菌病行右下叶肺切除术。4例人类免疫缺陷病毒（HIV）抗体检测均阴性。胸部X线和CT检查：4例均为双肺多发斑片状、斑点状、结节或团块状阴影,伴有透亮区3例。诊断及病理：经纤支镜肺活检病理示隐球菌性肉芽肿3例,其中过碘酸雪夫（PAS）染色阳性1例;经皮肺活检病理示隐球菌性肉芽肿1例。治疗和随访：4例患者住院41～119天;经抗真菌治疗6个月,患者症状均缓解或减轻,复查胸部CT示病灶均有吸收好转。结论经纤支镜和经皮肺活检是确诊肺隐球菌病简便、易行、微创的方法。     

纤维支气管镜检查致肺新生隐球菌感染扩散一例

患者男性 ,74岁 ,因反复咳嗽、咳痰 10年 ,加重半个月 ,于 2 0 0 1年 10月 8日住院。近半个月咳白黏痰 ,活动后气喘 ,但无发热。门诊摄片 :双下肺浸润阴影 ,左下肺阴影密度增高。查体 :一般情况尚可 ,唇舌不发绀 ,颈部淋巴结不大 ,桶状胸 ,两肺呼吸音低 ,左下肺有湿啰音 ,心率 80次 /min ,肝脾不大 ,下肢不肿 ,有杵状指。实验室检查 :血常规红细胞 4 5 2× 10 12 /L ,白细胞 7 4× 10 9/L ,中性粒细胞 0 71,淋巴细胞0 2 5。血糖 4 6 7mmol/L。痰涂片 :抗酸杆菌 (- ) ,痰培养(- ) ,肝、肾功能正常 ,红细胞沉降率 36mm/1h。胸部CT :双肺…     

结合外周血宏基因组二代测序诊断的7例重症非人类免疫缺陷病毒感染者肺孢子菌肺炎临床分析

目的探讨外周血病原宏基因组二代测序(mNGS)在重症肺孢子菌肺炎(PCP)诊断中的应用价值, 并提高临床医师对此类疾病的认识。方法本研究为横断面研究。采用非随机抽样法, 分析2020年1月至2022年1月在南京鼓楼医院呼吸与危重症医学科重症监护病房通过外周血mNGS确诊的7例重症非HIV感染者PCP患者的临床资料, 分析临床特征、影像学表现、治疗以及预后。结果 7例患者, 男2例, 女5例, 年龄64(57, 65)岁, 年龄范围为36～66岁, 均有长期服用激素药物史, 其中3例患者同时服用免疫抑制剂, 主要症状包括发热、气喘、咳嗽, 实验室检查显示外周血淋巴细胞绝对计数均降低, 外周血CD4+T淋巴细胞绝对计数均小于0.2×109/L, 外周血CD8+T淋巴细胞绝对计数均小于0.3×109/L, 血清G试验、乳酸脱氢酶均增高, 血气分析均提示Ⅰ型呼吸衰竭, 影像学主要表现为两肺弥漫性磨玻璃影, 并可见囊状影、实变影。7例患者外周血mNGS均检出肺孢子菌, 治疗上7例患者均给予口服复方磺胺甲恶唑并联合克林霉素及卡泊芬净治疗PCP, 同时给予注射用甲泼尼龙琥珀酸钠抗炎平喘, 并联合其他...     

外周血宏基因组二代测序对肺孢子菌肺炎的诊断价值

目的:研究探讨外周血宏基因组二代测序技术(mNGS)在免疫抑制剂治疗的肾脏疾病患者合并肺孢子菌肺炎(PCP)的诊断价值。方法:选取肾脏疾病接受免疫抑制治疗后合并弥漫性肺部感染、临床拟诊为PCP的患者37例作为观察组,另选取25例临床确诊为其他病原导致肺部感染的患者作为对照。使用mNGS检测患者外周血中的病原种类和序列,评价mNGS对PCP的检测效能,比较mNGS与传统临床诊断PCP方法(真菌G联合乳酸脱氢酶检测)的效能差异。结果:观察组患者送检外周血样本37份,其中35份mNGS检出耶氏肺孢子菌(PJ)序列,敏感度94.59%,特异度100%;31例患者为混合型感染,27例检出病毒序列(19例为巨细胞病毒),8例合并细菌感染。对照组25份血标本PJ序列均为阴性。真菌G联合乳酸脱氢酶检测的敏感度89.19%,特异度56.0%;mNGS的特异度显著高于真菌G联合乳酸脱氢酶检测。结论:mNGS较传统诊断PCP的方法有明显优势,可同时检出混合感染的病原,对免疫抑制合并肺部感染的诊断有重要意义。     

咽喉部马尔尼菲青霉感染合并卡氏肺孢子菌肺炎一例并文献复习

目的提高临床医师对马尔尼菲青霉感染合并卡氏肺孢子菌肺炎的认识及诊断水平。方法对1例青年男性患者马尔尼菲青霉感染合并卡氏肺孢子菌肺炎的诊疗经过进行分析、讨论并复习中外文献。结果咽喉部马尔尼菲青霉感染通过咽喉部专科检查、痰培养找到马尔尼菲青霉生长,病理活检证实;卡氏肺孢子菌肺炎通过胸部CT征象及卡氏肺孢子菌(PC)聚合酶链反应(PCR)阳性确诊。马尔尼菲青霉感染合并PCP治疗选用伊曲康唑、SMZ/TMP同时口服碳酸氢钠,疗效满意。结论对反复咽喉部溃疡难以愈合的患者建议痰培养、局部组织活检及肺部影像学检查,尽早明确诊断,恰当治疗。     

获得性免疫缺陷综合征患者并临床诊断肺孢子菌肺炎10例回顾性分析

目的探讨获得性免疫缺陷综合征(AIDS)合并临床诊断肺孢子菌肺炎(PCP)的临床特点,以提高对PCP的认识,协助临床诊断治疗。方法回顾性分析我院及海南省农垦总医院10例获得性免疫缺乏综合征(AIDS)合并临床诊断PCP的临床资料。结果 (1)男性9例,年龄22~51岁,平均38岁;有冶游史6例;(2)常见的临床表现为咳嗽10例,咳痰9例,呼吸困难8例,发热7例,精神疲倦6例、体重减轻6例;呼吸音增粗9例;(3)85.7%患者血清乳酸脱氢酶(LDH)升高;8例患者中4例动脉血p H7.45,7例外周Pa O2降低,7例Pa CO2降低者;所有患者血沉(ESR)均增快;88.9%的患者血清ALB降低;近半数转氨酶轻-中度升高;6例行T淋巴细胞亚群检测者CD4+T淋巴细胞低于200×106/L;(4)胸部HRCT的主要特点:双肺磨玻璃样影5例;双侧不均匀斑片影3例;双肺不均匀网状条索影2例;(5)经复方磺胺甲噁唑(SMZco)片治疗,好转7例,死亡1例,放弃治疗2例。结论临床遇咳嗽、咳痰、呼吸困难、发热青壮年男性患者,有冶游史,胸部CT示肺门为中心对称性磨玻璃影、网状条索影,伴呼吸性碱中毒、低氧血症、ESR增快、LDH升高等,应考虑艾滋病合并PCP可能;如HIV初筛试验阳性应尽早给予SMZco治疗。     

二代测序技术在非人类免疫缺陷病毒感染者肺孢子菌肺炎诊断中的应用价值

目的探讨二代测序技术在非人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者肺孢子菌肺炎诊断中的应用价值。方法回顾性分析解放军总医院第四医学中心2017年9月1日至2018年9月1日采用二代测序技术诊断的5例非HIV感染者肺孢子菌肺炎的诊治过程, 并与常规实验室微生物检验结果进行比较, 分析二代测序技术在非HIV感染者肺孢子菌肺炎诊断中的应用价值。结果 5例中男性3例, 女性2例, 平均年龄(48±6)岁。3例为膜性肾病, 1例为结核性脑膜炎, 1例为食管癌放化疗后, 发病前均有糖皮质激素用药史。临床表现为发热、咳嗽、呼吸困难, 胸部CT表现为双肺磨玻璃影, 1, 3-β-D-葡聚糖试验结果均>1 000 ng/L。5例均行支气管肺泡灌洗, 1例BALF六亚甲基四胺银染色发现肺孢子菌包囊, 5例BALF二代测序均检出肺孢子菌和人类疱疹病毒核酸序列。5例均应用磺胺甲噁唑/甲氧苄啶治疗, 中位治疗时间33(23, 72) d, 1.44 g, 口服, 1次/8 h;更昔洛韦治疗中位时间为15(6, 22) d, 250 mg, 静脉滴注, 1次/12 h。经治疗后胸部CT表现及临床症状均好转, 无死...     

耶氏肺孢子菌肺炎的临床特征分析

目的 分析耶氏肺孢子菌肺炎患者的临床特点,以提高对此类疾病的认识,做到早诊早治。方法 选择2017年3月1日至2022年3月1日,空军军医大学第二附属医院收治的耶氏肺孢子菌肺炎患者43例,按是否感染HIV分为非HIV感染组17例,HIV感染组26例。分析两组患者性别、年龄、吸烟史,基础疾病,既往用药,临床症状、实验室检查、胸部CT资料及治疗、疗效。结果 非HIV感染组年龄(52.29±13.59)岁大于HIV感染组(39.42±12.55)岁;两组患者性别,临床症状,起病时间,白细胞总数、淋巴细胞总数及胸部CT表现差异无统计学意义(P>0.05),吸烟史、起病时间小于1周、既往用药基础疾病、合并症,静滴丙种球蛋白、使用机械通气及疗效差异有统计学意义(P<0.05)。非HIV感染组,胸部CT表现、起病时间、治疗中激素使用、丙种球蛋白使用无统计学意义(P>0.05),机械通气使用有统计学意义(P<0.05)。结论 中年,有吸烟史,基础疾病,服用激素或免疫抑制剂患者,在小于1周内出现双肺弥漫性病变后应考虑耶氏肺孢子菌肺炎可能,静滴丙种球蛋白有可能疗效亦不佳,使用机械通...     

艾滋病合并耶氏肺孢子菌肺炎及马尔尼菲青霉病56例临床分析

艾滋病（AIDS）患者免疫功能极度低下,容易并发各种机会性感染,有些甚至是多种感染混合存在,给诊断和治疗带来极大的困难,病死率高。近年来,我院发现AIDS合并耶氏肺孢子菌肺炎（PCP）及马永尼菲青霉病（PSM）56例。现将56患者的临床资料分析如下。     

肾病综合征合并卡氏肺孢子菌肺炎3例报告并文献复习

目的分析肾病综合征合并卡氏肺孢子菌肺炎（PCP）的临床和影像学表现。方法对3例肾病综合征合并PCP患者的临床资料进行分析,并进行相关文献复习。结果3例皆以发热、咳嗽、进行性呼吸困难为首发症状,影像学表现为双肺弥漫性磨玻璃影;2例合并呼吸衰竭;3例均痰中找到卡氏肺孢子菌;治疗药物包括复方磺胺甲嗯唑,克林霉素及卡泊芬净;2例治愈,1例死亡。结论肾病综合征合并PCP时,有典型的临床和影像学表现;肾病综合征患者免疫抑制治疗后出现进行性低氧血症应考虑PCP的可能性,需早期诊断、早期治疗。     

宏基因组二代测序技术在艾滋病合并肺诺卡菌病诊断中的应用（附1例报告）

宏基因组二代测序技术（mNGS）可对感染标本直接进行高通量测序,为复杂性感染提供快速精准诊断。本文分析1例艾滋病（AIDS）合并肺诺卡菌病患者临床表现及诊疗经过,探讨mNGS在诊断中的应用情况,为AIDS合并诺卡菌感染的诊治提供经验思路。患者入院时按常规临床症状、实验室检查等资料初始误诊为细菌性肺炎、肺结核,后结合mNGS诊断为肺诺卡菌感染,经经验性应用复方磺胺甲(口恶)唑联合阿米卡星抗诺卡菌治疗好转出院。该病例提示在免疫缺陷合并感染的患者中,应用mNGS进行病原体检测可指导感染性疾病诊断。