川北地区胃癌特异性表达基因的克隆

目的：构建胃低分化腺癌组织cDNA消减文库,筛选胃癌特异表达基因。方法：取胃低分化腺癌组织和癌旁正常黏膜组织,提取总RNA,逆转录cDNA,进行SSH构建消减文库获得序列标签,与载体连接、克隆、筛选、测序及同源性检索。结果：以癌旁正常黏膜组织为driver、胃低分化腺癌组织为tester成功构建cDNA消减文库,测序结果与公共数据库中已知基因和人类EST比较,获得5个特异性序列标签（NBPF1、FAM48A、RXFP2、ACTB和QDPR）。结论：应用SSH法成功构建胃低分化腺癌组织cDNA消减文库,初步筛选胃癌部分表达基因,为寻找川北地区胃癌发生发展的特异性基因奠定基础。     

Oncology基因芯片表达谱筛选胃癌演进过程中的差异表达基因

目的 在分子水平研究从正常胃黏膜上皮、中度异型增生（mGED）到胃癌演讲过程中的差异基因表达情况。方法 利用基因芯片技术比较筛选正常胃黏膜上皮、中度异型增生与胃癌各12例胃镜标本的差异基因表达。聚合酶链反应(RT-PCR)验证差异基因表达情况。结果 通过t检验和SAM检验筛选差异基因34个,有24个基因在以往的研究中被证实与各类癌症相关,其中6个基因在以往的胃癌研究中被证实与之相关,有10个基因尚未涉及癌症的研究; GO分析结果显示这些基因功能主要涉及细胞外分子结构、分子运动、细胞结构形成、调节细胞活性、细胞粘附、细胞生长发展和凋亡。RT-PCR验证MMP12、CARD14和CHI3L1的mRNA表达水平变化,结果与基因表达谱数据一致。结论 应用基因芯片技术比较筛选出胃癌演化形成过程中的34个显著表达异常基因。通过对这些基因的进一步研究,有望找到准确预测胃癌发生的基因、蛋白或非编码RNA,对提高早期胃癌的诊断率具有现实意义,同时可能找到治疗胃癌的新靶点。     

人骨肉瘤差异表达基因的筛选

目的 研究人骨肉瘤组织与正常骨组织之间的差异表达基因，探讨骨肉瘤的基因改变，为建立骨肉瘤的基因诊断方法打下基础。方法 采用mRNA差异展示技术，应用3条锚定引物和8条随机引物从人骨肉瘤组织与正常骨组织中分离出差异表达基因，对其进行,是序，用打点杂交技术证实其是否为差异表达基因，将筛选出差异表达基因在GenBank检索进行序列同源性分析。结果 筛选及克隆出6条差异条带，为ZOL03，ZOL51，1C82，1C74，2A21及2G12，RNA打点杂交证实它们在骨肉瘤中表达，在正常骨组织中不表达。6条差异片段经序列测定，在GenBank数据库中进行序列相似性分析，证实ZOL03，ZOL51同源性极低，1C82，1C74，2A21，2G12同源性较低，此6条片段为新基因序列ORF finder分析未发现具有开放读框，均属于非编码区序列，其中ZOL03和ZOL51两个序列在GenBank数据库中登录，接受号为BI894276和BI936370。结论 分离并克隆了人骨肉瘤组织与正常骨组织之间的6条差异表达基因，同源性差，均确认为新基因，可能是骨肉瘤差异表达相关基因。     

差异表达基因的几种筛选方法

多种因素导致的基因差异性表达与疾病的发生发展密切有关,分离差异表达基因,对于研究细胞生命过程的调节机制及致病机制具有重要意义. 20世纪90年代以来,先后出现了mRNA差异显示PCR(mRNA DDRT-PCR)、代表性差异分析(RDA)、抑制性消减杂交(SSH)、基因表达连续性分析(SAGE)和DNA微阵列(DNA microarray)等多种分析差别表达基因的方法. 我们对以上方法的原理、基本步骤及其应用进行简要综述.     

基于GEO数据库筛选胃癌差异表达基因及其功能和通路富集分析

目的 基于基因表达数据库（GEO）运用生物信息学方法挖掘胃癌诊断和预后相关的核心基因,筛选参与胃癌发生发展的分子靶标。方法 从GEO数据库中下载胃癌基因芯片数据GSE118916、GSE54129和GSE79973,筛选差异表达基因（DEGs）并进行分子功能和信号通路的富集分析,构建蛋白质互作网络（PPI）,根据网络节点和位置筛选出核心基因,利用癌症基因图谱（TCGA）中胃腺癌（STAD）的全基因组测序数据对核心基因进行表达水平和诊断预后的验证分析,最后通过qRT-PCR检测核心基因在不同胃癌细胞株中的表达水平。结果 共筛选出77个DEGs,主要位于细胞外基质（ECM）与基底膜,具有氧化还原酶和ECM受体配体活性,参与机体消化和激素代谢等生物学过程,与胃酸分泌、视黄醇和激素代谢等信号通路相关。共获得9个核心基因,其中SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3和THY1在胃癌中表达上调（P<0.05）;而TFF1、GKN1、TFF2、PGC在胃癌中下调（P<0.05）。生存预后分析显示,SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3、TFF2、THY1的异常表达与胃癌...     

基因芯片技术筛选乳腺癌相关差异表达基因

目的 分析并探讨乳腺癌与自身正常乳腺组织的差异表达基因。方法 采用全人类基因组芯片检测技术,筛查3对乳腺癌及其自身正常乳腺组织的差异表达基因,并通过real time PCR对部分差异表达基因进行验证。结果 全基因组差异分析结果显示,乳腺癌及其自身正常乳腺组织间有427个差异表达基因,其中上调基因231个,下调基因196个。在这一组基因中,与细胞增殖有关的基因有27个（12个表达上调,15个表达下调）,与细胞黏附有关的基因有15个（4个表达上调,11个表达下调）,与细胞凋亡有关的基因有13个（6个表达上调,7个表达下调）。结论 乳腺癌组织与自身正常乳腺组织在基因表达水平上存在较大差异,这些差异存在于不同生物学过程（如细胞增殖、细胞黏附、细胞凋亡等）中。     

基因芯片技术筛选大肠癌肝转移差异表达基因

目的:利用基因芯片技术研究大肠癌肝转移基因表达的改变及其相关基因.方法:收集手术切除5例大肠癌合并肝脏转移患者的原发和转移病灶的新鲜组织标本,提取总RNA,合成荧光标记的cRNA与Agilent human 1A oligo芯片杂交.挑选10个差异表达基因,分别设计引物,用实时RT-PCR法定量测定21例术中收集的新鲜原发和转移标本中各基因的表达水平,并比较和分析其表达差异.结果:以表达差异≥2.0或≤0.5倍为限,在5对标本中,共同上调110个基因,共同下调96个基因.挑选10个差异表达基因的实时RT-PCR结果与芯片结果完全相符.结论:大肠癌肝转移涉及众多基因表达的改变,应用基因微矩阵有助于发现基因变化的规律及其分子机理的深人研究.     

基因芯片筛选原发性肝癌患者的差异表达基因

目的利用基因表达谱芯片技术探讨原发性肝癌(PHC)不同阶段(癌组织、癌旁组织、正常组织)差异基因的表达,进一步寻找PHC不同阶段组织中的差异表达基因。方法提取20例肝癌癌组织、癌旁组织和正常组织的总RNA,应用Agilent人类全基因组4×44K基因芯片筛选差异表达基因,采用微阵列类分析(SAS)软件对芯片图像进行分析。结果筛选出癌组织与正常组织差异基因4 175个,其中上调基因1 850个,下调基因2 325个。对筛选出的差异基因进行GO分类,主要分为催化活性、信号转导、酶活性调节、转录活性调节、蛋白运输功能、细胞生长、凋亡等功能过程。结论利用基因芯片技术可高通量地筛选出PHC不同阶段组织的差异表达基因,为进一步阐明PHC的发生机制提供实验依据。     

胃癌差异表达基因及微RNA的研究

胃癌是我国常见的恶性肿瘤之一,其发生、发展和转移与很多参与细胞生长、增殖、分化等生物过程的基因有关,其中,微RNA(miRNA)可以通过调控胃癌的相关原癌基因及抑癌基因,从而影响胃癌细胞的生长、代谢和凋亡,并影响胃癌的发生、转移及对化疗药物的耐药性和预后。对这些基因及miRNA的研究有助于为胃癌诊断、治疗、评估预后提供新的生物标志物,进而针对不同患者制订个体的治疗方案。     

乳腺癌相关差异表达基因的筛选及分析

目的构建乳腺癌组织与癌旁正常乳腺组织差异表达的cDNA消减文库,筛选乳腺癌相关基因并进行分析。方法应用抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术对15对乳腺癌组织及正常癌旁乳腺组织进行差异基因的消减,构建cDNA消减文库,并转化大肠杆菌进行文库扩增,采用数字表法随机挑选克隆经PCR鉴定后,对200个阳性克隆插入片段的序列进行测定及同源性分析。结果建立了乳腺癌差异表达片段cDNA消减文库;通过测序和同源性分析,得到173个差异表达基因,其中26个与肿瘤发生发展相关;26个基因中有15个已被文献明确报道在乳腺癌组织或细胞中有差异表达。结论应用SSH技术成功建立了乳腺癌差异表达基因cDNA消减文库,为乳腺癌的发病机制研究及寻找潜在的治疗靶点提供了有力的支持。     

基于微阵列表达数据的可调FPR差异表达基因筛选

目的 基于微阵列表达数据,探索筛选差异表达基因的有效方法.方法 在传统t检验和方差分析的基础上,通过对重复实验数据的随机组合,构建秩统计量和期望秩统计量,通过调节二者的差值作为阈值,计算对应假阳性率(FPR),筛选差异表达基因.结果 将本方法应用于模拟数据集和真实微阵列表达数据上,均取得较好的效果.结论 本方法适用于微阵列表达数据,进行差异表达基因的筛选,并且比传统的方法更具灵活性.     

应用表达谱芯片筛选病理性瘢痕组织的差异表达基因

目的：采用表达谱芯片对病理性瘢痕组织和正常人皮肤组织进行检测,筛选病理性瘢痕组织的差异表达基因。方法：应用基因表达谱芯片筛选病理性瘢痕组织与正常人皮肤组织的差异表达基因,对差异表达基因数据进行Go和Pathway分析。结果：病理性瘢痕组织与正常人皮肤组织相比,差异表达2倍以上基因5 001个,差异表达5倍以上基因956个,差异表达20倍以上基因144个。结论：病理性瘢痕组织与正常皮肤组织在基因表达上,存在显著差异。病理性瘢痕的发生是由多种基因、多条通路共同参与作用的,基因通路间呈网络样动态连接。     

基因芯片筛选口腔扁平苔藓差异表达基因的研究

目的 用基因芯片技术筛选口腔扁平苔藓(oral lichen planus,OLP)相关基因.方法 分别从人OLP组织和正常口腔黏膜组织中提取总RNA并纯化为mRNA,再将2种组织的mRNA分别进行荧光标记,然后与含有32 050个位点的基因的人类基因芯片进行杂交,探针长度是60mer,杂交信号用Axon Genepix 400B Microarray Scanner扫描仪扫描,结果用芯片图像分析软件(Genepix Pro V6.0和Genesring)进行分析.结果 经过杂交筛选并与正常组织比较,从32 050个基因中筛选出差异有统计学意义的表达基因142个,其中上调的基因有25个,下调的基因有117个.结论 OLP的发生、发展过程中存在着多条不同功能基因表达调控的改变,运用基因表达谱芯片可以初步筛选出OLP相关基因.     

利用基因芯片筛选动脉钙化大鼠差异表达基因

目的：利用基因芯片技术筛选正常大鼠和动脉钙化大鼠腹主动脉组织中差异表达基因及检测转化生长因子－β（TGF－β）、基质金属蛋白酶－2（MMP－2）和基质金属蛋白酶－9（MMP－9）的表达量,以探讨动脉钙化发病的可能机制。方法通过皮下注射大剂量维生素D3建立大鼠动脉钙化模型,采用Von Kossa染色观察动脉钙化程度,基因芯片技术筛选两组大鼠差异表达基因及检测TGF－β、MMP－2和MMP－9的表达量。结果与对照组相比,模型组差异表达的基因有710条,其中上调基因344条,下调基因366条。模型组TGF －β1、TGF－β3和MMP－2的表达均明显上调,差异具有统计学意义（P＜0.05）,而TGF－β2和MMP－9的表达则无明显差异（P＞0.05）。结论动脉钙化的形成是多基因共同作用的结果,其中TGF－β、MMP－2和MMP－9对动脉钙化的发生发展起着至关重要的作用,其机制还有待进一步研究。     

利用基因芯片技术筛选重症肌无力差异表达基因

目的：筛查胸腺组织重症肌无力（MG）相关基因,探讨MG发生机制．方法：分别抽提6例MG患者胸腺组织及正常胸腺组织总RNA,逆转录合成相应以Cy5和Cy3标记的cDNA-链做探针,在含有14000点人类基因组芯片BiostarH-140s上进行杂交,ScanArray4000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用GenePixPr03．0软件对扫描图像进行数字化处理和分析．利用实时荧光定量PCR技术,对筛选出的部分差异表达基因变化水平,在39例MG胸腺组,10例正常对照胸腺组中进行分析验证．结果：筛选出差异表达的基因254个,其中MG胸腺组中表达上调的基因82个,表达下调的基因172个．这些异常表达的基因按照功能,可以分为原癌基因和抑癌基因（3／3,即上调基因3个／下调基因3个,下同）、免疫相关蛋白（1／9）、细胞受体（1／2）、离子通道和运输蛋白（2／3）、细胞信号和传递蛋白（8／13）以及未知功能基因．验证实验显示,MG胸腺组天冬氨酰氨基葡糖苷酶（AGA）和分拣微管连接蛋白17（SNX17）相对表达量分别为[（0．671±0．078）,（0．698±0．085）,n=39],与正常胸腺组的[（0．611±0．043）,（0．617±0．068）,n=10]相比较,差异有统计学意义（P〈0．05）．结果与基因芯片一致．结论：MG患者胸腺组织与正常胸腺组织之间存在明显的基因表达差异,为MG患者提供相当数量的与免疫、细胞受体和细胞信号传递等相关的差异表达基因,为MG早期诊断和治疗提供了线索．     

利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因

目的 筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因。方法 应用美国AffymetrixHG-U133寡核苷酸芯片(代表迄今所知的32264个人类全基因,包括19308个已知的人类基因和12956个EST簇)检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱,并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证;综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据。结果 获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs3125个(包括肿瘤上调基因ESTs974个、下调基因ESTs2151个);大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs245个;大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs162个;最重要的大肠癌差异表达基因ESTs17个。本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80.1%未见报道。结论 综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略,可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础。     

利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因

目的筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因。方法应用美国AffymetrixHG—U133寡核苷酸芯片（代表迄今所知的32264个人类全基因．包括19308个已知的人类基因和12956个EST簇）检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱，并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证；综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据结果获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs3125个（包括肿瘤上调基因ESTs974个、下调基因ESTs2151个）；大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs245个：大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs162个；最重要的大肠癌差异表达基因ESTs17个。本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80．1％未见报道。结论综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略，可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础。     

大肠癌肝转移相关的间质差异表达基因的筛选

目的联合应用激光捕获显微切割和基因芯片技术,构建伴有肝转移的大肠癌原发灶间质组织和不伴肝转移的大肠癌间质组织基因表达谱,从间质中筛选与大肠癌肝转移相关的基因。方法分别对上海市第六人民医院于2008年7月至2010年7月收集的4例伴有肝转移的大肠癌原发灶组织和4例不伴肝转移的大肠癌组织行激光捕获显微切割,获取各自的间质组织。提取微量RNA,结合安捷伦人全基因组表达谱芯片(4×44 K 2.0)技术,构建8例间质组织标本全基因组表达谱,筛选出大肠癌肝转移间质相关基因;选择显著上调及下调的前2位基因行实时定量PCR验证。结果在4对新鲜标本的芯片杂交检测中共筛选出1948条基因发生差异表达,其中上调的有1266条,下调的有682条。对骨膜蛋白(Periostin)/胰岛素样生长因子2(IGF-2)/过氧化物酶体增殖活化受体γ共激活因子(PGC-1)/趋化因子配体21(CCL21)这4个基因的实时定量PCR检测结果与基因芯片筛选的检测结果基本一致。结论联合应用激光捕获显微切割和基因芯片技术成功筛选出大肠癌肝转移间质相关基因,为寻找大肠癌肝转移临床早期诊断的分子标志物和靶向治疗提供坚实的理论基础。