人大肠癌和癌旁组织消减cDNA文库的构建和鉴定

背景：抑制消减杂交(SSH)是一种较成熟的分离差异表达基因的方法，但用该方法构建大肠癌特异性基因消减cDNA文库和筛选相关基因的研究较少。目的：构建人大肠癌和癌旁组织的消减cDNA文库。方法：应用SSH技术分离大肠癌和癌旁正常组织差异表达基因的cDNA片段，将其与pGEM-T Easy载体连接，构建消减cDNA文库。将连接产物转化大肠杆菌DH5α进行文库扩增。随机挑取200个白色克隆，以聚合酶链反应(PCR)进行鉴定。结果：进行PCR扩增的200个克隆中，176个克隆有插入片段，片段分布于200～700bp。结论：成功构建了人大肠癌组织和癌旁组织差异表达基因的消减cDNA文库，为高通量筛选、克隆大肠癌特异性基因奠定了基础。     

应用抑制性消减杂交技术克隆筛选丙型肝炎病毒F蛋白结合蛋白2反式激活基因

目的:应用抑制性消减杂交(SSH)技术构建新基因丙型肝炎病毒F蛋白结合蛋白2(HCVFBP2)反式激活基因差异表达的cDNA消减文库,克隆HCVFBP2反式激活相关基因.方法:以HCVFBP2表达质粒pcDNA3.1(-)-FBP2转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)转染的HepG2细胞为对照;制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA并逆转录为cDNA,经RsaⅠ酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制多聚酶链反应(PCR),将产物与pGEM-Teasy载体连接,构建cDNA消减文库,转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析.结果:成功构建人类新基因HCVFBP2反式激活基因差异表达的cDNA消减文库.文库扩增后选取48个克隆,进行菌落PCR分析,均得200～1000bp插入片断.挑取30个克隆进行测序,通过生物信息学分析获得28个已知功能基因序列和2个未知功能基因.结论:应用SSH技术成功构建了HCVFBP2反式激活基因差异表达的cDNA消减文库.该文库的建立为阐明HCVFBP2生物学功能提供理论依据.     

胰腺癌抑制消减cDNA文库的构建及质量分析

目的构建人胰腺癌抑制消减cDNA文库.方法从来源于同一标本的胰腺癌和癌旁正常组织分离poly(A)+ RNA,经反转录后,利用抑制消减杂交(SSH)方法,通过两轮杂交和两次抑制PCR构建了两种组织间差异表达基因的cDNA消减文库.结果挑取500个克隆进行PCR扩增检测是否有插入片段,结果显示其中 457个克隆有插入片段,片段大小范围为 250～750 pb.结论应用消减杂交的方法,再经适当的改进,在去除相同遗传背景的条件下,可以建立较特异的胰腺癌cDNA消减文库,该文库为进一步批量筛选胰腺癌发生的相关基因群并克隆胰腺癌相关表达基因,研究其胰腺癌发生的分子机理与生物学特性间的关系奠定了基础.     

人胰腺癌抑制消减cDNA文库的构建

目的应用抑制消减杂交技术(SSH)构建胰腺癌和正常胰腺组织间差异表达的抑制消减cDNA文库.方法分别提取胰腺癌(tester)和癌旁正常胰腺组织(driver)中的总RNA和mRNA,合成双链cDNA,经Rsa Ⅰ酶切后,将胰腺癌双链cDNA分为两组,分别加上不同的接头,再与正常胰腺组织cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性PCR,分离出胰腺癌差异表达基因的cDNA片段.将该差异表达片段克隆至T/A载体,并转化大肠杆菌TOP 10F',经蓝白斑筛选后,再用PCR方法筛选阳性克隆,从而构建胰腺癌抑制消减cDNA文库.结果文库扩增后得到257个白色克隆,随机挑取50个阳性克隆进行PCR扩增分析,其中47个克隆有插入片段,克隆阳性率为94%,片段大小主要集中在300～600bp之间.结论成功构建了人胰腺癌抑制消减cDNA文库,为进一步筛选、克隆胰腺癌特异性表达基因奠定了基础.     

人胰腺癌抑制消减cDNA文库的构建

目的应用抑制消减杂交技术(SSH)构建胰腺癌和正常胰腺组织间差异表达的抑制消减cDNA文库。方法分别提取胰腺癌(tester)和癌旁正常胰腺组织(driver)中的总RNA和mRNA．合成双链cDNA，经RsaI酶切后，将胰腺癌双链cDNA分为两组，分别加上不同的接头，再与正常胰腺组织cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性PCR，分离出胰腺癌差异表达基因的cDNA片段。将该差异表达片段克隆至T／A载体，并转化大肠杆菌TOP10F’，经蓝白斑筛选后，再用PcR方法筛选阳性克隆，从而构建胰腺癌抑制消减cDNA文库。结果文库扩增后得到257个白色克隆，随机挑取50个阳性克隆进行PCR扩增分析，其中47个克隆有插入片段．克隆阳性率为94％，片段大小主要集中在300～600bp之间。结论成功构建了人胰腺癌抑制消减cDNA文库，为进一步筛选、克隆胰腺癌特异性表达基因奠定了基础。     

乙型肝炎病毒X蛋白反式激活基因克隆化的研究

目的 应用抑制性消减杂交（SSH）技术构建乙型肝炎病毒X蛋白（HBX）反式激活基因差异表达的cDNA消减文库，克隆HBX反式激活相关基因。方法 以HBX表达质粒pcDNA3.1(-)-X转染HepG2细胞，以空载体pcDNA3.1(-)转染的HepG2细胞为对照。制备转染后的细胞裂解液，提取mRNA并逆转录为cDNA，经RsaⅠ酶切后，将实验组cDNA分成两组。分别与两组不同的接头衔接，再对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制聚合酶链反应（PCR），将产物与T/A载体连接，构建cDNA消减文库，并转染大肠杆菌进行文库扩增，随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析。结果 成功构建人HBX反式激活基因差异表达的cDNA消减文库；文库扩增后得到85个白色克隆，进行菌落PCR分析。均得以200-1000bp插入片段，挑取含有插入片段的65个克隆进行测序，并通过生物信息学分析获得19种已知基因序列。和15个未知基因。结论 应用SSH技术成功构建了HBX反式激活基因差异表达的cDNA消减文库，该文库的建立为进一步阐明HBX反式调节的靶基因及致肝细胞癌发生的分子生物学机制提供理论依据。     

应用抑制性消减杂交技术克隆NS5A-TP4反式激活基因

目的：应用抑制性消减杂交(SSH)技术构建人类新基因NS5A-TP4反式激活基因差异表达的cDNA消减文库，克隆NS5A-TP4反式激活相关基因，了解该基因的可能生物学功能。方法：以NS5A-TP4表达质粒pcDNA3．1(-)-TP4转染HepG2细胞，以空载体pcDNA3．1(-)转染的HepG2细胞为对照；制备转染后的细胞裂解液，从总RNA中提取mRNA并逆转录为cDNA，经RSaⅠ酶切后，将实验组cDNA分成两组，分别与两种不同的接头衔接，再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制多聚酶链反应(PCR)，将产物与pGEM-Teasy载体连接，构建cDNA消减文库，并转染大肠杆菌进行文库扩增，随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析。结果：成功构建人类新基因NS5A-TP4反式激活基因差异表达的cDNA消减文库。文库扩增后得到63个白色克隆，进行菌落PCR分析，均得到200～1000bp插入片段。挑取含有插入片段的36个克隆进行测序，并通过生物信息学分析获得20种已知功能基因序列和5个未知功能基因。结论：应用SSH技术成功构建了NS5A-TP4反式激活基因差异表达的cDNA消减文库。该文库的建立为阐明NS5A-TP4生物学功能提供理论依据。     

正常肝组织与肝癌组织差异表达基因消减cDNA文库的构建

目的 构建人正常肝组织与肝癌组织差异表达基因的消减cDNA文库。方法 采用新近建立的抑制消减杂交技术,以癌旁正常肝组织及肝癌组织作为对比材料,分离肝癌组织中不表达或低表达基因的cDNA片段,将其与T载体进行T/A连接构建文库,将连接产物用电穿孔法转化大肠杆菌进行文库扩增后,随机挑取100个白色克隆进行酶切鉴定。结果 扩增消减cDNA文库获得4000余个白色阳性克隆,随机挑取的100个白色克隆进行酶切鉴定。结果 扩增消减cDNA文库获得4000余个白色阳性克隆,随机挑取的100个白色克隆经酶切后均有200-600bp的插入片段。结论 用SSH法及T/A克隆技术成功构建了正常肝组织与肝癌组织差异表达基因的消减cDNA文库,该文库的建立为进一步筛选、克隆肝癌组织中失活或低表达的新的抑癌基因奠定了基因。     

日本血吸虫病肝纤维化小鼠肝星状细胞差异表达cDNA文库的构建和筛选

目的构建日本血吸虫病肝纤维化小鼠肝星状细胞差异表达基因的消减cDNA文库,并筛选差异表达基因。方法取日本血吸虫尾蚴经腹部感染小鼠致肝纤维化。采用抑制性消减杂交技术(SSH),分离小鼠肝星状细胞(HSC)及正常小鼠HSC,通过对比寻找差异表达基因。将其与T载体连接(T/A克隆),其产物转化大肠埃希菌DH5α,经文库扩增后,随机挑取白色克隆进行酶切鉴定,克隆经过正、反向杂交,阳性克隆经过测序和BLAST(局部相似性基本查询工具)进行表达序列标签(ESTs)差异基因分析。最后经模拟Northern印迹确认基因表达差异。结果扩增消减cDNA文库获得400余个白色阳性克隆,随机挑取的克隆经酶切鉴定后均有200～600 bp插入片段。ESTs分析获得76个序列,其中70个序列提示与血吸虫病肝纤维化或与其相关的基因,6个在公共数据库中未找到同源序列片段。结论用SSH法及T/A克隆技术成功构建了肝纤维化小鼠HSC与正常小鼠HSC差异表达基因的消减cDNA文库。     

嗜人按蚊雌蚊消减cDNA文库的构建及分析

目的 构建嗜人按蚊雌雄蚊差异表达cDNA文库。为进一步筛选、克隆嗜人按蚊雌雄蚊差异新基因奠定基础。方法 以嗜人按蚊为实验模型．分别将雌蚊和雄蚊作为T组和D组．采用抑制消减杂交方法和T／A克隆技术构建嗜人按蚊差异表达cDNA文库。扩增正向消减cDNA文库获得3000余个阳性克隆．随机挑取100个克隆进行PCR扩增，90％的克隆中均有200～1000bp的插入片段。测序显示．有与冈比亚按蚊未知功能基因同源的克隆，去除重复序列，得到72个EST序列．其中40与已知序列具有相似性．32个为新的EST序列。本项研究成功构建了嗜人按蚊雌蚊差异表达cDNA文库，获得了32个新的EST序列。从而为下一步筛选、克隆嗜人按蚊性别差异新基因打下了基础。     

Construction of a metastasis-associated gene subtracted cDNA library of human colorectal carcinoma by suppression subtraction hybridization

AIM: To construct a differentially-expressed gene subtracted cDNA library from two colorectal carcinoma (CRC) cell lines with different metastatic phenotypes by suppression subtractive hybridization. METHODS: Two cell lines of human CRC from the same patient were used. SW620 cell line showing highly metastatic potential was regarded as tester in the forward subtractive hybridization, while SW480 cell line with lowly metastatic potential was treated as tester in the reverse hybridization. Suppression subtractive hybridization (SSH) was employed to obtain cDNA fragments of differentially expressed genes for the metastasis of CRC. These fragments were ligated with T vectors, screened through the blue-white screening system to establish cDNA library. RESULTS: After the blue-white screening, 235 white clones were picked out from the positive-going hybridization and 232 from the reverse. PCR results showed that 200-700 bp inserts were seen in 98% and 91% clones from the forward and reverse hybridizations, respectively. CONCLUSIONS: A subtractive cDNA library of differentially expressed genes specific for metastasis of CRC can be constructed with SSH and T/A cloning techniques.     

Construction of a metastasis-associated gene subtracted cDNA library of human colorectal carcinoma by suppression subtraction hybridization

AIM:To construct a differentially-expressed gene subtractedcDNA library from two colorectal carcinoma (CRC) cell lineswith different metastatic phenotypes by suppressionsubtractive hybridization.METHODS:Two cell lines of human CRC from the samepatient were used.SW620 cell line showing highlymetastatic potential was regarded as tester in the forwardsubtractive hybridization,while SW480 cell line with lowlymetastatic potential was treated as tester in the reversehybridization.Suppression subtractive hybridization (SSH)was employed to obtain cDNA fragments of differentiallyexpressed genes for the metastasis of CRC.These fragmentswere ligated with T vectors,screened through the blue-white screening system to establish cDNA library.RESULTS:After the blue-white screening,235 white cloneswere picked out from the positive-going hybridization and232 from the reverse.PCR results showed that 200-700 bpinserts were seen in 98% and 91% clones from the forwardand reverse hybridizations,respectively.CONCLUSIONS:A subtractive cDNA library of differentiallyexpressed genes specific for metastasis of CRC can beconstructed with SSH and T/A cloning techniques.     

Identification of differentially expressed genes in normal mucosa, adenoma and adenocarcinoma of colon by SSH

Abbreviation CRC colorectal cancer.SSHsuppression subtrsctive hybridization.LD PCR longdistance polymerase chain reaction.HLA human leukocyteantigen.IGRBP insulin-like growth factor binding protein.GN guanylin,EF1 elongation factor 1AIM To construct subtracted cDNA libraries and furtheridentify differentially expressed genes that are related tothe development of colorectal carcinoma(CRC).METHODS Suppression subtractive hybridization(SSH)was done on cDNAs of normal mucosa,adenoma andadenocarcinoma tissues from the same patient.Threesubtracted cDNA libraries were constructed and thenhybridized with forward and backward subtracted probesfor differential screening.Positive clones from eachsubtracted cDNA library were selected for sequencing andBLAST analysis.Finally,virtual Northern Blot confirmedsuch differential expression.RESULTS By this way,there were about 3-4×10~2clones identified in each subtracted cDNA library,inwhich about 85% positive clones were differentiallyscreened.Sequencing and BLAST homology searchrevealed some clones containing sequences of knowngene fragments and several possibly novel genes showingfew or no sequence homologies with any knownsequences in the database.CONCLUSION All results confirmed the effectiveness andsensitivity of SSH.The differentially expressed genesduring the development of CRC can be used to shed lighton the pathogenesis of CRC and be useful genetic markersfor early diagnosis and therapy.     

人甲状腺乳头状癌高表达基因片段筛选与克隆

应用抑制性消减杂交技术构建人甲状腺乳头状癌cDNA消减文库 ,并从中克隆了 3个cDNA片段 ,通过测序 ,同源性分析 ,表明这些片段与来自恶性肿瘤相关基因片段具有同源性 ,提示他们可能在甲状腺癌的发生发展中起到某种重要作用。     

申克孢子丝菌菌丝相和酵母相cDNA消减文库的构建及差异表达基因的筛选

目的构建申克孢子丝菌双相cDNA消减文库,筛选与双相转换相关的差异表达基因。方法运用抑制性消减杂交技术,构建申克孢子丝菌菌丝相（Mycelium,M）和酵母相（Yeast,Y）的正反cDNA消减文库,并对其差异表达的基因进行生物信息学分析。结果 M＋Y文库获得751条表达序列标签（Expressed Sequence Tags,ESTs）,经拼接后获得101条uni-genes;Y＋M文库获得875条ESTs,拼接获得249条unigenes。申克孢子丝菌酵母相菌丝相的转换伴随着不同菌相细胞差异基因的高表达,这些高表达的差异基因可分为结构基因类、代谢酶类、细胞表面分子类及功能不明的细胞分子。结论成功构建了申克孢子丝菌双相转换相关的cDNA消减文库基础上,筛选出部分差异表达基因,为进一步研究申克孢子丝菌致病相关基因奠定了基础。     

应用抑制性消减杂交技术筛选丙型肝炎病毒非结构蛋白2反式调节基因

目的:构建丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白2(NS2)反式调节基因cDNA消减文库,研究HCV NS2蛋白的反式调节基因.方法:应用抑制性消减杂交(SSH)技术筛选转染pcDNA3.1(-)-NS2和空载体pcDNA3.1(-)的HepG2细胞差异性表达基因,并进行生物信息学分析.结果:获得12个差异表达的已知蛋白基因和3个未知功能基因序列,包括:磷脂酰肌醇蛋白聚糖3(glypican 3, GPC3)、酸性核糖体磷蛋白PO、核糖体蛋白L13a、整合素β1、天冬酰胺合成酶、信号肽酶、α-2-HS-糖蛋白、小核糖体蛋白多肽G、蛋白酶样亚单位、黄体酮受体、SDR家族脱氢酶8、Ras家族RAB4A、具有BTB/POZ结构的新蛋白、具有coiled-coil-helix结构的新蛋白、未知功能基因.结论:成功构建HCV NS2反式调节的相关基因cDNA消减文库,为今后进一步分析、研究病毒蛋白的致病机制提供了线索.     

马尔尼菲青霉酵母相消减cDNA文库的构建及初步筛选

目的构建马尔尼菲青零酵母相抑制性消减cDNA文库，寻找其在酵母相中的差异表达基因。方法分别提取马尔尼菲青零菌丝相和酵母相的总RNA并合成cDNA，然后应用抑制性消减杂交技术（SSH）。以酵母相为tester（检测子），菌丝相为driver（驱赶子），连接不同的接头，通过两轮杂交和两次抑制性PCR后，将产物与T载体连接并转染大肠杆菌。经PCR鉴定，共得到480条插入片段。序列分析和同源性比较表明一些基因与细胞壁抗原、转运蛋白、氧化还原酶等具有同源性。结果成功构建了一个以酵母相为tester（检测子）的抑制性消减cDNA文库。结论所构建的cDNA消减文库为进一步筛选马尔尼菲膏零致病相关基因奠定了基础。