烟台地区病毒性脑炎病毒分离与病原学分析

目的了解烟台地区病毒性脑炎病原谱及其基因特征。方法采集烟台地区病毒性脑炎患者脑脊液46份及粪便标本10份,通过细胞培养分离病毒,RT-PCR扩增肠道病毒VP1区并测序,进行基因序列分析。结果从46例病毒性脑炎患者脑脊液标本中分离到11株病毒,分离率为23.91%,10份粪便标本中分离病毒5株。16株病毒经鉴定7株为肠道病毒,其中EV71型4株。EV71与其他地区流行株VP1区序列差异较小。结论烟台市病毒性脑炎以肠道病毒为主,有EV71型流行,与其他地区流行株相比,EV71型VP1区基因变异较小。     

手足口病病例及其密切接触者病原检测与基因特征分析

目的了解广东省手足口病病例及其密切接触者病原体基因型,为科学防控手足口病提供依据。方法采集手足口病病例及其密切接触者的粪便标本,采用荧光定量PCR检测病原体基因,采用RDa细胞进行病毒分离,对毒株进行VP1区全序列分析。结果EVT1或CA16感染病例密切接触者均分别检出EVT1或CA16,阳性率分别为25．64％和38．03％;EV71毒株与C4亚型的C4a群同源性最高（98．50～98．7％）;5株CA16毒株与B1亚型的B1b群同源性最高（94．9％～97．1％）;16株CA16毒株与B1亚型的B1a群同源性最高（97．4％～98．1％）;病例与其密切接触者的EV71或CA16毒株核苷酸同源性分别为99．9％～100．0％和99．8％～100．0％。结论2010年广东省手足口病病原体EV71属C4亚型C4a群;CA16属B1亚型,包括Bla和B1b两个群;病例与其密切接触者病毒分离株的VP1区核苷酸高度同源,但存在变异现象。     

2011年天津市手足口病病原检测与基因特征分析

目的对天津市2011年手足口病(HFMD)进行病原学检测,并对引起HFMD的肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(CVA16)进行基因特征分析,为天津市HFMD的防控提供基础资料。方法采用Real time RT-PCR方法对HFMD疑似病例标本进行检测,用人横纹肌瘤(RD)细胞对部分阳性标本进行病毒分离;随机挑取16株EV71病毒分离株和9株CVA16病毒分离株,进行VP1区基因扩增,并进行核苷酸序列和遗传进化关系分析。结果共检测HFMD疑似病例1 853例,总阳性率为70.91%(1314/1853),其中EV71占49.10%,CVA16占21.61%,EV71和CVA16双阳性占0.91%,其他肠道病毒(EV)占28.46%。16株EV71分离株与C4a亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性(97.3%～99.1%),属于C4a基因亚型;9株CVA16分离株与B1b亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性(94.9%～95.4%),属于B1b基因亚型。结论 2011年引起天津市HFMD的EV71型病毒流行株为C4a基因亚型,CVA16型病毒流行株为B1b亚型,并兼有一定比例的其他肠道病毒。     

上海地区2009年上半年手足口病患儿肠道病毒71病毒壳体蛋白VP1基因的检测与亚型分析

目的 了解2009年4月至5月肠道病毒(EV)71在上海地区儿童手足口病(HFMD)中的分子流行病学特点.方法 收集2009年4月至5月在复旦大学附属儿科医院临床诊断为HFMD的95例住院患儿咽拭子标本73份与粪便标本38份,采用TaqMan实时RT-PCR及套式RT-PCR进行EV71病毒壳体蛋白VP1基因检测,并进行基因测序分析.结果 73份咽拭子标本中,EV71阳性6份,检出率为8.2%;38份粪便标本中,EV71阳性24份,检出率为63.2%.28份套式RT-PCR阳性标本基因测序分析结果显示,27株为C4亚型,为绝对优势流行株,另有一株为C2亚型株;1例死亡患儿分离株为C4亚型,其VP1基因序列未见明显变异.结论 EV71是上海地区2009年4月至5月儿童HFMD的重要病原体,C4亚型株占绝对优势地位,同时伴有C2亚型株的流行.     

2012年天津市手足口病病原与分子流行病学分析

目的对天津市2012年的手足口病病例进行病原学检测,并对引起HFMD流行的肠道EV71型（EV71）和柯萨奇A组16型（CVA16）病毒进行分子生物学特征分析。方法利用Real—time PCR检测HFMD疑似病例标本,用人横纹肌肉瘤（RD）细胞对Real—time PCR检测阳性的部分病例标本进行病毒分离。随机挑取9株EV71病毒分离株和8株CVA16病毒分离株,采用PCR扩增VPl全基因,并进行核苷酸序列和遗传进化分析。结果共检测HFMD疑似病例1829例,肠道病毒总阳性率为81．30％（1487／1829）,其中EV71占39．88％,CVA16占38．33％,其他EV占21．79％。9株EV71分离株与C4亚型的C4a分支代表株的核苷酸序列同源性为97．3％～98．5％,均归属于C4a分支;8株CVA16分离株与B1亚型代表株的核苷酸序列同源性为92．9％～97．1％,其中7株属于B1b分支,1株属于B1a分支。结论导致天津市2012年HFMD流行的EV71为C4亚型中的C4a病毒株,CVA16为B1亚型的B1b病毒株。     

手足口病患儿感染肠道病毒71型全基因组基因特征分析

目的从手足口病患儿粪便中分离肠道病毒71型(EV71),对其进行全基因组测序,了解秦皇岛市EV71全基因组基因特征,为手足口病的综合防治提供依据。方法从秦皇岛市各医院收集手足口病患儿粪便标本,进行EV71检测,阳性标本进行病毒分离及核酸提取,通过RT-PCR进行全基因组序列扩增,通过电泳、测序及序列拼接一系列操作分析其基因特征。结果用提取的核酸扩增出7 406bp的目的基因片段测序后与已记录的EV71相应序列进行比对完全一致,且测序峰图较好,可信度也较高;各基因片段间通过核苷酸序列拼接后得出,秦皇岛市医院EV71全基因组序列长7 406bp,编码区各基因片段的长度分别为:2A450bp、2B297bp、2C987bp、3A258bp、3B66bp、3C549bp、3D1 386bp、VPl 891bp、VP2 762bp、VP3 726bp、VP4 207bp。结论秦皇岛市EV71分离株为C4a型全基因组序列长7 406bp,可为当地手足口病的防控提供参考。     

2009-2017年江苏省手足口病病原谱及柯萨奇A16型的分子流行病学研究

目的 描述2009-2017年江苏省手足口病(HFMD)病原谱及柯萨奇A16型(CVA16)的流行病学、基因变异及遗传进化特征。方法 对2009-2017年江苏省手足口病发病资料和病原学检测情况进行统计分析,选取120株CVA16病毒分离株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸及氨基酸序列进行同源性比较及系统进化分析。结果 2009-2017年江苏省共报告手足口病1 013 771例。其中, 手足口病肠道病毒阳性病例37 389例,主要病原构成为EV71(39.85%)和CVA16(30.13%);重症病例中,以EV71为主要病原,CVA16及其他肠道病毒引起的重症病例较少。CVA16在每年的3~7月和9~11月出现流行高峰,主要感染1~4岁年龄段儿童,男性比例高于女性。江苏省地区流行的CVA16毒株属于B1a亚型和B1b亚型,其中B1b亚型为优势流行基因亚型。120株CVA16病毒分离株VP1区核苷酸及编码氨基酸序列同源性分别为87.5%~100%、97%~100%。结论 2009-2017年,江苏省地区流行的CVA16具有明显的时间、人群分布特征;120株CVA16分离株属于B1a亚型和B1b亚型。CVA16分离株核苷酸序列变异较大,但氨基酸同源性较高,推断存在一定的同义突变。     

英山县手足口病爆发高峰期病原学及流行病学观察

目的:了解英山县2013-04-2013-05间手足口病爆发高峰期病原学及流行病学特征,为本地区手足口病的防治提供依据。方法:采集109例手足口病患者咽拭子标本,采用实时荧光定量PCR方法进行肠道病毒通用型、肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CA16)的核酸检测。结果:肠道病毒通用型阳性81例,阳性率为74.3%;EV71病毒阳性63例,阳性率为57.8%;CA16阳性19例,阳性率为17.4%;其中EV71和CA16双阳性12例,阳性率为11.0%。此次爆发高峰期的发病患者年龄集中在1~4岁儿童,并且男性患儿明显多于女性,以散居儿童和幼托儿童为主,EV71亚型发热患者所占比率要显著高于CA16亚型。结论:英山县2013年手足口病高峰期的主要病原体是EV71亚型,了解患者手足口病感染的病原体亚型及流行病学特征。     

2010年福建省肠道病毒71型分离株的基因型特征研究

摘 要:目的 全面研究和了解肠道病毒71型在福建省的遗传背景,分析和探讨肠道病毒71型在我省的基因型地理分布特征及传播特征。方法 对2010年福建省9个设区市的 50株EV71分离株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸序列进行同源性比较及遗传进化分析。结果 2010年福建省50株EV71型分离株的VP1区核苷酸序列全长均为891个bp,核苷酸及氨基酸序列同源性比较,50株EV71型分离株之间的VP1区核苷酸序列同源性为95.4%-100%,编码蛋白氨基酸序列同源性为97.3%-100%,与08年阜阳流行株Fuyang17.08-2同源性最高,核苷酸序列同源性为97.1%-99.3%,氨基酸序列同源性为98.7%-100%;VP1区基因遗传进化分析,与Fuyang17.08-2株进化关系较为接近,同属于C4a基因亚型。结论 2010年福建省50株EV71型分离株均属于C4a基因亚型,未产生明显的抗原漂移及变异;福建省及各个地市均分布亲缘关系较近的C4a基因亚型的EV71多传播链病毒,应加强长期动态地监测和分析。关键词:肠道病毒71型;VP1区;基因型特征;     

2011年龙岩市流行株柯萨奇病毒A组16型VPl基因特征分析

目的分析2011年龙岩市流行的柯萨奇病毒A组16（CVA16）分离株的分子生物学特征。方法对从龙岩市2011年散发的手足口病（HFMD）患者标本中分离CVA16病毒,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增VPl基因片段全长,并对扩增产物测序。根据VPl基因核苷酸序列与国内外其他CVA16毒株序列构建进化树,并进行核苷酸和氨基酸同源性分析。结果 4株龙岩分离株CVA16核苷酸同源性为99%~100%。比较推导的氨基酸序列,VP1不存在位点差异,氨基酸序列完全相同。对分离株病毒进行VP1核苷酸序列两两差异分析,与国内其他分离株VP1基因序列的一致性为87%~100%。确定4株CVA16病毒均属于B1b基因型。结论引起2011年龙岩市HFMD流行的CVA16病毒均为B1b基因型,与目前国内其他地区流行毒株高度同源。     

新疆兵团第五师手足口病流行病学及病原学特征分析

目的 分析新疆生产建设兵团(简称兵团)第五师手足口病实验室检测结果,了解手足口病流行病学及病原学特征.方法 2011-2019年采集兵团第五师疑似手足口病患者粪便标本133份,应用荧光RT-PCR方法检测肠道病毒(HEV)、肠道病毒71型(EV 71)、柯萨奇病毒A组16型(CoxA16)、柯萨奇病毒A组6型(Cox A6)和柯萨奇病毒A组10型(CoxA10)的特异性核酸,选取部分阳性标本扩增VP1序列、测序并分析序列.结果 133份标本,检出阳性123份,临床标本实验室检测总阳性率92.48％;患者男性多于女性,1～5岁病例最多(109例、占81.95％);4月开始发病并呈上升态势至6月后逐渐下降,5-8月为发病高峰期;核酸检测肠道病毒病原分型以CoxA16 (46.34％)、EV71(23.58％)和Cox A6(17.89％)为主,其他未分型占12.19％;病毒VP1基因序列分析,病例标本中CoxA16均属B1b亚型、Cox A6均属D2亚型,与国内近年某些地区流行株有较近亲缘关系.结论 兵团第五师手足口病主要以EV 71,CoxA16和Cox A6感染为主,存在感染人群年龄组和季节性差异;应根据当地手足口病流行病学及病原学特征制定政策,强化当地手足口病防控措施.     

2017年南京市2株肠道病毒71型分离株全基因组序列测定分析

目的 对2017年南京市2株肠道病毒71型分离株进行全基因组序列测定,分析其进化及遗传变异特征,为手足口病疫情的监控与防治提供依据。方法 通过对临床检测EV71阳性的标本进行病毒分离,设计8对特异性引物对病毒全基因组进行PCR分段扩增,经序列测定及拼接获得EV71基因组序列,将其与其他代表毒株序列分别进行核苷酸和氨基酸同源性比对,并进行遗传进化分析。结果 基因组核苷酸同源性分析显示,2株分离株的同源性为94.0%。以EV71 NJ2017iso2作为参照,与2008年安徽流行株Fuyang 17.08-02的同源性最高(96.9%),而与原型株BrCr的同源性较低(79.8%)。同时基于VP1基因和全基因组序列构建的进化树均可以看出,2株分离株与C4亚型代表株聚为一簇,与国内各地既往的C4流行毒株相比,未发生大的变异。结论 2株EV71分离株均属于C4a型,虽病毒核苷酸序列之间差异显著,但大多为无明显的突变,其相应的氨基酸序列的遗传变化相对稳定。     

武汉市儿童手足口病病原学研究

目的:了解武汉市2012年手足口病的病原学情况,为本地区手足口病的防治提供依据。方法:用实时荧光定量RT-PCR方法检测患者咽拭子中肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(CA16)核酸。结果:332例患者中,EV71核酸阳性110例,阳性率33.1%;其中83例患者进行了CA16检测,阳性率20.5%;EV71和CA16双阳性2例,阳性率2.4%;手足口病男性患儿人数明显高于女性(P0.05)。结论:武汉市儿童手足口病主要是感染EV71,同时伴有CA16的流行。     

山东省部分地区肠道病毒71型的RT-PCR检测及基因特征分析

目的采用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）检测2008年山东省部分地区手足口病（HFMD）患者肠道病毒71型（EV71）,对毒株进行诊断及基因特征初步分析。方法以肠道病毒特异引物对EV71进行RT-PCR扩增,经琼脂糖凝胶电泳鉴定阳性标本,纯化后与pGEM-T载体连接,转化大肠埃希菌DH5α,筛选后测序,所得序列与我国阜阳、深圳、台湾株及美国EV71标准流行株的核苷酸序列在线进行BLAST比对,分析其同源性。结果42份标本中检出EV71 33例（78.57%）,所得序列经种系进化分析,与阜阳2008年HFMD暴发分离株同源性为98.7%99.1%,与深圳1998年HFMD散发分离的EV71毒株同源性为93.4%93.8%,与台湾1998年HFMD病例分离毒株同源性为91.2%91.6%,与美国EV71毒株同源性为79.2%79.7%。有9株EV71的563位苏氨酸（T）替代了EU703813的异亮氨酸（I）。结论EV71 C4亚型是2008年山东省部分地区HFMD暴发流行的病原,同源性分析表明山东省部分地区EV71分离株与阜阳、深圳及台湾地区分离株有较高的同源性,提示该病毒在中国大陆有较广泛的传播。     

福建省EV71流行与遗传变异特点分析

目的分析2010-2015年福建省肠道病毒71型(EV71)流行概况及病毒VP1基因特征,为今后EV71疫苗在福建省的应用提供参考。方法基于手足口病监测系统,对福建省2010-2015年间EV71流行情况进行描述性流行病学分析。随机选取72株病毒分离株,扩增病毒VP1区并与疫苗株作序列进化分析。比较两者核苷酸及氨基酸序列差异性,分析分离株在VP1蛋白4个免疫表位的氨基酸变异情况。结果 2010-2015年,EV71总体感染率呈下降趋势,在每年的5-7月均出现一次流行高峰;发病地区主要集中在厦门、福州、南平、泉州;主要感染1-3岁年龄段儿童,男性比例高于女性,职业分布以散居儿童为主。重症病例中EV71比例高于在总病例中的比例(χ2=732.064 5,P0.000 1)。福建地区流行的EV71病毒均属于C4a亚型,与疫苗株的核苷酸差异性随时间距离增加而逐渐增大,氨基酸差异性未有明显变化;在4个免疫表位上的氨基酸变异未发现年度上的规律和同HMFD中EV71构成分布相符的变化。结论 2010年至2015年,福建地区流行的EV71具有明显的时间、地点、人群分布特征,72株病毒株均属于C4a基因亚型,与疫苗株相比,VP1区未出现显著的抗原漂移及变异。应继续保持对EV71流行病学监测和遗传特征的分析,为今后疫苗的应用提供更为详尽的资料。     

2009～2010年泰安市手足口病病原体基因型特征分析北大核心CSCD

目的检测泰安市手足口病的主要病原体EV71和CoxA16,并进行分子生物学分析,了解泰安市手足口病致病病毒的基因型特征。方法采用Real-time PCR法检测肠道病毒EV71和CoxA16;采用Nested PCR和RT-PCR扩增VP1区片段并测序。用DNASTAR、Bioedit、MEGA4等软件进行序列分析。结果与各基因亚型参考株的VP1序列进行对比,泰安市分离株EV71的基因亚型为C4a型,CoxA16可分为B1a、B1b两个基因亚型。结论泰安市分离株EV71属于我国的优势基因型C4a型。CoxA16可分为B1a、B1b两亚型,表明泰安市存在不同的传播链,对公众健康构成威胁,提示应加强对泰安市手足口病的监测及其流行规律的研究。     

2009～2010年泰安市手足口病病原体基因型特征分析

目的检测泰安市手足口病的主要病原体EV71和CoxA16,并进行分子生物学分析,了解泰安市手足口病致病病毒的基因型特征。方法采用Real-time PCR法检测肠道病毒EV71和CoxA16;采用Nested PCR和RT-PCR扩增VP1区片段并测序。用DNASTAR、Bioedit、MEGA4等软件进行序列分析。结果与各基因亚型参考株的VP1序列进行对比,泰安市分离株EV71的基因亚型为C4a型,CoxA16可分为B1a、B1b两个基因亚型。结论泰安市分离株EV71属于我国的优势基因型C4a型。CoxA16可分为B1a、B1b两亚型,表明泰安市存在不同的传播链,对公众健康构成威胁,提示应加强对泰安市手足口病的监测及其流行规律的研究。     

湖北肠道病毒EV71型流行株VP1基因以及蛋白结构特征分析

目的 全面研究和了解2011年湖北省肠道病毒71型的VP1基因及蛋白结构特征,分析EV71型病毒在湖北省的基因型别,探讨该型病毒在全省的地理分布特征。方法 对2011年湖北省8个区市的20株EV71流行株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸序列进行同源性比较及系统进化分析,并对VP1蛋白序列的亲水性、柔韧性等二级和三级结构进行分析。结果 2011年湖北省EV71型流行株的基因亚型为C4a亚型,其VP1区核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性较高,分别为96.5%～98.7%和98.3%～100%。VP1蛋白特征分析发现该区主要免疫表位均没有发生变异且存在较多亲水性区域。二级结构以无规则卷曲为主,其次为β片层。蛋白质同源建模未发现不同毒株间VP1蛋白三级结构差别。结论 2011年湖北省EV71型流行株与我国其它地区的毒株有较高同源性,且存在一定的地理区域聚集性特征和遗传多样性特点。同时综合多种方法预测EV71 VP1的二级结构和三级结构,为进一步研究开发相关药品和防治EV71感染提供理论基础。     

新疆生产建设兵团手足口病柯萨奇病毒A6型的流行及其基因特征分析

目的了解新疆生产建设兵团地区柯萨奇病毒A6(CVA6)的流行特点并对其基因特征进行分析。方法对2014-2016年新疆生产建设兵团地区收集的手足口病非肠道病毒71型(EV71)非柯萨奇病毒A16型(CVA16)阳性标本进行CVA6荧光定量PCR检测,采用RT-PCR扩增CVA6阳性标本中VP1编码区基因,并进行核苷酸序列测定与分析;利用MEGA6.06与GenBank代表株进行核苷酸同源性分析并构建系统进化树。结果2014-2016年采集的CVA6阳性标占在非EV71非CVA16阳性标本的82.39%,68株CVA6流行株之间VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为92.5%~100.0%和98.9%~100.0%,系统发育树显示97条CVA6序列共形成A-D 4个分支,其中D分支进一步分为D1-D3 3个亚分支。CVA6流行株中的5株处于D2亚分支,63株处于D3亚分支。结论新疆生产建设兵团地区2014-2016年手足口病非EV71非CVA16肠道病毒以CVA6为主,基于VP1系统发育分析分为A-D 4个分支,D分支中的D2和D3亚分支并存,其中D3亚分支是优势流行株。     

2008～2010年淄博地区70例手足口病患儿病原学分析

目的为手足口病的疫情控制及治疗提供实验依据。方法对2008～2010年淄博市临淄区人民医院70例手足口病患儿行病原学分析：采集70例手足口病患儿的粪便和咽拭子标本,采用实时荧光RT-PCR法分别检测人肠道病毒（HEV）、肠道病毒71型（EV71）及柯萨奇病毒CA16型（CA16）RNA表达率;分析本地区不同年份的病原学特点。结果 2008、2009年病毒以EV71为主,2010年以CA16为主;粪便标本检测阳性率高于咽拭子标本。结论淄博地区手足口病病原以EV71和CA16为主,且随年份不同有所变化。