福建HTLV-Ⅰ的亚型分析

[目的]分析福建省HTLV-Ⅰ毒株的亚型,进一步明确基因型.[方法]用PCR的方法扩增福建5株样品的Env及LTR区基因,测序后与来自世界各地的代表株进行比较、分析,构建进化树.[结果]5株样品与WHP、MT2比较,在已鉴定的B细胞表位区,不同的分离株相当保守,没有变异.[结论]来自福建的分离株与日本、台湾及汕头的代表株最接近,属于HTLV-Ⅰ A亚型(Cosmopolitan)的Transcontinental亚群.     

临床淋病奈瑟菌外膜蛋白PⅠ基因重组质粒的构建与生物信息分析

[目的]研究淋病奈瑟菌临床分离株外膜蛋白PⅠ基因的结构特点和变异情况,为淋球菌疫苗靶位点的选取提供参考。[方法]提取9株成都地区临床分离淋球菌的基因组,PCR扩增PⅠ基因,与表达载体pET-30b( )构建重组质粒pET-30b( )-PⅠ,重组子经双酶切鉴定后测序,利用一系列生物软件对序列进行生物信息学分析。[结果]重组子经双酶切后,在5400 bp和900 bp左右分别得到条带,与预期片断的大小相符合;各PⅠ序列在GeneBank中均搜索到相似性大于98.9%的相似序列,根据碱基数目及序列同源性比较结果,4条属于PⅠA亚型,5条属于PⅠB亚型;PⅠA亚型较PⅠB亚型(除2-7外)含有相对较高的α-螺旋和β-折叠结构,具有单一筒状的三级结构,而PⅠB亚型含有相对较高的环或其他结构,其中的7-2具有相连接的两筒状结构。[结论]成功构建9个pET-30b( )-PⅠ重组子;PⅠA和PⅠB两亚型核苷酸数目、对应蛋白的二级结构和三级结构均有差异,两亚型内各核苷酸和氨基酸序列的变异程度也不同,本研究结果将为PⅠ蛋白抗原靶位的筛选提供参考。     

甲1亚型流感病毒A/河北/44/97株血凝素基因特性分析

[目的]探索新分离到的甲1亚型(H1N1)流感病毒血凝素(HA)基因特性。[方法]鸡胚、传代狗肾细胞(MDCK)分离流感病毒;血凝抑制试验鉴定型别。逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增血凝素重链区(HA1)基因片断,产物纯化后双脱氧链末端终止法测定基因序列,并与1977年来的6个国际、国内代表株比较。[结果]抗原性分析:新分离的H1N1株与国家代表株A1/北京/262/95有大变异(64)。基因分析:HA1区有104个核苷酸的替换或缺失,导致40个氨基酸的改变,涉及到4个重要抗原决定簇区。新分离株与代表毒株相比核苷酸、氨基酸同源性逐年增加。[结论]分子生物学和血清学研究证实1997年河北省出现了新变异株,并在人群中造成广泛流行。     

2008年福建省肠道病毒71型分离株的遗传特征分析

[目的]分析福建省流行的肠道病毒71（Enterovirus71,EV 71）分离株的遗传特征。[方法]对2008年手足口病例（HFMD）EV 71分离株进行RT-PCR扩增全长VP1基因,测序并分析病毒遗传学特征。[结果]从福州、泉州及龙岩3地市散发的手足口病例中分离到8株EV 71,种系发生树显示2008年福建与阜阳分离株和中国大陆1998年以来的病毒株均为C4亚型,至少分为4个谱系（lineages）。8株福建分离株核苷酸与氨基酸同源性分别为97.4%-100%和99.3%-100%,与Genbank安徽阜阳的5株分离株病毒同源性最高,核苷酸与氨基酸序列同源性为97.6%-99.5%和96.4%-99.3%,其中福建株HF08-17、HS08-140与阜阳分离株同源性为99.2%-99.5%,为同一传播链上的病毒;福清市2分离株（HA08-68和HA08-69）以及长汀县3株（HA08-124,HS08-139和HS08-140）病毒间核苷酸差异性为2.1%-2.2%,说明同一地区存在不同传播链。[结论]2008年福建省EV 71分离株均属于C4亚型,C4亚型病毒在中国大陆具有多传播链、广泛快速传播的特点;福建省内存在亲缘关系较近的EV71多传播链病毒同时流行,应加强监测与分析。     

流感病毒不同分离方法的比较

[目的]比较MDCK细胞和鸡胚对流感病毒的敏感性。[方法]对1998年采集的上呼吸道标本分别接种MDCK细胞及鸡胚进行比较。[结果]两种方法从433份标本中共分离流感病毒31株。其中甲3型25株、乙型6株。MDCK细胞分离甲3型25株、乙型5株;鸡胚分离甲3型9株、乙型5株。[结论]MDCK细胞分离甲3亚型流感病毒比鸡胚敏感,乙型无显著差别,因此,要提高分离率,最好用两种方法同时进行分离。     

2004～2006年江西省甲3亚型流感疫苗预防效果的基因分析

[目的]了解江西省2004～2006年分离的甲3亚型流感病毒株HA1基因变异特征,分析WHO甲3亚型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感的预防效果. [方法]采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的H3型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit(Version5.0)、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析. [结果]21株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为960 bp,未发现核苷酸的丢失和插入,平均点突变率为1.09%.2004年甲3亚型流感病毒分离株与当年WHO疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是97.8%～98.8%,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为3.17个,但有毒株已出现在2个抗原决定簇区4个氢基酸替换.2005年甲3亚型流感病毒分离株与当年疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.4%～99.1%,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为20个.2006年甲3亚型流感病毒分离株与当年疫苗推荐株的HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.1%～98.4%,在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为5.71个. [结论]2004年、2005年和2006年分别根据WHO推荐疫苗株生产的疫苗,对我省2004年度的甲3亚型流感总体上有较好的预防效果,但毒株的变异在增强:对2005年度的甲3亚型流感上有良好的预防效果;对2006年度的甲3亚型流感预防效果不 够理想. 比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.4%～99.1%,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为20个.2006年甲3亚型流感病毒分离株与当年疫苗推荐株的HA1区 比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.1%～98.4%,在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为5.71个. [结论]2004年、2005年和2006年分别根据WHO推荐疫苗株生产的疫苗,对我省2004年度的甲3亚型流感总体上有较好的预防效果,但毒株的变异在增强:对2005年度的甲3亚型流感上有良好的预防效果;对2006年度的甲3亚型流感预防效果不 够理想. 比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.4%～99.1%,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为20个.2006年甲3亚型流感病毒分离株与当年疫苗推荐株的HA1区 比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.1%～98.4%,在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为5.71个. [结论]2004年、2005年和2006年分别根据WHO推荐疫苗株生产的疫苗,对我省2004年度的甲3亚型流感总体上有较好的预防效果,但毒株的变异在增强:对2005年度的     

2006年福建不同地区流感监测点病原学监测结果分析

[目的]分析2006年福州市和龙岩市流感监测点病原分离结果，为预防工作提供依据。[方法]用鸡胚和MDCK细胞分离流感病毒，红细胞凝集抑制试验进行毒株型和亚型鉴定，对龙岩监测点分离的2007-2008流感流行代表株B／福建新罗／54／2006进行抗原分析。[结果]2006年福州市病毒分离阳性率8．1％（58／712），其中HIN1型39株，乙型19株（Victoria系11株，Yamagata系8株）；龙岩市阳性率4．9％（20／412），其中H1N1型18株，乙型2株（Yamagata系），未分离出乙型Victoria系毒株。20072008流感代表株B／福建新罗／54／2006与B／上海／361／2002和B／天津／144／2005比较，抗原已发生变异。[结论]2006年福州和龙岩市监测点分离的流感均以H1N1为主，未分离出H2N3。流行高峰均在1月，不同的是福州市监测点在4月形成另一个高峰，而龙岩市在3月形成一个高峰，2个监测点在7月都形成一个小高峰。     

长沙地区献血人群HTLV感染情况调查与策略研究

目的 调查长沙无偿献血人群中人类T淋巴细胞白血病病毒(human T-lymphotropic virus, HTLV)感染情况,为湖南省血液中心开展HTLV抗体检测及采取相关措施确保血液质量与安全提供依据。方法 2016年9-10月对湖南省血液中心无偿献血人群进行常规检测的同时采用双抗原夹心酶联免疫法筛查HTLVⅠ/Ⅱ,初筛阳性标本血浆送国家临检中心确认。采用Sigmaplot画图软件分析处理2010-2016年湖南省血液中心无偿献血者中户籍为湖南省与福建、广东等沿海地区及其他省组成分布。结果 无偿献血者共16 767份标本,初筛阳性标本24份,经蛋白免疫印迹实验确证,1份阳性,1份抗体不确定,其他为阴性。初筛阳性率为14.31/万,确认阳性率为5.96/10万,确认阳性者来自福建,不确定者为湖南本地人。献血人群户籍分布可见福建、广东等沿海地区献血人数比湖南献血人数增幅较大。结论 湖南血液中心无偿献血人群属于HTLVⅠ/Ⅱ感染的非流行区或低发区,但来自HTLV高流行的福建、广东等沿海地区献血人群比例日渐壮大,为确保血液安全和受血者的健康,建议在湖南省血液中心开展HTLV抗体检测及采取相关措施确保血液质量与安全。     

30株医院感染病原菌对醋酸氯己定抗性研究

[目的]研究临床分离致病菌抗药基因情况及其对醋酸氯己定的抗性水平. [方法]采用PCR方法测定qacE△1-sul Ⅰ基因,通过MIC、MBC两种试验进行比较,观察不同菌株的抗力水平. [结果]临床分离的30株病原菌.其中13株携带qacE△1-sul Ⅰ基因.MIC有8株高于标准菌株,19株与标准菌株相同.MBC结果显示共有18株高于标准菌株,5株与标准菌株相同. [结论]临床分离的30株病原菌部分携带qacE△1-sul Ⅰ基因,多数菌株对醋酸氯己定消毒液的抗力较高.     

肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 了解2009-2010年山东省临沂市肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征,初步探讨VP1区核苷酸或氨基酸变异与不同临床类型的关系.方法 从手足口病(HFMD)病例、重症病例和死亡病例的粪便标本中分离获得23株EV71病毒株,RT-PCR扩增VP1区,并进行序列测定和分析.结果 23株分离株与A、B基因型同源性较低;与C4亚型的C4a群代表株的核苷酸和氨基酸同源性分别达到92.8％～93.5％和98.3％ ～99.3％,明显高于其他亚型代表株的同源性;各分离株间的氨基酸序列比对显示无特征性改变.结论 2009-2010年临沂地区流行的EV71是C4亚型的C4a群,HFMD病例、重症病例和死亡病例分离株VP1区核苷酸序列和氨基酸序列无特征性差异.     

2005年福建省霍乱弧菌流行菌型特征分析

目的:了解福建省霍乱弧菌流行菌型特征,为控制传染来源提供科学依据。方法:采用血清学分型法、噬菌体-生物分型法及PFGE(脉冲场凝胶电泳)分型法对2005年霍乱疫情中不同来源的142株霍乱弧菌进行分型分析。结果:142株霍乱弧菌血清学、噬菌体-生物分型结果:流行株124株中O1群埃尔托稻叶1d型占95.16%(118/124株);其余菌株为6型以上非流行株。70株霍乱弧菌PFGE分型结果呈现3大类8种带型。结论:2005年霍乱疫情期间患者菌株与福州市闽江水系分离株菌型一致,表明具有高度同源性,而与市场水产品不相关。流行菌型更换而出现的埃尔托稻叶1d型,提示福建省今后仍有发生霍乱流行的可能。     

Identification of European-type hepatitis E virus subtype 3e isolates in Japanese wild boars: Molecular tracing of HEV from swine to wild boars

Nucleotide sequences of hepatitis E virus (HEV) isolates infecting wild boars in Mie prefecture, which is located in the central region of Japan and is far from the most prevalent regions of HEV infection in Japan, were determined and characterised. Among 144 serum samples of wild boars captured in Mie prefecture, 7 were positive for HEV-RNA. The nucleotide sequence of nearly the entire genome was determined for 4 of the 7 positive samples. Phylogenetic tree analyses indicated that 6 samples were subtype 3e and 1 was subtype 3a among the 7 isolates. We identified the indigenization of subtype 3e isolates in Japanese wild boars. Furthermore, 5 subtype 3e isolates were closely related and were located in the peripheral branch of subtype 3e isolates from European countries in the phylogenetic tree. The structure indicated that the ancestor of the 5 subtype 3e isolates originated in Europe. The phylogenetic structure and coalescent analyses suggested that the subtype 3e isolates entered Japan from Europe by importation of large-race pigs around 1966. The results also indicated that several lineages of subtype 3e expanded to a wide area of Japan around 1992 and 1 of the lineages was indigenized in wild boars in Mie prefecture between 1992 and 2009. The appearance of a wild boar cluster in the peripheral branch in the phylogenetic lineage may indicate the direction of gene flow of HEV subtype 3e from swine to wild boars. Clarification of the transmission direction or route should be helpful to prevent a future endemic or epidemic of HEV infection.     

禽(H9N2)亚型流感病毒感染汕头人群的报告

[目的 ]监测汕头市人群中的禽流感病毒感染情况。 [方法 ]采集流感样患者和鸡咽拭子标本 ,用常规鸡胚双腔法分离流感病毒并进行初步鉴定。对分离出 H9N2亚型流感病毒毒株的患者进行个案调查。同期采集不同年龄组普通人群、职业人群以及鸡血清标本 ,采用微量半加敏血球凝集抑制试验 ,检测 H9亚型毒株抗体。 [结果 ]从 3 3 7例流感样患者咽拭子标本中分离出红细胞凝集阳性标本 1 1份 (2 .9%)。其中 6株为 A(H3 N2 )亚型流感毒株 ,5株为 A(H9N2 )亚型流感毒株。普通人群 H9亚型病毒抗体检出率为 3 4 .0 %,职业人群检出率为 3 7.7%(P>0 .0 5 )。 [结论 ]汕头市人群中发现禽 H9N2亚型流感病毒感染 ,提示禽 H9N2亚型流感病毒能感染人     

O157血清群大肠杆菌分子亚型的研究

目的：了解山东和福建两省不同来源的O157血清群大肠杆菌分子亚型和菌株间的相关性。方法：对1993－1996年间分离到菌株进行脉冲场电泳（PFGE），图象经计算机处理后进行聚类分析。结果：O157大肠杆菌染色体DNA用XbaI酶切后，经PFGE可生15－20条带，以90％的同源性作为界值，可将11株菌分成9个PFGE亚型，其中山东分离到的6株菌分成4个亚型，福建的5株菌分属5个亚型。结论：山东、福建的O157血清群大肠杆菌均存在多个克隆系。     

Molecular epidemiology and genetic history of European-type genotype 3 hepatitis E virus indigenized in the central region of Japan

In Mie prefecture in Japan, 12 cases of sporadic hepatitis E occurred from 2004 to 2011. Mie prefecture is located in the central region of Japan, far from the most prevalent regions of hepatitis E virus (HEV) infection in Japan, the north and northeastern part. These 12 cases did not have any common risk factors of HEV infection. We analyzed the molecular epidemiology of the cases in Mie prefecture. We obtained the nucleotide sequences of the HEV strains and analyzed them with the sequences of other HEV strains by phylogenetic and coalescent analyses. Japan-indigenous genotype 3 HEV strains were divided into two major subtypes, namely, 3a and 3b; one minor subtype, 3e; and a few other unassigned lineages. The Japan-indigenous subtype 3e strains were closely related to European subtype 3e HEV strains and were comparatively rare in Japan; however, eight strains of the 12 cases we examined belonged to subtype 3e, indicating a close phylogenetic relationship, despite the lack of common risk factors. Coalescent analyses indicated that the Mie 3e strains seemed to have intruded into Mie prefecture about 10 years ago. Sporadic acute hepatitis E cases caused by the 3e strains occurred consistently from 2004 to 2011 in Mie prefecture. This is the first report of unexpected persistent occurrence of hepatitis by the European-type genotype 3 HEV, subtype 3e, in a country outside of Europe. Phylogenetic and coalescent analyses traced the history of the indigenization of the Mie 3e strains from Europe. Because hepatitis E cases caused by 3e strains are relatively rare in Japan, molecular evolutionary analyses of HEV infection in Mie prefecture is important for preventing a future hepatitis endemic or epidemic by 3e strains in Japan.     

Endemic Venezuelan equine encephalitis in northern Peru

Since Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) was isolated in Peru in 1942, >70 isolates have been obtained from mosquitoes, humans, and sylvatic mammals primarily in the Amazon region. To investigate genetic relationships among the Peru VEEV isolates and between the Peru isolates and other VEEV strains, a fragment of the PE2 gene was amplified and analyzed by single-stranded conformation polymorphism. Representatives of seven genotypes underwent sequencing and phylogenetic analysis. The results identified four VEE complex lineages that cocirculate in the Amazon region: subtypes ID (Panama and Colombia/Venezuela genotypes), IIIC, and a new, proposed subtype IIID, which was isolated from a febrile human, mosquitoes, and spiny rats. Both ID lineages and the IIID subtype are associated with febrile human illness. Most of the subtype ID isolates belonged to the Panama genotype, but the Colombia/Venezuela genotype, which is phylogenetically related to epizootic strains, also continues to circulate in the Amazon basin.     

广州市2014-2019年H5亚型禽流感病毒流行与基因遗传特征分析

目的 分析广州市H5亚型禽流感病毒流行特点及基因进化和变异特征,为禽流感的防控提供依据。方法 对2014-2019年广州市禽类市场外环境标本进行禽流感病毒核酸检测并分析H5亚型流行情况,随机选取48份（46份来源于环境和2份来源于病例）H5阳性标本进行HA和NA基因测序,应用生物信息学软件分析分子遗传特征。结果 2014-2019年监测的52 284份环境标本中,检出H5亚型阳性标本1 094份,阳性率为2.09%。遗传进化分析显示,HA基因属于Clade 2.3.4.4.C分支,NA基因主要归属于欧亚谱系H6N6进化分支,HA和NA基因的进化以时间聚类为特点,相近年份流行株聚成一个进化分支。分子特征显示,48份毒株裂解位点呈现高致病性分子特点,受体结合位点仍为禽源受体,但普遍发生S123P、S133A和T156A倾向结合人源受体的位点突变。抗原位点变异主要出现在B、E区,并表现时间分布的特点,同一年份流行株常发生与上一年份流行株不同的抗原位点变异。2017年开始所有毒株出现由氨基酸缺失导致的糖基化位点的增加（140-NHT）。结论 广州市禽类市场外环境H5亚型禽流感病毒长期流行,且阳性率占比逐渐升高。测序分析提示,广州市H5亚型禽流感病毒为Clade 2.3.4.4.C分支H5N6高致病性病毒,并且持续进化和变异,特别是普遍出现与人源受体结合能力增强的突变,需加强监测。     

Legionella pneumophila serogroup 1 population in Italy by monoclonal subtyping

The Oxford panel of monoclonal antibodies was used to subtype 83 strains of Legionella pneumophila serogroup 1 of human and environmental origin. The International panel was also used to subtype 50 of them. All the 18 patients' isolates were of the Pontiac subgroup, and 40/43 of the environmental strains of the Pontiac subgroup were associated with human infection. The remaining environmental strains were subgroups Olda (15 strains), Camperdown (5 strains), and Bellingham (2 strains). The Philadelphia subgroup was the commonest among the environmental strains tested with the international MABs panel. This study confirms previous findings that L. pneumophila serogroup 1 isolates with the Pontiac (Oxford panel) or MAB-2 (international panel) reacting antigen marker seem to be more virulent than the other subgroups.     

福建省46株耐多药结核分枝杆菌katG基因突变特征研究

目的:了解福建省耐多药结核分枝杆菌临床分离株katG基因的突变特点,为建立适合我省快速检测异烟肼耐药方法提供参考。方法:对福建省9个监测点进行耐药性调查,收集菌株经菌种鉴定、药物敏感性试验。选取46株耐多药结核分枝杆菌和15株全敏感株,扩增katG高突变区域的基因片段,测序后比对分析。结果:15株全敏感株未检测氨基酸突变。46株耐多药结核分枝杆菌katG基因的突变率为80.43%,katG 315的突变率为54.35%,联合突变率为52.17%。结论:福建省耐多药结核分枝杆菌杆不同耐药谱katG基因突变率不同,最常见的点突变发生于315位,463位具有等位基因多态性。