基于网络药理学和分子对接分析黄芩治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接探索黄芩治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制.方法 运用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选黄芩的有效成分及相应的靶蛋白,通过Genecards、OMIM数据库筛选出RA的靶点,利用Venn在线软件获取药物与疾病的共同靶点,并使用Cytoscap...     

基于网络药理学探究麻黄附子甘草汤治疗冠心病的作用机制

<正>麻黄附子甘草汤作为仲景经方的代表,在《伤寒论》、《金匮要略》中均有论述。《伤寒论》302条有云：“少阴病,得之二三日,麻黄附子甘草汤微发汗。以二三日无里证,故微发汗也。麻黄附子甘草汤方,麻黄二两(去节),甘草二两 (炙),附子一枚 (炮,去皮),右三味,以水七升,先煮麻黄一两沸,去上沫,内诸药,煮取三升,去滓,温服一升,日三服^[1]。”《金匮要略水气病脉证并治第十四》中16条原文则说：“水之为病,其脉沉小,属少阴;浮者为风,     

基于网络药理学探讨独活寄生汤治疗类风湿关节炎作用机制

目的 运用网络药理学方法探讨独活寄生汤治疗类风湿关节炎的作用机制,使中药在防治类风湿关节炎中发挥更大的临床作用.方法 通过检索中药系统药理学数据库(TCMSP)获得独活寄生汤方药中各味药物的有效活性成分及相关靶点,类风湿关节炎的疾病数据通过OMIM和Genecards数据库获取,运用R×64 3.6.1软件绘制药物-疾...     

基于网络药理学探讨四神煎治疗类风湿关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学探讨四神煎治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的作用机制。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)、中医药百科全书数据库(encyclopedia of traditional chinese medicine, ETCM)检索四神煎组方中药的主要化学成分,并结合文献进行筛选、补充;通过Pubchem有机小分子生物活性数据库检索化学成分的SMILES结构式及2D结构,经Swiss ADME数据库筛选后将符合标准的化学成分上传至Swiss Target Prediction数据库预测药物活性靶点;通过人类基因数据库(Gencards)、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)、治疗靶标数据库(therapeutic target database, TTD)、DrugBank数据库获取RA疾病相...     

基于网络药理学探讨振中汤治疗类风湿关节炎作用机制

目的:采用网络药理学的方法,对振中汤治疗类风湿关节炎(rheumatic arthritis,RA)的作用机制进行探讨研究.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对振中汤活性成分进行筛选,运用Cytoscape3.8.2构建化合物-靶点网络;以"rheumatic arthritis"、"RA"为关键词,检索Drugbank和Genecard数据库获取疾病靶标;通过韦恩图,得到疾病与药物的共同靶点;基于String11.0和Analyze Network插件对振中汤治疗类风湿关节炎的关键靶点进行构建分析;采用WebGestalt富集分析工具对关键靶点进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:研究显示共挖掘到振中汤51种有效成分及234个潜在靶点,类风湿关节炎1223个相关靶点,得到振中汤-类风湿关节炎共同靶点120个,共同作用靶点主要富集于119个生物过程和104条信号通路上.结论:振中汤可能是通过原癌基因(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、白细胞介素-6(IL6)、蛋白激酶(ATK1)等靶点,调控TNF信号通路、AGE-RAGE信号通路、白介素-17信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路等,从而发挥抗炎、调节免疫、调节内分泌功能、抑制滑膜细胞增殖、减少破骨细胞生成、抗缺氧应激来治疗类风湿关节炎.     

芍药甘草汤治疗葡萄膜炎的网络药理学机制研究

目的：基于网络药理学方法探究芍药甘草汤治疗葡萄膜炎的效应机制。方法：从我国研发的中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）,筛选得到芍药甘草汤的主要成分及作用靶点,并通过GeneCards、OMIM、DisGeNET、DrugBank数据库获取葡萄膜炎相关的疾病靶点,进而筛选出相同的靶点作为“药物—疾病”交集靶点。利用STRING数据平台和Cytoscape进行PPI分析与网络构建。在DAVID进行富集分析。结果：获得芍药甘草汤成分93个,中药相关靶点214个,疾病靶点1 463个,交集靶点93个。芍药甘草汤治疗葡萄膜炎的重要有效成分有槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、柚皮素、芒柄花素等,主要靶点为AKT1、TNF、IL6、STAT3、PTGS2,通过IL-17信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路、Th17细胞分化、弓形虫病等通路发挥作用。结论：芍药甘草汤治疗葡萄膜炎具备多活性成分、多靶点、多渠道的调节免疫、抑制炎症反应的优势,为其临床应用提供了一定的理论依据。     

基于网络药理学探讨黄芪-桂枝药对治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学的研究方法,探讨黄芪-桂枝药对治疗类风湿关节炎的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及GeneCards、OMIM等数据库搜索药物、疾病的共同作用靶点,制作韦恩图;利用String数据库、Cytoscape 3.6.1软件构建药物疾病共同靶点蛋白互作网络、药物-成分-疾病...     

基于网络药理学分析桂枝治疗类风湿关节炎的作用机制

目的基于网络药理学分析桂枝治疗类风湿关节炎的作用机制。 方法采用GeneCards数据库获取类风湿关节炎的靶点,中药靶点采用中药系统药理学分析平台(TCMSP),依据OB≥30%,DL≥0.18为桂枝活性成分的筛选条件,获取相应靶点信息。将类风湿关节炎的疾病靶点和桂枝的靶点做交集分析,将得到的共同靶点进行蛋白PPI互作分析,利用DAVID数据库分析靶点的GO基因功能和富集通路。 结果TCMSP数据库共筛选出桂枝48个靶点。进行交集分析,共得到30个共同靶点;共同靶点PPI蛋白互作网络图显示,关键靶点之间联系密切;基因富集分析显示,30个共同靶点与146个基因功能相关,与56条信号通路相关。 结论本研究通过网络药理学发现,桂枝能作用于BAX、CASP3、CASP8、CASP9、TGFB1、JUN和PIK3CG,通过TNF通路,抑制炎症反应发挥其抗炎活性。     

基于网络药理学研究麻杏苡甘汤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 运用网络药理学方法筛选麻杏苡甘汤治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制.方法 通过多个数据库筛选药物主要活性成分、靶点及与RA相关的疾病靶点,获取交集基因.采用Cytoscape 3.7.0软件构建麻杏苡甘汤治疗RA的成分-靶点-通路网络,采用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用R语言对靶...     

基于网络药理学探究附子温阳作用机制

目的应用网络药理方法,探讨附子温阳作用的可能机制。方法以心力衰竭和类风湿性关节炎为疾病模型,应用中药系统药理数据库和分析平台,根据口服生物利用度(OB)和药物相似度(DL)来筛选附子的活性成分,并预测出相应靶标;经人类表型术语集(HPO)数据库检索心力衰竭和类风湿性关节炎的疾病靶标;然后在蛋白质相互作用数据库(STRING)分别构建"附子成分-潜在靶标-心力衰竭"和"附子成分-潜在靶标-类风湿性关节炎"网络,通过Cytoscape软件将上述网络可视化,再根据节点介度、紧密度和连接度分别得到上述两个疾病网络的关键节点,借助GATHER数据库平台对关键节点进行京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)的基因功能富集分析。结果 "附子成分-潜在靶标-心力衰竭"网络包含146个节点,关键节点53个;"附子成分-潜在靶标-类风湿性关节炎"网络包含26个节点,关键节点10个;附子与心力衰竭相关的KEGG通路2条,与类风湿性关节炎相关的KEGG通路3条;两种疾病的共同通路为前列腺素(Prostaglandins,PGs)代谢通路和白三烯(Leukotrienes,LTs)代谢通路。结论经网络药理学测算,附子温阳的作用机制可能与其影响机体的PGs、LTs代谢通路有关。     

基于网络药理学探讨托法替布联合甲氨蝶呤治疗 类风湿关节炎的作用机制

目的:探讨托法替布联合甲氨蝶呤治疗类风湿关节炎（RA）的分子靶点和作用机制。方法:通过PharmMapper 平台获取托 法替布和甲氨蝶呤的预测药效团及其主要元素,基于STRING 平台分析靶蛋白之间的相互作用关系（PPI）,采用Cytoscape 3.7.2 软件进行药物的预测靶点可视化分析, 并通过GO 富集分析和KEGG 通路分析探究其治疗RA 的可能分子机制。结果: 通过 PharmMapper 平台共获得137 个托法替布和甲氨蝶呤的预测靶蛋白/基因,PPI 结果证实Janus 激酶（JAK）2、JAK3、信号转导与 转录激活因子（STAT）1、蛋白激酶B（AKT）1、白细胞介素（IL）-2、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）1、MAPK8、表皮生长因子受体 （EGFR）等为主要预测靶蛋白/基因,GO 分析表明上述靶蛋白/基因在受损DNA 结合（P=0.002）、ATP 酶结合（P=0.002）、核受体 活性（P=0.002）、转录因子活性（P=0.002）、直接配体调控序列特异性DNA 结合（P=0.002）、类固醇激素受体活性（P=0.004）、生长 因子受体结合（P=0.022）和内肽酶活性（P=0.029）等功能处显著富集,结合KEGG 通路分析证实托法替布联合甲氨蝶呤与JAKSTAT 、转化生长因子（TGF）-β、磷脂酰肌醇3激酶（PI3K）/-AKT、p53、Ras、MAPK、血管内皮生长因子（VEGF）、核因子（NF）-κB、 Notch 等信号通路密切相关。结论:托法替布联合甲氨蝶呤治疗RA 的分子机制具有多基因、多靶点的特点,并通过抑制炎症因 子、血管生成、细胞自噬等方式调节免疫性疾病。     

基于网络药理学的熟地黄环烯醚萜类成分治疗类风湿性关节炎作用机制的初步探究

目的:对熟地黄环烯醚萜类成分治疗类风湿性关节炎(RA)的多成分、多靶点、多途径的作用机制进行初步探究。方法:通过文献查找和TCMSP数据库筛选出候选成分,利用PubChem数据库、TTD数据库和DrugBank数据库筛选出各成分所作用的并与RA相关的靶点,再将靶点信息导入David数据库,得到重要靶点和通路信息。最后使用Cytoscape3.7.0软件对筛选后的成分、靶点和通路建立网络图。结果:由网络图的分析报告得知肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素（IL）-1β、IL-6和核因子-κB（NF-κB）抑制蛋白-α（IκBα）是熟地黄环烯醚萜类成分作用的关键靶点;NF-κB信号通路、Toll样受体信号通路、TNF信号通路、细胞凋亡是其产生抗RA活性的主要通路;说明熟地黄环烯醚萜类成分的“多成分-多靶点-多通路”的作用机制。结论:熟地黄环烯醚萜成分主要是通过细胞因子和细胞调节发挥抗RA活性。     

基于网络药理学角度探讨当归四逆汤对子宫内膜异位症的干预机制

目的 基于网络药理学探讨当归四逆汤治疗子宫内膜异位症（EMS）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选当归四逆汤有效活性成分及潜在靶点，在Genecard、OMIM和TTD数据库中寻找EMS相关靶点基因取当归四逆汤靶点基因与EMS相关靶点基因共同靶点。通过Cytoscape 3.5.0软件构建“当归四逆汤活性成分-潜在靶点-EMS”网络图。运用String数据库构建构建蛋白质互作（PPI）网络图。对潜在靶点基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果 数据库筛选的得到当归四逆汤有效活性成分151个，与EMS相关潜在作用靶基因71个，KEGG富集通路分析主要包括化学致癌受体激活，脂质和动脉粥样硬化通路等。结论 当归四逆汤具有多活性成分，能通过多靶点，多通路发挥EMS保护作用。     

大黄素治疗类风湿关节炎的作用机制：基于网络药理学方法

目的 基于网络药理学方法,运用在线数据库研究大黄素治疗类风湿关节炎的作用机制,并在成纤维样滑膜细胞细胞系中进行验证。方法 通过Targetnet、SwissTargetPrediction、Genecards、DisGeNET和OMIM数据库,分别获得大黄素作用靶点及类风湿关节炎相关基因,并构建靶点蛋白质相互作用网络（PPI）,对交集基因进行Gene Ontology与KEGG通路富集分析。运用AutoDock4.2.6软件模拟分子对接。将大黄素与经TNF-α诱导的MH7A细胞共同培养,培养分组情况：空白对照组、模型组（TNF-α组,10 ng/mL）、药物干预组（TNF-α 10 ng/mL+Emodin20、40、60、80、100 μmol/L）。采用CCK-8法、细胞划痕实验及流式细胞周期实验探究大黄素对MH7A细胞增殖的抑制作用。通过Western blot观察其NF-κB通路蛋白表达情况,通过Rt-PCR实验分析 CAPS3、PTGS2（COX2）、MAPK14 基因的表达。结果 获得大黄素和类风湿关节炎交集基因32个,其中心节点为CAPS3、ESR1、MAPK14等,主要涉及NF-κB信号通路等。分子对接提示大黄素与核心靶点能较好的结合。实验结果显示,大黄素能明显抑制MH7A细胞过度增殖（P<0.05）。Western blot结果显示,TNF-α诱导的MH7A细胞NF-κB 蛋白表达水平升高（P<0.01）,而予以大黄素80 μmol/L干预后IκBα、p-NF-κB表达水平均有所降低（P<0.01）。Rt-PCR结果显示,TNF-a组COX2、 P38MAPK（MAPK14）核心基因的表达量明显上调,而大黄素（80 μmol/L）处理后各组COX2、P38MAPK14的mRNA表达下降mRNA的表达下降（P<0.01）,凋亡相关基因CASP3上调。结论 大黄素通过调控细胞增殖凋亡,调节NF-κB等信号通路等发挥治疗类风湿关节炎作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨续断促进骨折愈合的机制

目的 采用网络药理学以及分子对接技术分析续断促进骨折愈合的机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索续断有效成分,设定口服药物生物利用度(oral drug bioavailability,OB)≥30%和类药性指数(drug like index, DL)≥0.18作为筛选标准,并获得续断有效活性成分的作用基因靶点。在TTD、OMIM、GeneCards、DrugBank、PharmGkb等数据库进行搜索,获取骨折的相关基因靶点。将续断作用靶点与骨折相关基因靶点进行匹配,获取交集得到主要靶点基因。通过EVenn将结果可视化。通过DAVID、STRING数据库等对主要靶点基因进行基因本体(gene ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析以及构建蛋白相互作用网络。通过不同算法获得主要靶点基因中的关键基因。最后通过Pymol、Autoduck等软件进行分子对接,并计算最低结合能、结合位点以及确定定活性口袋。结果 通过TCMSP数据库筛选得到续断有效成分8个,作用靶点63个,删除重复靶点,最终得到作用靶点53个。通过TTD、OMIM、GeneCards、DrugBank、PharmGkb等数据库查询骨折相关作用靶点,得到5 115个相关靶点。通过匹配以及交集分析,获得续断促进骨折愈合的34个作用基因靶点。通过DAVID数据库,分析得到续断治疗骨折的作用基因靶点参与的生物学过程76个、细胞成分20个、分子功能20个。通过STRING数据库,构建续断治疗骨折的蛋白互作网络,共纳入34个基因,79个连接。平均degree参数为4.65。导入Cytoscape软件,通过计算degree以及betweenness,获取续断治疗骨折的关键基因为PTGS2、HSP90AA1、MAPK14。采用对子对接分析发现续断中生物利用度最优的有效成分(E,E)-3,5-Di-O-caffeoylquinic acid、Gentisin、Sylvestroside Ⅲ_qt与关键基因PTGS2、HSP90AA1、MAPK14最低结合能均小于0,并得到结合位点。结论 通过网络药理学及分子对接技术,阐明续断促进骨折愈合的可能的潜在靶点,预测了其发挥药理作用的有效成分以及关键基因。     

网络药理学联合分子对接技术分析高良姜治疗抑郁症的可能机制

目的　借助网络药理学联合分子对接技术探讨高良姜治疗抑郁症的作用机制。方法　通过TCMSP数据库 检索高良姜有效成分及靶点,使用GeneCards数据库获取抑郁症疾病靶点基因,利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1 软 件构建PPI网络图并获取蛋白互作关系,筛选出高良姜治疗抑郁症的核心靶点;借助David数据库对相交靶点进行GO功 能分析以及KEGG通路富集分析,得到高良姜治疗抑郁症的潜在作用通路。结果　筛选出高良姜 13 种活性成分和 169 个高良姜治疗抑郁症的潜在作用靶点,包括JUN、MAPK1、AKT1、RELA、ESR1、IL6、MAPK14、MAPK8、RXRA等核心 靶点;GO功能解析得到 654 个生物相关过程、85 个细胞组分及 147 个分子功能;KEGG富集解析获得 171 条相关通路, 分子对接验证了核心靶点与高良姜主要成分具有较强结合力。结论　高良姜可通过多个靶点、多条通路治疗抑郁症。     

补肾化痰方治疗多囊卵巢综合征的作用机制：基于网络药理学和分子对接方法

目的 探究补肾化痰方治疗多囊卵巢综合征的主要活性成分、靶点、通路等药理学作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选出补肾化痰方中药物的主要活性成分,使用 PubChem和Swiss Target Prediction预测活性成分相关作用靶点;应用GeneCards、OMIM筛选治疗疾病多囊卵巢综合征的作用靶点;将药物靶点与疾病靶点通过Uniprot校正后,取交集靶点;结合STRING构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络,并利用Cytoscape3.7.2中的CytoNCA插件对交集靶点进行PPI分析,筛选出核心靶点;采用DAVID数据库进行基因功能GO富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock对补肾化痰方中的核心活性成分和核心靶点进行分子对接验证。以动物实验进行验证,24只SPF级雌性C57BL/6J小鼠按随机数字表法分为3 组：对照组［n=8,1 mg/（kg?d）生理盐水灌服35 d］,模型组［n=8,1 mg/（kg?d）来曲唑溶于1%羧甲基纤维素（CMC）中,连续灌服35 d,并予高脂饲料喂养］,治疗组［n=8,造模后予以1 mg/（kg?d）补肾化痰方颗粒剂溶于5%生理盐水中,连续灌服35 d］。小鼠末次给药后,取卵巢组织于-80 ℃保存,Western blot法检测小鼠卵巢组织中核心靶点和核心通路的表达。结果 补肾化痰方中14味中药共筛选出125个潜在活性成分,990个药物靶点,4759个PCOS靶点,药物与PCOS交集靶点434个;核心活性成分主要为β-谷甾醇、山奈酚、槲皮素等,核心靶点主要为PIK3CA、PIK3R1、APP、AKT1、MAPK1等;GO功能富集主要包括药物反应、凋亡过程的负调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等;KEGG富集通路主要包括癌症通路、HIF-1信号通路、Rap1信号通路、PI3K-Akt信号通路等;分子对接结果显示核心活性成分β-谷甾醇、山奈酚、槲皮素与核心靶点PIK3CA、PIK3R1、APP、AKT1、MAPK1均有强烈的结合能力;动物实验结果表明,补肾化痰方能明显改善多囊卵巢综合征相关症状,并下调PI3K,AKT蛋白表达,上调MAPK1蛋白表达,验证了网络药理学的部分预测结果。结论 揭示了补肾化痰方多成分、多靶点、多途径的作用特点,预测并通过实验初步验证了补肾化痰方治疗多囊卵巢综合征的可能作用机制。     

类风湿关节炎骨破坏的细胞网络调控及治疗研究进展

类风湿关节炎是一种累及多个关节的慢性全身性自身免疫性疾病,可引起不可逆转的关节畸形甚至残疾。骨破坏是类风湿关节炎患者关节损伤的主要原因,各细胞参与了骨破坏进程,相互作用形成复杂的网络。因此,该文综述了近年类风湿关节炎骨破坏中的细胞网络调控作用机制及药物治疗进展,拟阐明细胞网络调节类风湿关节炎骨破坏的过程,为开发类风湿关节炎骨破坏的防治药物提供思路。