肿瘤抗原MAGE—12的表位及二级结构预测

目的 预测肿瘤抗原MAGE－12的α－螺旋二级结构、B细胞表位和MAGE－12的HLA－A2限制性CTL表位。方法 用Garnier-Robson和Chou-Fasman方案预测肿瘤抗原MAGE－12的α－螺旋二级结构;用Kyte-Doolittle亲水方案预测肿瘤抗原MAGE－12的B细胞表位;用简单基序（simple motifs)和延展基序（extended motifs）对肿瘤抗原MAGE－12的HLA－A2限制性CTL表位进行预测。结果 MAGE－12可以含有较多的α－螺旋;B细胞识别的表位可能在82－93残基（QSDEGSSNEE－QE）或附近和3－14残基（LEQRSQHCKPEE）或附近;发现1个HLA－A2限制性CTL表位为FLWGPRALV（271－279）。结论 用亲水性方案和基序法预测肿瘤抗原MAGE－12的B细胞表位和MAGE－12的HLA－A2限制性CTL表位,为实验方法探索MAGE－12的表位提供有用线索。     

MD-2的B细胞抗原表位预测

目的 利用生物信息学预测髓样分化蛋白-2（myeloid differentiation protein-2，MD-2）的B细胞抗原表位，为MD-2特异性抗体的制备提供实验基础。方法 采用多种生物软件和互联网服务器，以单参数（亲水性、抗原性、可及性及可塑性）预测为基础，二级结构预测初步筛选，抗原指数最终确定的方法预测MD-2的B细胞抗原表位。结果 96～110序列（RGSDDDYSFCRALK）的亲水性和抗原指数（AI=0．043）显著高于其他候选片断；65～76序列（YIPRRDLKQLYF）和107～117序列（ALKGETVNTTI）的A1分别为0．0063和0．0036。结论 96—110序列（RGSDDDYSFCRALK）是MD-2的B细胞优势抗原表位。     

柯萨奇病毒A10型VP1蛋白生物信息学分析

目的 对手足口病柯萨奇病毒A10型(CVA10) VP1蛋白进行生物信息学分析.方法 利用生物信息学软件对分离的毒株与CVA10其他基因型进行同源性比对,并构建系统进化树;预测和分析VP1蛋白的理化特性、二级结构和三级结构以及该蛋白的B细胞抗原表位.结果 JN-C10与CVA10 D型基因组同源性最高,核苷酸和氨基酸的同源性分别为91.0％-97.6％和90.4％-98.6％,属于D亚型.JN-C10 VP1基因全长为732个核苷酸,理论相对分子质量为60 580道尔顿,理论等电点为5.10,其二级结构中以无规则卷曲为主,属于胞外蛋白.以已知结构的蛋白质3vbhA为模板,构建JN-C10株VP1蛋白三级结构模型.综合多种抗原表位分析方法得出,JN-C10株VP1蛋白的B细胞抗原表位可能是13-22、101-108、120-127、169-180、213-230 5个区段等区域.结论 JN-C10毒株VP1蛋白多个可能B细胞抗原表位的预测,将为CVA10有效免疫疫苗的制备、特异性诊断系统的发展提供重要的参考依据.     

人偏肺病毒黏附蛋白的二级结构及B细胞表位初步预测

目的预测人偏肺病毒G蛋白的二级结构及B细胞表位。方法分别采用SOPMA方法及HMMTOP程序预测G蛋白的二级结构和跨膜区域；综合分析蛋白的柔性结构、亲水性、表面可及性与抗原性指数，预测G蛋白的抗原表位。结果G蛋白的二级结构主要为柔性区域，占62．1％；廿螺旋占22．37％；β-折叠占15．53％；N端第32～51位氨基酸残基为跨膜区。B细胞表位位于G蛋白N端55—77、80-104、111～126、130～167、178—210区段。结论应用多参数预测G蛋白的二级结构与B细胞表位，为进一步研究蛋白特征、单克隆抗体制备及表位疫苗研制奠定了基础。     

人甲状旁腺激素N端肽中一个含有B细胞新表位的hPTH13-27片段的研究

目的研究并证明人甲状旁腺激素（hPTH）N端肽内的hPTH^13-27片段是一个新的B细胞抗原表位。方法计算机辅助分析预测hPTH^1-37和hPTH^1-84多肽片段内hPTH^13-27抗原表位的特征;制备大鼠抗hPTH^13-27-KLH多克隆抗体;酶联免疫测定（ELISA）研究hPTH^13-27抗原表位和抗体的免疫特征。结果蛋白质结构分析预测在hPTH^13-27区域含有B细胞抗原表位。hPTH^13-27单表位多克隆抗体制备成功。ELISA分析证明hPTH^13-27片段含有B细胞抗原表位,与抗体的结合效果依次为：抗hPTH^13-27抗体〉抗hPTH^1-84抗体〉抗hPTH^1-37抗体。hPTH^13-27片段与固相板结合对免疫原性影响不大。抗hPTH^13-27抗体与含hPTH^13-27片段的多肽结合良好;与不含hPTH^13-27片段的多肽无交叉反应。结论hPTH^13-27可能是制备hPTH N端肽抗体的核心表位片段。     

人衰变加速因子的二级结构与B细胞表位预测

目的分析预测人衰变加速因子的二级结构特征及B细胞表位。方法比较Chou&Fasman经典方案和基于多重序列比较的PHDsec二级结构预测方案的预测准确率,应用较优方案对DAF的二级结构进行预测分析;运用Hopp&Woods的亲水性方案及PHDacc可及性方案预测DAF的亲水性和可及性,结合DAF的二级结构特征,分析预测DAF的B细胞表位。结果PHDsec方案对SCR的预测准确率明显高于Chou&Fasman方案,DAF的SCR1-4中无α螺旋,仅包含β折叠及袢;推测最可能的抗原表位位于Pro73-Val79、Arg130-Leu139及Glu156-Cys163;SCR1、SCR2与SCR3、SCR4在亲水性及二级结构分布方面具有较大差异。结论研究的分析预测结果将有助于确定DAF的B细胞表位及其生物学活性部位。     

用DNAStar软件预测Rv1410c结核分枝杆菌蛋白抗原表位

目的预测Rv1410c结核分枝杆菌(MTB)的抗原表位。方法利用DNAStar软件包中Editseq软件将Rv1410c MTB氨基酸序列进行编辑保存,然后利用Protean软件进行氨基酸序列分析,预测Rv1410c MTB的二级结构、B细胞抗原表位及T细胞抗原表位,然后再用BLAST分析其与人类抗原表位的同源性。结果 Rv1410c具有丰富的二级结构,含有较多潜在的B细胞抗原肽表位,主要位于1~10、67~77、129~137、189~205、222~235、253~267、296~306、330~338、359~367、462~467、494~517氨基酸残基或其附近,这些区域基本上含有β转角结构,亲水性、表面可能性和柔韧性指数都较高;也含有较多潜在的T细胞表位,主要位于16~37、84~102、108~115、137~160、202~207、219~222、245~263、321~325、355~362、387~391、417~445、486~494氨基酸残基或其附近。结论 Rv1410c MTB既含有较多潜在的B细胞抗原表位,也含有较多潜在的T细胞抗原表位。     

基于EV71交叉保护抗原P1的前体蛋白B细胞抗原位点的预测

目的获得EV71P1保守氨基酸序列COBRA EV71 P1和基于此序列的B细胞抗原表位预测信息。方法从NCBI（http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/）上下载获取1970-2010年间世界各地暴发流行的包含P1或VP1基因片段的EV71源序列和对应的氨基酸序列,根据VP1基因片段信息构建系统进化树,对源序列进行基因分组;对多基因型的EV71 P1氨基酸源序列采用多序列比对,以优势氨基酸位点代替差异氨基酸位点的方法,获得EV71 P1保守序列（COBRA EV71 P1）,并运用IEDB Analysis Resource （http：//tools.immuneepitope.org/main/）在线预测工具和DNASTAR软件里的Protean模块,运用单参数和二级结构预测综合考虑的方法,对COBRA EV71 P1前体蛋白的B细胞抗原表位进行预测。结果成功比对出COBRA EV71 P1氨基酸序列,预测结果发现在COBRA EV71 P1前体蛋白的第10-24,41-60,68-82,208-225,328-345,498-514,592-609,664-678,772-786和841-855位点均具有较好的亲水性、表面可及性、柔韧性和抗原指数,并且在二级结构上含有易形成抗原表位的无规则卷曲和β-转角,有可能是COBRA EV71 P1前体蛋白的优势表位。结论经生物信息学分析,推测COBRA EV71 P1可能具有三个基因型EV7 1P1前体蛋白的候选B细胞线性抗原表位,为EV71重组多表位疫苗设计和多基因型病毒样颗粒疫苗实验提供了理论基础。     

人类肝素酶B细胞表位的预测和免疫原性鉴定

目的 预测并鉴定肝素酶(heparanase)蛋白B细胞表位免疫原性.方法 以肝素酶蛋白的氨基酸序列为基础,采用DNAStar分析软件以及Bcepred在线二级结构分析工具分析其蛋白二级结构并预测B细胞表位.根据预测结果 ,采用8分支多抗原肽结构合成针对该表位的抗原肽,将后者与通用型T辅助表位人IL-1β线性短肽(VQGEESNDK,氨基酸163～171)联合免疫日本白毛黑眼兔,检测免疫血清效价,鉴定其特异性和免疫原性.结果 软件预测显示,肝素酶蛋白大亚基的第1～15位(MAP1)、第279～293位(MAP2)及175～189位(MAP3)氨基酸序列最可能为其优势B细胞表位.间接酶联免疫吸附试验、免疫印迹及免疫组化分析,证实MAP1、MAP2及MAP3均能诱导机体产生高滴度抗体,但仅MAP1、MAP2抗体具有高特异性,MAP2抗体与肝癌组织的结合力最强.结论 肝素酶大亚基的第1～15位、第279～293位氨基酸为其优势B细胞表位,其中第279～293位氨基酸的免疫原性最强,这为肝素酶多肽抗体及B细胞优势短肽疫苗研制提供了理论依据.     

过敏蛋白TBb的免疫活性鉴定及其表位预测

目的 对重组的苦荞过敏蛋白TBb进行免疫学活性鉴定,并预测其B细胞表位.方法 根据已获得的苦荞过敏蛋白N端结构域TBb的基因序列,构建原核表达载体pET-32m-TBb,然后转入E.coli BL21(DE3)中表达,表达产物用Ni2+-NTA琼脂糖柱亲和纯化,并用ELISA分析其免疫学活性,综合分析TBb的二级结构、亲水性、可及性、可塑性、抗原性指数,并预测其B细胞表位的分布.结果 获得了纯度95%以上的重组过敏蛋白TBb,获得的重组蛋白能与养麦过敏病人血清中的IgE抗体特异性结合,具有较高的免疫学活性,在TBb蛋白的320个氨基酸残基中,预测到的B细胞表位位于6-17,31-45,50-57,88-94,103-134,138-146,156-163,178-185,192-220,240-260,267-299区段.结论 TBb蛋白的活性分析及B细胞表位的预测为进一步研究该蛋白的分子特征及应用奠定了基础.     

鼠TRAM蛋白B细胞表位预测及其免疫原性检测

目的 预测TRAM蛋白的二级结构和B细胞表位,为抗鼠TRAM单克隆抗体制备奠定基础。方法以TRAM蛋白的氨基酸序列为基础,采用Goldkeu计算机分析软件以及网络nnpredict二级结构分析软件对TRAM蛋白二级结构及B细胞表位预测。合成针对该表位的多肽,以此多肽为免疫原免疫兔,对其免疫原性进行检测。结果用多参数预测TRAM蛋白的二级结构和B细胞表位,综合评判表明：TRAM分子的第216～229位氨基酸满足亲水性、可及性和可塑性,在二级结构上位于蛋白伸展结构或无规则卷曲结构内,最可能为其优势B细胞表位。此多肽能诱导机体产生较高的抗体滴度,多克隆抗体具有高的特异性。结论TRAM分子的第216～229位氨基酸为其优势B细胞表位,这为制作B细胞优势短肽单克隆抗体提供了理论依据。     

应用合成的SARS病毒S蛋白重叠肽筛选B细胞表位

目的筛选SARS病毒S蛋白的B细胞表位。方法使用SARS-CoV S DNA疫苗免疫BALB／c小鼠，获得SARS病毒S蛋白的免疫血清。人工合成包含169条部分氨基酸序列重叠的SARS-CoV S蛋白的多肽库。将多肽片段包被ELISA板，利用免疫小鼠血清，通过抗体结合试验来筛选SARS病毒S蛋白的线性B细胞表位。并将筛选结果与使用B细胞表位分析软件预测的结果进行比较。结果使用重叠肽合成法筛选到SARS．CoV蛋白两条多肽片段S335—352和S442—458．能与免疫动物血清特异性结合，与使用Bcipep数据库预测B细胞表位的结果相一致。结论鉴定了两个新的SARS病毒S蛋白B细胞表位。     

旋毛虫抗原分子克隆及其T细胞和B细胞表位预测

目的 克隆旋毛虫肌幼虫Mr21 000抗原蛋白基因(Ts21),预测其T细胞和B细胞表位.方法 旋毛虫(河南地理株)感染小鼠后收集肌幼虫,提取肌幼虫总RNA,应用RT-PCR技术获取目的基因Ts21,构建重组质粒pUC18-Ts21并测序,应用生物信息分析软件预测其T细胞和B细胞表位.结果 成功构建克隆载体pUC18-Ts21.旋毛虫Mr21 000抗原的T细胞表位位于第9～23、135～150位氨基酸位点;B细胞表位位于第31～35、53～56、98～104、124～130、133～157、160～172位氨基酸位点.结论 成功克隆了旋毛虫河南地理株肌幼虫Mr21 000抗原的编码基因,T细胞和B细胞表位预测结果表明该抗原蛋白具有较好的抗原性,可作为旋毛虫病免疫诊断和预防的候选抗原.     

日本血吸虫钙蛋白酶肽链文库的制备及其B细胞表位的筛选

目的 筛选钙蛋白酶（calpain)的B细胞表位，探讨其B细胞表位的免疫原性及其所诱导的免疫应答类型。方法 用Genetyx-MAC9.0分析calpain肽连的亲水性，在亲水性区域以9个氨基酸为肽链单位的固相重叠钛链库（每相邻两个肽链之间仅有一个氨基酸不同）被Auto-spot Robot制备，用Dot-ELISA在合成的肽链库上筛选B细胞表位，含有B细胞表位的肽链免疫BALB／c小鼠，ELISA鉴别特异性IgG抗体亚类的产生。结果 由758个氨基酸组成的日本血吸虫calpain蛋白含有2个主要的亲水区，其存在区域分别在氨基酸229－375和555－613；当我们测定合成的肽链文库时，在亲水区内筛选出4个B细胞的表位，分别是氨基酸234－251（YAHLSGGT）；290－297（CLMGCSIH）；338－346（PWGDSHEW）；358－364（AWCDGAPQ）；与对照组鼠相比较免疫鼠血清中IgG1、IgG2a、IgG2b特异性抗体有显著性意义的上升。结论 日本血吸虫calpain是一个具有免疫原性的蛋白，能够激发宿主产生高水平的免疫球蛋白，提示calpain的B细胞表位可以成为日本血吸虫的诊断抗原和日本血吸虫疫苗候选分子。     

B-cell epitopes in hypervariable region 1 of hepatitis C virus obtained from patients with chronic persistent hepatitis

The hypervariable domain (HVR1) within the N-terminus of the E2 protein of hepatitis C virus (HCV) is known to be variable antigenically during the course of persistent infection. The aim of the study was to detect B-cell epitopes in HVR1 responsible for neutralizing HCV. The B-cell epitopes were analyzed using two series of synthetic peptides: 25 heptapeptides from the most common amino acids within 73 HVR1 sequences, and 216 heptapeptides, the sequences of which cover more than 65% of the 73 HVR1 sequences. Sera from three patients with chronic hepatitis C were tested for reactivity to the synthetic peptide sequences by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). The post-interferon (IFN) serum of one patient who had a long-term response to treatment reacted specifically with 13 heptapeptides of 216 variable sequences of HVR1. Some of the amino acid sequences (amino acids 398, 399, 400, 404) of the heptapeptides were also found in those deduced from the nucleotide sequences of HCV genomes in the pre-IFN serum. The sera of the other two patients who did not respond to treatment did not react with the 13 heptapeptides. It is concluded that the B-cell epitopes in HVR1 may be relevant for eliminating viremia in the case of the patient who had a good response to treatment. These results suggest that the analysis of the B-cell epitopes recognized in HVR1 may be important in understanding the mechanism of persistent infection and progression of hepatitis. © 1996 Wiley-Liss, Inc.     

Genetic engineering of allergens: future therapeutic products

Genetic engineering of allergens for specific immunotherapy should aim at the production of modified molecules with reduced IgE-binding epitopes (hypoallergens), while preserving structural motifs necessary for T cell recognition (T cell epitopes) and for induction of IgG antibodies reactive with the natural allergen (blocking antibodies). Common approaches for engineering of hypoallergens usually require knowledge of T and B cell epitopes and involve changing specific base pairs (mutated gene), introduction of a new piece of DNA into the existing DNA molecule (chimeric or hybrid gene), and deletions (truncated gene or fragments). DNA family shuffling has the advantage that it does not require a priori knowledge of structural and functional properties for efficient generation of hypoallergens. The combination of the hypoallergen concept with the Th1-inducing genetic immunization approach might be an attractive alternative for protein-based immunotherapy.     

Studies on the cross-clade and cross-species conservation of HIV-1 Gag-specific CD8 and CD4 T cell responses elicited by a clade B DNA/MVA vaccine in macaques

Here, we evaluate the T cell responses raised by our HIV-1 clade B DNA/MVA vaccine for recognition of a HIV-1 circulating recombinant form (CRF) AG Gag sequence (CRF-02). The cross-clade activity for the AG sequence was better conserved for CD8 than CD4 T cells. CD8 T cells exhibited 75% conservation for height and 83% conservation for breadth, whereas CD4 responses exhibited 45% conservation for height and 50% conservation for breadth. Five CD8 epitopes and 8 CD4 epitopes were mapped. Three of the 5 CD8 epitopes and 2 of the 8 CD4 epitopes were conserved across multiple HIV-1 clades. Impressively, all of the CD8 epitopes and half of the CD4 epitopes have been reported for human infections. Our results demonstrate that the clade B DNA/MVA HIV vaccine elicits T cell responses against epitopes that are conserved in multiple clades and recognized by humans and macaques.     

Bystander help within a polyepitope DNA vaccine improves immune responses to influenza antigens

A polyepitope DNA vaccine has the potential to generate protective immune responses to a range of antigens in a single construct. We investigated whether it was possible to obtain responses to individual epitopes from different antigens, directly linked in a string, and whether the response to a given epitope was enhanced by adjacent epitopes within the construct. A polyepitope plasmid was created, which included three Th epitopes (influenza haemagglutinin, moth cytochrome c and ovalbumin), a Tc epitope (ovalbumin) and two B cell epitopes (haemagglutinin and ovalbumin). Mice were immunized with DNA by using a gene gun. Responses to the polyepitope DNA vaccine were compared with those to DNA vaccine comprising only the haemagglutinin Th and B epitopes (HAT(h)B) or with responses to the recombinant protein. These experiments showed that the polyepitope DNA vaccine induced greater antigen-specific responses to HAT(h)B peptide than the HAT(h)B DNA vaccine. Antigen-specific in vivo cytotoxic responses following polyepitope DNA vaccination were also clearly demonstrable. We conclude that a 'naked DNA' polyepitope vaccine generates specific responses to constituent epitopes and that adjacent irrelevant epitopes may enhance these responses.     

人类偏肺病毒F蛋白的B细胞表位预测

目的 预测人类偏肺病毒F蛋白的B细胞表位。方法综合分析二级结构、亲水性、表面可及性与抗原性指数，预测F蛋白的抗原表位。结果B细胞表位位于F蛋白N段15-28、88-102、161-189、195-202、206-213、245-257、290-299、302-309、318-334、410-419、515-526区段。结论应用多参数预测F蛋白的B细胞表位，为进一步研究蛋白特征、单克隆抗体制备及表位疫苗研制奠定了基础。     

Characterization of human monoclonal antibodies directed against the pp65-kD matrix antigen of human cytomegalovirus.

Human monoclonal antibodies specific for human cytomegalovirus (CMV) antigens have been established using peripheral blood lymphocytes from a seropositive donor. Immortalization of antigen-specific B cells was achieved by Epstein-Barr virus transformation followed by somatic cell fusion of antigen-specific lymphoblastoid cells. Four clones producing high-affinity antibodies (0.2-7 x 10(9) M-1) specific for the viral matrix protein pp65 have been further characterized with respect to epitope specificity of secreted antibodies. The studied antigen represents a major protein produced by in vitro-cultivated virus, and is important in the serodiagnosis of CMV infection. The human monoclonal antibodies recognized different epitopes, some of which proved to be overlapping. The fine specificity of these antibodies was evaluated using synthetic peptides covering the sequence of pp65. The antibody MO58 recognized a linear epitope (residues 283-288) whereas antibody MO53 recognized a discontinuous epitope involving residues 208-216 and 280-285. Despite the close proximity of these epitopes, the antibodies did not compete with each other for the same binding site on intact antigen.