CXCR4基因shRNA表达质粒的构建及筛选鉴定

目的 构建编码CXCR4mRNA的短发卡样RNA(shRNA)表达质粒用以筛选出基因沉默效果最明显的shRNA质粒表达载体.方法 根据GenBank中登录的CXCR4基因的核苷酸序列,应用shRNA设计软件设计并合成4条短发卡shRNA的oligo DNA,构建shRNA重组质粒.采用酶切电泳和测序方法进行鉴定.将鉴定后的CXCR4基因shRNA重组质粒经脂质体介导转染胶质瘤U251细胞,24 h后经RT-PCR筛选有效的shRNA重组质粒.结果 构建的质粒表达载体PCR鉴定均可扩增出目的条带,DNA测序结果与理论序列完全一致.RT-PCR检测显示,转染pG-PU6/GFP/Rac 1-421的U251细胞CXCR4基因mRNA的转录水平下降.结论 成功构建CXCR4基因shRNA表达质粒,并筛选出效果最为明显的shRNA质粒表达载体为pGPU6/GFP/Rac1-421.     

携带Pyk2基因的shRNA质粒构建及其在Lovo结肠癌细胞系中的表达

目的:构建重组质粒PGCsi-Pyk2 shRNA,并检测所引起的Pyk2 mRNA和蛋白在Lovo结肠癌细胞系中的表达.方法:设计合成3对pkv2基因shRNA序列,形成双链后将其依次连入带有U6启动子并含有潮霉素B的pGcsi空载体,构建成能产生Pyk2短发卡RNA的质粒:采用双酶切和测序分析鉴定插入基因的序列:脂质体介导重组质粒pGCsi-Pyk2 shRNA稳定转染Lovo细胞系并通过潮霉素B筛选,获得比较单一的转染细胞;分别采用RT-PCR、Western blot等检测转染前后Pyk2的水平表达.结果:酶切鉴定和测序分析表明重组表达质pGCsi-Pyk2 shRNA构建无误:绿色荧光照相及PCR表明质粒转染成功:RT-PCR和Western blot均表明,与转染空质粒PGCsi组和转染仅含免疫荧光基因组细胞相比,转染重组表达质pGCsi-Pyk2 shRNA细胞t'Pyk2mRNA及蛋白表达水平均明显降低.结论:成功构建重组质pGCsi-Pyk2 shRNA.并证明他能降4Pyk2在Lovo胞株系中的表达,为进一步研究Pyk2何调控Hic-5/ARA55,Paxillion等下游靶基因的表达和参与结肠癌表观遗传学发生机制奠定了基础.     

pGPU6/GFP质粒介导的表达钙网织蛋白基因的短发夹RNA的构建和鉴定

目的构建靶向钙网织蛋白(CRT)基因的短发夹RNA(shRNA)表达质粒并鉴定。方法设计并合成4对针对CRT基因的shRNA链,退火形成双链,与酶切的质粒pGPU6/GFP连接,构建4个重质粒,转化DH5а菌株,提取质粒,进行酶切鉴定和测序分析。脂质体法转染人乳腺癌MDA-MB-231细胞,通过荧光倒置显微镜判定转染效率,并通过Western印迹法检测细胞中CRT基因及蛋白的表达水平。结果经酶切鉴定筛出的重组质粒测序结果与目的序列相同,重组质粒pGPU6/GFP/Neo-CRT构建成功;转染MDA-MB-231细胞后,CRT基因在mRNA及蛋白水平的表达均降低,其中pGPU6/GFP/CRT1的抑制效果最好。结论成功构建了靶向CRT基因的shRNA表达质粒,并筛选出1种对CRT基因有显著抑制作用的shRNA。     

靶向mcl-l基因的shRNA真核表达质粒的构建与筛选

目的: 构建靶向髓细胞白血病基因-1(myeloid cell leukemia-1,mcl-1)的shRNA的真核表达质粒,并筛选出沉默mcl-1基因效果最明显的shRNA表达质粒.方法: 设计3对针对mcl-1基因不同位点的shRNA片段,构建携带此shRNAfi片段的真核表达质粒(shRNAl-3)并行酶切鉴定和测序分析.然后通过脂质体将重组质粒转染到肝癌细胞株HepG2中,48 h后测定转染率,并分别采用RT-PCR及Western blot检测mcl-1 mRNA和蛋白表达情况.结果: 重组质粒经酶切鉴定与测序证实构建成功.质粒在HepG2细胞中的转染率约为64%.shRNAl-3导入HepG2细胞48 h后.mcl-1,mRNA水平和蛋白水平均明显低于空白对照组和阴性对照组(0.61±0.02,0.56±0.02,0.46±0.01 vs 0.97±0.01,0.95±0.00;0.53±0.01.0.48±0.03,0_36±0.01vs0.90±0.03.0.88±0.01,均P<0.01).与shRNAl和shRNA2相比,shRNA3对mcl-1 mRNA和蛋白的抑制作用均最强(52.6%VS 36.3%,42.9%:63.2%vs41.5%,49.6%,均P<0.01).结论: 成功构建并筛选出的靶向mcl-1的shRNA真核表达质粒对肝癌细胞HepG2内的mcl-1表达具有明显抑制作用.     

TIMP-1特异性小干扰RNA真核表达载体转染肝星状细胞效率的检测

目的 提高TIMP-1小干扰RNA真核表达载体pGCsi-U6/TIMP-1 shRNA在大鼠肝星状细胞HSC-T6中的转染效率.方法 构建携带绿色荧光蛋白(GFP)基因的小干扰RNA真核表达载体pGCsi-U6/TIMP-1 shRNA,采用阳离子脂质体介导法将pGCsi-U6/TIMP-1 shRNA质粒转染入HSC-T6细胞,实验根据质粒DNA和阳离子脂质体LipofectamineTM 2000的不同比例分为5组:2 μg/0μL、2 μg/4 μL、2 μg/6 μL、2 μg/8 μL、2 μg/10 μL,同时设空白对照组.转染48 h后,应用激光共聚焦显微镜观察各组转染情况,同时用流式细胞仪计算转染效率.结果 激光共聚焦显微镜观察和流式细胞仪检测均说明质粒与脂质体比例为2 μg/8 μL组转染效率显著高于其余各比例组,差异具有统计学意义.转染效率与脂质体和质粒的比例有关.结论 按照合适的质粒和脂质体比例,质粒pGCsi-U6/TIMP-1 shRNA转染HSC-T6可达较高转染效率,是转染HSC-T6较为理想的瞬时表达载体.     

COL1A1-shRNA表达质粒构建及抑制COL1A1表达的有效序列的筛选

目的: 构建和筛选对大鼠肝星状细胞前Ⅰ型胶原α1链(COL1A1)mRNA有抑制作用的COL1A1短发夹RNA (shRNA)的表达质粒.方法:从NCBI网站获得大鼠的COL1A1 cDNA序列, 根据Whitehead研究所的siRNA设计软件设计3条理论上最佳的siRNA序列, 相应的双链DNA被插入pGPU6/GFP/Neo质粒中, 即pGPU6/GFP/Neo-shRNA-A、pGPU6/GFP/Neo-shRNA-B和pGPU6/GFP/Neo-shRNA-C. 为得到高效沉默COL1A1-siRNA, 以脂质体LipofectAMINE2000, 将1、2、3、4 μg DNA质粒转染至HSC-T6细胞中, 并观察转染效果. 将最佳沉默siRNA导入HSC-T6细胞, RT-PCR分析各组的COL1A1 mRNA表达水平.结果: 靶向COL1A1 mRNA的3个shRNA重组质粒载体pGPU6/GFP/Neo-shRNA-A、pGPU6/GFP/Neo-shRNA-B和pGPU6/GFP/Neo-shRNA-C经测序分析, shRNA编码序列与设计的片段完全一致, 经酶切凝胶电泳证实载体构建成功. 1、2、3、4 μg组转染效率分别为16.7%、20.3%、23.5%和22.3%, 以2 μg siRNA为最佳剂量, pGPU6/GFP/Neo-shRNA-A、pGPU6/GFP/Neo-shRNA-B和pGPU6/GFP/Neo-shRNA-C对COL1A1 mRNA的抑制率分别为16.6%, 63.3%和80.3%. 结论:筛选出的pGPU6/GFP/Neo-shRNA-C表达质粒能高效地抑制转染细胞COL1A1 mRNA的表达, 从而为肝纤维治疗提供新的方法和材料.     

靶向XIAP的shRNA重组质粒的构建

目的:设计以X染色体连锁凋亡抑制蛋白(XIAP)为靶向的shRNA,构建携带此shRNA的重组质粒,检测其抑制XIAP表达的效应,筛选RNA干扰作用最强的shRNA片段.方法:设计4对针对XIAP基因不同位点的shRNA片段,构建携带此shRNA片段的真核表达载体psiRNA-Hhneo-XIAP,通过脂质体介导的方法将重组质粒转染到肝癌细胞株HepG2细胞中.采用逆转录酶链式反应(RT-PCR)及蛋白印迹(Western blotting)方法检测XIAP的mRNA及蛋白表达情况,比较转染前后其表达差异,以判断各shRNA的干扰效应.结果:成功构建含shRNA片段的重组质粒.经质粒测序证实,插入的DNA片段的序列与设计序列完全一致.重组质粒转染HepG2细胞后,XIAP基因的mRNA水平及蛋白表达水平明显下调,其中以1号重组质粒效应最强.shRNA作用48h后,对HepG2细胞中XIAP mRNA和蛋白的抑制率与3,4号重组质粒相比,均具有显著性差异(mRNA:94.5% vs 81.5%,82.6%,均P<0.01:蛋白:92.6% vs 80.7%,82.9%,均P<0.01).结论:成功构建了携带以XIAP为靶向的shRNA的重组质粒,其对肝癌细胞内XIAP的表达具有显著抑制效应.X染色体连锁凋亡抑制蛋白;;短发夹状RNA;;肝癌;;逆转录聚合酶链式反应;;免疫蛋白印迹     

TROP2 shRNA真核表达载体转染胃癌BGC-823细胞的沉默作用

目的:构建TROP2特异性短发夹环RNA(shRNA)真核表达载体, 抑制人胃癌BGC-823细胞TROP2基因的表达.方法:构建TROP2短发夹环RNA, 产生重组质粒转染胃癌BGC-823细胞, 转染24 h后用G418(浓度400 mg/L)筛选, 待细胞稳定后收集, 分别命名为W组(未处理组), HK组(随机阴性对照质粒组), KB组(空质粒组), T1组, T2组, T3组. 并运用实时荧光定量PCR和Western blot检测TROP2的表达.结果:TROP2特异性shRNA片段被成功克隆进pGensil1.1质粒中, 重组质粒shRNA编码序列与设计片断的序列完全一致. 与未转染细胞组、随机阴性对照组、空质粒组相比, 转染shRNA重组质粒的人胃癌BGC-823细胞TROP2表达在mRNA和蛋白水平都受到抑制.与T1、T2组相比, T3组对TROP2 mRNA和蛋白抑制作用最明显, 差异具统计学意义(8.79±0.23 vs 9.54±0.20, 9.57±0.23; 3.66±0.11vs 6.46±0.36, 9.31±0.11, 均P<0.05).结论:成功构建了针对TROP2 的特异性shRNA真核表达载体并抑制了TROP2的表达,为进一步研究其基因功能打下了基础.     

靶向胰腺癌PANC-1细胞整合素连接激酶基因RNA干扰质粒的构建及鉴定

目的:构建整合素连接激酶(integrin-linkedkinase,ILK)基因RNA干扰(RNA interference,RNAi)重组质粒并检测其对胰腺癌PANC-1细胞ILK基因表达的干扰效率,为进一步研究胰腺癌中ILK基因功能奠定实验基础和理论依据.方法:设计并构建3条含有针对ILK基因的小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)序列的重组质粒并进行DNA测序.通过阳离子脂质体Lipofectamine 2000将重组质粒转入人胰腺癌细胞株Panc-1细胞中,G418压力筛选至得到稳定转染细胞克隆,利用Real-Time PCR和Western blot检测ILK基因的表达抑制情况.筛选出干扰效率最高的重组质粒.结果:经DNA测序证实胰腺癌PANC-1细胞ILK基因的R NA干扰重组质粒构建成功;重组质粒稳定转染Panc-1细胞后(各组转染效率均>90%),各实验组ILK基因表达均被有效地抑制,其中重组质粒-2的干扰效率最高,其mRNA及ILK表达显著下调,其抑制率分别为93.01%和65.69%;ILK mRNA表达较阴性对照组、空质粒组表达量显著下降(0.090±0.009vs 1.147±0.110,1.005±0.121,P<0.01).结论:成功构建ILK基因RNA干扰重组质粒,重组质粒能有效抑制胰腺癌Panc-1细胞ILK基因表达.为进一步研究ILK在胰腺癌中的基因功能奠定基础.     

TLR4 shRNA质粒的构建及稳定转染人胰腺癌PANC1细胞株的筛选

目的 构建靶向人TLR4基因的短发夹RNA(shRNA)真核表达质粒,转染胰腺癌细胞,并筛选出稳定转染的克隆细胞株.方法 采用小分子干扰RNA(siRNA)软件设计3个靶向TLR4基因的shRNA,构建3个质粒表达载体,分别命名为TLR4-1、TLR4-2、TLR4-3;选取抑制效率最高的shRNA质粒,采用脂质体法转染胰腺癌PANC1细胞;实时定量PCR和流式细胞技术检测细胞TLR4 shRNA基因沉默效率和转染效率;G418抗性筛选和有限稀释单克隆形成法挑选培育稳定转染TLR4 shRNA的单克隆细胞系.结果 转染48 h后PANC1细胞瞬时转染效率为(46.72±5.06)％.转染TLR4-1、TLR4-2、TLR4-3的细胞的TLR4mRNA表达水平分别为0.025±0.004、0.027±0.003、0.019±0.006,均显著低于未转染组的0.061±0.018和阴性对照转染组的0.057±0.015(P值均＜0.05).以沉默效果最佳的TLR4-3转染细胞所获得的稳转细胞的转染效率为(82.79 ±8.16)％,较瞬转细胞显著提高(P=0.001);TLR4 mRNA表达水平为0.010±0.002,较瞬转细胞显著下调(P=0.001);TLR4蛋白表达率为(0.54±0.32)％,显著低于未转染细胞的(87.42±5.00)％和转染阴性对照细胞的(82.90±5.00)％(P=0.000).结论 成功筛选到TLR4基因沉默的稳转PANC1细胞.