高低转移人大肠癌细胞系基因表达谱差异

目的 用自制肿瘤转移相关基因cDNA微阵列研究人大肠癌高转移细胞系Lovo、SW620及低转移细胞系SW480、LS174T的基因表达谱差异，筛选与大肠癌转移相关的特异基因。方法 分别提取4种大肠癌细胞系及对照的正常大肠上皮组织的mRNA，逆转录成cDNA探针，经cy3和cy5标记后分别与含有399个肿瘤转移相关基因的微阵列杂交．用专用软件分析杂交信号强度。结果 高转移细胞系与低转移细胞系的基因表达谱有显著差异，其中有104个基因的表达值有意义，包括上调基因44个、下调基因60个。结论 大肠癌转移是由其发生过程中多个基因表达的复杂变化决定的，高转移细胞系与低转移细胞系比较存在差异的基因可能与高转移特性有关。     

应用抑制消减杂交技术克隆人大肠癌转移相关新基因

目的 克隆新的大肠癌转移相关基因,为进一步阐述大肠癌转移的分子机制提供线索。方法 利用抑制消减杂交技术,以1对来自同一亲本、转移能力不同的大肠癌细胞株SW620和SW480为研究对象,构建2种大肠癌转移促进基因和转移抑制基因的cDNA消减文库。随机挑取文库克隆进行差异筛选,对所得的差异片段进行测序和同源性分析,利用Northern Blot对新基因的表达情况进行验证。结果 两种消减文库分别含有235和232个白色克隆,90%以上的白色克隆含有插入片段。随机挑取约200个阳性克隆进行差异筛选。共获得29个差异片段。测序及同源分析发现15个为未知基因,GenBank登陆号为CD485499-CD485513。其中与5号染色体序列同源的基因有6个。结论 抑制消减杂交技术是筛选、克隆大肠癌转移相关新基因的有效手段;5号染色体上可能存在多个与大肠癌转移相关的新基因位点;筛选到的新基因片段为进一步克隆其全长、研究基因功能提供了实验基础。     

人大肠癌不同转移潜能细胞株SW620及SW480的差异蛋白质组分析

目的 分析比较人大肠癌不同转移潜能细胞株的差异表达蛋白质图谱,筛选并探讨肿瘤转移相关蛋白与大肠癌发生发展转移的关系。方法 利用双向凝胶电泳(2-DE)和基质辅助激光解析离子化-飞行时间-质谱技术,分析高低转移性细胞株SW620和SW480蛋白质图谱的差异表达,查询数据库筛选大肠癌转移相关蛋白质。结果 MalenieⅢ软件分析3次相同条件下的2-DE图谱,结果显示重复性、匹配性较好。SW620检测到(1316±62)个蛋白点,平均匹配率82%;SW480检测到(1332±74)个蛋白点,平均匹配率80%;蛋白点分布以PI4~7、相对分子质量20000~70000范围内最多。两种细胞株25个差异蛋白点(SW62014个、SW48011个)胰酶胶内酶解、质谱分析获得23张肽质量指纹谱;数据库查询结果高度匹配已知蛋白质3个,初步匹配已知蛋白质或片段14个。在这些差异表达的蛋白质中,部分与基因转录、细胞周期、信号转导、细胞凋亡有关,可能参与大肠癌的分化、增殖、侵袭、黏附和转移等多种生物学行为。结论 人大肠癌不同转移潜能细胞株SW620和SW480的2-DE蛋白质图谱具有明显的差异表达,提示大肠癌转移过程的发生是多种蛋白质功能共同作用的结果。     

两种大肠癌转移性细胞株双向电泳图谱的初步分析

目的 初步分析大肠癌转移过程中差异表达的蛋白质,为阐述大肠癌转移的分子机制提供线索。方法 以一对来自同一亲本、转移能力不同的人大肠癌细胞株SW620和SW480为实验对象,利用双向电泳技术(two-dimensional gel electrophoresis,2-DE),建立并优化两种细胞株的蛋白表达图谱;之后利用Melanieш软件分析与大肠癌转移相关的差异表达蛋白点。结果 两种细胞株的2-DE蛋白表达谱具有良好的重复性和可比性;采用了非线性pH3-10及重叠窄范围的固相pH梯度胶条,提高了2-DE图谱的分辨率;初步选择11个差异表达蛋白点。结论 非线性及重叠窄范围的固相pH梯度胶条可改善2-DE中蛋白分离的效果,初步分离的差异蛋白点为进一步鉴定大肠癌转移相关蛋白及建立大肠癌转移性细胞株的2-DE数据库奠定了基础。     

不同级别胶质瘤细胞系与侵袭和转移相关的重叠基因

目的利用cDNA微阵列分析不同级别和全反式维甲酸诱导的胶质瘤细胞系与侵袭和转移相关的重叠基因,为进一步研究胶质瘤的侵袭机制提供依据。方法通过cDNA微阵列技术比较两种不同级别胶质瘤细胞系CHG-5和SHG-44以及全反式维甲酸诱导3天的SHG-44细胞系的基因表达谱,消除细胞系间的个体差异,鉴定与胶质瘤侵袭和转移相关的重叠基因。随机选择数个重叠基因进行Northern杂交实验,验证cDNA微阵列结果的可靠性。结果实验鉴定出31个重叠基因,表达上调20个,下调11个。其中,4个重叠基因,包括CD151、G3BP、UGB和CSTB与胶质瘤的侵袭和转移相关。部分重叠基因的可靠性为Northern杂交实验所验证。结论初步揭示不同级别的胶质瘤细胞系之间存在侵袭和转移相关基因的差异表达,提示这些重叠基因可能与胶质瘤的进展有关。     

利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因

目的 筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因。方法 应用美国AffymetrixHG-U133寡核苷酸芯片(代表迄今所知的32264个人类全基因,包括19308个已知的人类基因和12956个EST簇)检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱,并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证;综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据。结果 获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs3125个(包括肿瘤上调基因ESTs974个、下调基因ESTs2151个);大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs245个;大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs162个;最重要的大肠癌差异表达基因ESTs17个。本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80.1%未见报道。结论 综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略,可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础。     

基因芯片技术分析系统性红斑狼疮患者外周血白细胞基因表达谱的初步研究

目的 比较系统性红斑狼疮(SLE)患者与正常对照外周血白细胞的基因表达谱的改变,筛选SLE差异表达基因。方法 采集静脉血5ml提取总RNA后,反转录合成、标记cDNA探针,与基因芯片杂交后检测。结果 9例患者与正常人对照均有相似差异表达的基因共89个,涉及细胞因子及受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白、蛋白翻译合成、离子通道和运输蛋白、凋亡相关基因、DNA和RNA结合、转录蛋白、细胞的外基质成分等。聚类分析结果显示在不同病人间尽管存在个体差异性,但是在其基因表达变化模式上仍然具有极大的相似性。结论 基因芯片技术筛选出的差异表达基因可能为进一步研究SLE的发生和发展以及寻找分子诊断标志和药物治疗靶标提供线索。     

S100A4基因差异表达与肾癌细胞分化、转移的关系

目的 探讨S100A4基因mRNA表达与肾癌细胞分化、转移的关系。方法 提取31例肾癌及正常组织配对标本的总RNA,用RT-PCR方法测定S100A4基因表达,并结合临床资料,对S100A4基因差异表达与肾癌病人临床表现的相关性进行分析研究。结果 31例配对标本采用RT-PCR方法分别进行S100A4mRNA荧光检测比较,29例标本肿瘤组织中S100A4基因mRNA表达明显高于癌旁正常肾组织。其中低分化肿瘤组病人的S100A4指数高于高分化组(7.94vs5.06,P<0.001);发生转移(包括淋巴结转移和远处转移)者高于无转移者(9.61vs5.53,P<0.001);低年龄组病人(≤50岁)S100A4指数与高年龄组无明显差异(6.31vs6.66,P>0.05);肾颗粒细胞癌组与透明细胞癌组无明显差异(6.98vs6.02,P>0.05);肿瘤直径≤5cm组与>5cm组无明显差异(5.95vs6.93,P>0.05)。结论 肾癌组织中S100A4基因mRNA可望作为肾细胞癌的病情发展及指导临床治疗的标记物之一;S100A4基因表达与肾细胞癌分化有关,癌组织S100A4mRNA测定有助于判定肿瘤的预后;S100A4基因差异表达与肾细胞癌转移明显相关。     

卵巢癌顺铂耐药细胞中DNA转录与修复相关基因的表达

目的 研究DNA转录与修复相关基因的表达与卵巢癌顺铂耐药性之间的关系。方法 以卵巢癌亲本细胞系COC1为对照,应用cDNA微阵列检测其顺铂耐药细胞系COC1/DDP中DNA转录与修复相关基因的表达。结果和结论 与COC1细胞相比,COC1/DDP细胞有143个基因的表达水平发生改变,其中共有20个DNA转录与修复相关基因的表达发生改变,表达上调的有13个基因,表达下调的有7个基因,包括CAD、DDB1、DDIT4等大量DNA修复基因以及一般转录因子RNA多聚酶Ⅰ、Ⅱ基因和DHX9、DDX3X基因的表达上调以及MLH1和BTF3基因的低表达,提示COC1/DDP细胞对顺铂的耐药性与DNA转录和损伤修复能力的异常有关。     

大肠癌脾虚证bcl-2基因表达与健脾康复汤的调节作用

目的 探讨大肠癌脾虚证与bcl-2基因表达的相关性及中药健脾康复汤的调节作用。方法 选择中晚期大肠癌脾虚证患者45例,随机分为治疗组和对照组。治疗组口服健脾康复汤,每日1剂,同时给予西医对症支持治疗;对照组仅给予西医对症支持治疗。疗程为2个月。治疗前后分别检测唾液淀粉酶活性及组织标本bcl-2基因表达。结果 大肠癌脾虚证患者酸刺激后的唾液淀粉酶活性显著下降,组织标本bcl-2基因表达阳性率明显升高。治疗组酸刺激前后唾液淀粉酶活性差值与对照组比较有显著差异(t=7.822,P<0.01);治疗组组织标本bcl-2基因表达阳性率治疗后较治疗前显著降低(χ²=4.286,P<0.05),对照组bcl-2基因表达阳性率治疗前后无显著差异。结论 中药健脾康复汤对大肠癌脾虚证患者酸刺激后唾液淀粉酶活性下降的趋势有抑制作用,对bcl-2基因表达有调节作用。     

肿瘤转移相关基因cDNA芯片的制备与应用

目的建立制备肿瘤转移相关基因cDNA基因芯片的方法,并探讨其在肿瘤转移表达谱应用方面的意义。方法选择了399个已知转移相关基因克隆,经PCR扩增纯化后,以Cartesian Pixsys 5500芯片点样仪点布于多聚赖氨酸包被的玻片上;采用Cy3-dUTP和Cy5-dUTP双重荧光标记人大肠癌和肺癌细胞、正常组织、大肠癌和肺癌组织总RNA并与阵列进行杂交。结果经ScanArrayTM 4000共聚焦荧光扫描仪检测,图像背景均匀,信号清晰,效果满意。对大肠癌细胞系和组织标本及肺癌标本表达基因扫描结果行联合聚类分析发现:两种癌的基因表达大多数相同,仅少数有差别,有30种在两种转移癌中呈持续上调或下调的基因,包括运动因子基因、粘附分子、蛋白水解酶、癌基因、抑癌基因、抑制或促进凋亡基因以及诱导血管增生和信号转导的基因等。结论优化的cDNA基因芯片制备技术用于基因表达分析有较高的效率和可靠的实用性能。检测的肿瘤转移相关基因的表达在两种癌无明显差别,表明不同癌其浸润和转移的分子机制大致相同。     

肿瘤转移相关基因cDNA芯片的制备与应用

目的：建立制备肿瘤转移相关基因cDNA基因芯片的方法，并探讨其在肿瘤转移表达谱应用方面的意义。方法：选择了399个已知转移相关基因克隆，经PCR扩增纯化后，以Cartesian Pixsys5500芯片点样仪点布于多聚赖氨酸包被的玻片上；采用Gy3-dUTP和Cy5-dUTP双重荧光标记人大肠癌和肺癌细胞、正常组织、大肠癌和肺癌组织总RNA并与阵列进行杂交。结果：经ScanArrayTM4000共聚焦荧光扫描仪检测，图像背景均匀，信号清晰，效果满意。对大肠癌细胞系和组织标本及肺癌标本表达基因扫描结果行联合聚类分析发现：两种癌的基因表达大多数相同，仅少数有差别，有30种在两种转移癌中呈持续上调或下调的基因，包括运动因子基因、粘附分子、蛋白水解酶、癌基因、抑癌基因、抑制或促进凋亡基因以及诱导血管增生和信号转导的基因等。结论：优化的cDNA基因芯片制备技术用于基因表达分析有较高的效率和可靠的实用性能。检测的肿瘤转移相关基因的表达在两种癌无明显差别，表明不同癌其浸润和转移的分子机制大致相同。     

应用基因芯片技术筛选小鼠组织细胞肉瘤L-Ⅱ转移相关基因

目的应用基因芯片技术对小鼠组织细胞肉瘤L-Ⅱ高侵袭转移瘤株和母瘤株的基因表达谱进行对比分析并筛选出差异表达基因,以期从基因水平上探讨肿瘤的转移机制。方法L-Ⅱ瘤细胞接种小鼠胁部皮下,取其肺转移灶制成细胞悬液接种另一小鼠体内,再取其肺转移灶传代,如此数代后,建立L-Ⅱ肺高转移模型,筛选出L-Ⅱ高侵袭转移瘤株。用基因芯片检测筛选前后的L-Ⅱ瘤株表达有差异的基因,并用RT．PCR对部分差异表达基因进行分析鉴定。结果用体内转移灶连续传代法筛选小鼠组织细胞肉瘤L-Ⅱ至第9代,筛选出L一Ⅱ高侵袭转移瘤株。用肿瘤转移基因芯片杂交筛选出传代前后L-Ⅱ瘤细胞的差异表达基因共21个,其中上调基因17个．下调基因4个。对其中有代表意义的基因,如Kras．2、IGF-1、MMP．10、Brms．1进行RT-PCR验证,结果证实所选基因在筛选前后瘤细胞中的表达差异均有统计学意义,与基因芯片的表达情况一致。结论小鼠组织细胞肉瘤L-Ⅱ的侵袭转移是一个涉及Kras．2、IGF．1、MMP．10、Brms-1等重要基因和其他相关基因等多个基因共同参与的复杂过程。     

人类肺癌转移相关基因的筛选

目的:应用基因芯片研究人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95-D和95-C的基因表达谱的差异,并筛选肺癌转移相关基因。方法:分别提取并纯化两细胞株的mRNA,运用基因芯片技术得到95-D和95-C细胞的差异表达基因谱。用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法对部分有差异表达的基因进行分析验证。结果:在95-D和95-C细胞中有表达差异2倍以上的基因共389条,其中表达上调的121条,表达下调的268条。RT-PCR的验证结果与芯片的筛查结果基本相符。结论:人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95-D和95-C在基因表达谱上存在显著差异,这种差异表达的意义有待进一步研究。     

应用基因芯片筛选人高、低转移肺巨细胞癌细胞株差异表达基因的初步探讨

目的应用基因芯片探讨人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95D和95C的基因表达差异,筛选肺癌转移相关基因。方法提取人高转移肺巨细胞癌细胞株95D和人低转移肺巨细胞癌细胞株95C的mRNA并反转录为cDNA,分别用Cy5-dUTP和Cy3-dUTP进行标记后与基因芯片杂交,然后用Scan Array 3000扫描仪及Im aGene3.0软件处理杂交信号得到95D和95C的表达差异基因。对部分有差异表达的基因进行RT-PCR分析鉴定。结果在被检测的人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95D和95C中,共有466条基因出现表达差异,其中具有同一GenBank ID号的Doub le基因共108对,包括上调基因47对,下调基因61对。有表达差异的F ln29、RUVBL2、C14orf3等基因RT-PCR结果与基因芯片一致。结论多基因参与了肺癌的转移过程,基因芯片技术是筛选肺癌转移相关基因的有效方法。     

两种大肠癌转移性细胞株双向电泳图谱的初步分析

目的初步分析大肠癌转移过程中差异表达的蛋白质．为阐述大肠癌转移的分子机制提供线索。方法以一对来自同一亲本．转移能力不同的人大肠癌细胞株SW620和SW480为实验对象．利用双向电泳技术(two—dimensional gel electrophoresis，2-DE)，建立并优化两种细胞株的蛋白表达图谱；之后利用Melanie ш软件分析与大肠癌转移相关的差异表达蛋白点。结果两种细胞株的2-DE蛋白表达谱具有良好的重复性和可比性；采用了非线性pH3—10及重叠窄范围的固相pH梯度胶条，提高了2-DE图谱的分辨率；初步选择11个差异表达蛋白点。结论非线性及重叠窄范围的固相pH梯度胶条可改善2-DE中蛋白分离的效果，初步分离的差异蛋白点为进一步鉴定大肠癌转移相关蛋白及建立大肠癌转移性细朐株的2-DE数据库奠定了基础．