原发性肺癌染色体比较基因组杂交研究

目的分析原发性肺癌不同病理分类(鳞癌、腺癌和其他类型原发性肺癌)的遗传物质不平衡特征,为寻找肺癌发生发展相关基因、揭示肺癌发病机制提供线索。方法应用比较基因组杂交技术分析55例原发性肺癌患者肿瘤细胞染色体,按病理分类分为鳞状细胞癌组24例(鳞癌组),腺癌13例(腺癌组),其他组18例(腺鳞癌5例、细支气管肺泡癌8例、小细胞癌4例及非典型类癌1例),正常外周血淋巴细胞染色体DNA标本由20名健康男性志愿者提供。结果原发性肺癌鳞癌组常见染色体扩增区是2Q、5P、11Q、22Q,常见缺失区是1P、4Q、5Q、6Q、8P、9P、10Q、11P、13Q、18Q、21Q。腺癌组常见扩增区是5P、8Q、11Q,常见缺失区是10P、19。其他组中,腺鳞癌、肺泡细胞癌、小细胞癌等各有不同。结论原发性肺癌不同病理分型存在广泛的遗传物质不平衡现象,染色体基因扩增和缺失可能是不同类型肺癌发生发展的基础。     

中枢神经细胞瘤全基因组的比较基因组杂交分析

目的研究中枢神经细胞瘤全基因组的遗传学异常,探讨该肿瘤的发病机制。方法应用比较基因组杂交技术,研究10例中枢神经细胞瘤的遗传学改变。结果10例中枢神经细胞瘤中,6例发现有染色体的失衡,主要表现为遗传物质在染色体2p(4/10)、10 q(4/10)和18 q(3/10)上的获得。结论染色体2p、10 q和18 q的遗传学改变很可能与中枢神经细胞瘤的发病机制有关。     

中枢神经细胞瘤全基因组的比较基因组杂交分析

目的研究中枢神经细胞瘤全基因组的遗传学异常,探讨该肿瘤的发病机制.方法应用比较基因组杂交技术,研究10例中枢神经细胞瘤的遗传学改变.结果10例中枢神经细胞瘤中,6例发现有染色体的失衡,主要表现为遗传物质在染色体2p(4/10)、10q(4/10)和18q(3/10)上的获得.结论染色体2p、10q和18q的遗传学改变很可能与中枢神经细胞瘤的发病机制有关.     

比较基因组杂交技术在肿瘤研究中的新进展

比较基因组杂交（comparative genomic hybridizationc GH）是一种将消减杂交和荧光原位杂交相结合的分子细胞遗传学技术,可在全部染色体区带上检测基因组间DNA拷贝数的变化并定位。本文对CGH技术及其在肿瘤研究中的进展作一综述。     

河南林州市居民贲门癌组织的比较基因组杂交分析

目的：探讨贲门癌高发区河南林州市贲门癌组织中的基因组变化，寻找相关未知基因。方法：采用比较基因组杂交的方法（comparative genomic hybridization,CGH)分析10例原发性贲门癌组织基因组变化。结果；CGH分析显示1q(4/10),11q(3/10),3q(2/10),8q(3/10),8p(2/10)为出现频率较高的扩增区，9q(3/10)的缺失可能是贲门癌的特征性变化。结论：1q,11q,3q,8q,8p,9q可能存在与贲门癌相关的未知基因。     

自然流产的比较基因组杂交分析

目的:评价比较基因组杂交(CGH)在自然流产组织遗传分析中的可行性和优越性。方法:研究38例早期流产妊娠组织,其中27例新鲜,11例陈旧。每例样本分为两份,一份用于常规细胞遗传学分析,另一份用于CGH分析。结果:CGH成功分析了所有38例自然流产组织,但是只有31例得到细胞遗传学核型     

比较基因组杂交技术的改进及其在产前诊断中的应用

目的改进比较基因组杂交（CGH）技术,为产前诊断胎儿染色体异常提供有益手段。方法选取唐氏综合征筛查结果为高风险、细胞遗传学结果异常的孕妇5例,因胎儿畸形、死胎引产的孕妇11例。缺口平移法标记待测DNA和对照DNA,同时将待测DNA和对照DNA的荧光颜色互换,即进行荧光互换CGH,根据绿红两种信号的比值制作CGH拷贝数核型模式图,以1.0表示平衡比例,荧光强度比（FR）阈值定为1.25和0.75。以细胞遗传学检查检验CGH分析的敏感性和可靠性。结果16例孕妇胎儿样本均成功利用CGH方法进行了分析、确认,结果与细胞遗传学分析一致;1例细胞遗传学诊断为4号染色体的长臂远端部分缺失病例,CGH为4号染色体q32 qter缺失。CGH分析在荧光互换前后FR曲线并不完全互补。结论CGH技术经荧光互换等改进能最大程度的排除在实验过程中可能产生的误差,可作为产前诊断中传统核型分析的有益和必要补充。     

应用比较基因组杂交技术鉴定标记染色体的来源

目的:确定额外标记染色体来源,对染色体异常患者进行明确的遗传学诊断.方法:应用比较基因组杂交(comparative genomic hybridization, CGH)和荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization, FISH)技术对1例小标记染色体患者进行分子细胞遗传学检测.结果:显示13号染色体近着丝粒q11-q12区有一明显扩增,提示该额外小标记染色体来源于13号染色体pter→q12.结论: CGH结合FISH技术是鉴别标记染色体来源的又一快速便捷的方法.     

贲门癌家族史阳性患者比较基因组杂交变化特征

目的 探讨河南食管贲门癌高发区贲门癌肿瘤家族史阳性/阴性患者基因组变化特征.方法 应用比较基冈组杂交技术分析14例贲门癌家族史阳性和28例贲门癌肿瘤家族史阴性患者染色体基因组变化.结果 贲门癌家族史阳性患者DNA拷贝数扩增高于阴性(>20%)者的染色体部位为20p(FH+50%与FH-21%),5p(FH+50%与FH-18%),6q(FH+43%与FH-18%),16q(FH+36%与FH-14%);贲门癌家族史阳性患者DNA拷贝数丢失高于阴性(>20%)者为4q(FH+43%与FH-14%)(P>0.05).1q、3q、6q/p、7p、8q、13q/p、20q/p染色体部位DNA拷贝数扩增和1p、17q/p、19p染色体部位DNA拷贝数丢失在贲门癌家族史阳性和阴性患者中均超过20%(P>0.05).结论 20p、5p、6q、16q、4q、17q、18q、9p、22q可能存在与贲门癌遗传高易感性相关的关键基因;而1q/p、3q、6q/p、7p、8q、13q/p、20q/p、17q/p、19p可能存在与环境因素相关的贲门癌关键基因.     

Chromosomal imbalances revealed in primary rhabdomyo- sarcomas by comparative genomic hybridization

Background Previous cytogenetic studies revealed rhabdomyosarcoma. We profiled chromosomal imbalances aberrations varied among the three subtypes of n the different subtypes and investigated the relationships between clinical parameters and genomic aberrations. Methods Comparative genomic hybridization was used to investigate genomic imbalances in 25 cases of primary rhabdomyosarcomas and two rhabdomyosarcoma cell lines. Specimens were reviewed to determine histological type, pathological grading and clinical staging. Results Changes involving one or more regions of the genome were seen in all rhabdomyosarcomal patients. For rhabdomyosarcoma, DNA sequence gains were most frequently （〉30%） seen in chromosomes 2p, 12q, 6p, 9q, 10q, lp, 2q, 6q, 8q, 15q and 18q; losses from 3p, 11p and 6p. In aggressive alveolar rhabdomyosarcoma, frequent gains were seen on chromosomes 12q, 2p, 6p, 2q, 4q, 10q and 15q; losses from 3p, 6p, lq and 5q. For embryonic rhabdomyosarcoma, frequent gains were on 7p, 9q, 2p, 18q, lp and 8q; losses only from 11p. Frequently gained chromosome arms of translocation associated with rhabdomyosarcoma were 12q, 2, 6, 10q, 4q and 15q; losses from 3p, 6p and 5q. The frequently gained chromosome arms of nontranslocation associated with rhabdomyosarcoma were 2p, 9q and 18q, while 11p and 14q were the frequently lost chromosome arms. Gains on chromosome 12q were significantly correlated with translocation type. Gains on chromosome 9q were significantly correlated with clinical staging. Conclusions Gains on chromosomes 2p, 12q, 6p, 9q, 10q, lp, 2q, 6q, 8q, 15q and 18q and losses on chromosomes 3p, 11p and 6p may be related to rhabdomyosarcomal carcinogenesis. Furthermore, gains on chromosome 12q may be correlated with translocation and gains on chromosome 9q with the early stages of rhabdomyosarcoma.     

简并PCR在肠道病毒血清型鉴定中的应用

目的 探讨共有序列简并杂合寡核苷酸引物PCR（CODEHOP-PCR）在肠道病毒血清型鉴定中的临床应用价值。方法 以CODEHOP-PCR检测经实时荧光RT-PCR鉴定为EV71和CA16 手足口病患者的临床样本和病毒分离培养细胞上清的肠道病毒VP1基因片段,经琼脂糖凝胶电泳并回收、测序,与Genbank提供的序列比较,确定肠道病毒的血清型。结果 CODEHOP-PCR后的序列分析表明,所有的EV71毒株和CA16毒株与近几年国内报道的部分毒株同源性在96%以上,其血清分型结果验证了实时荧光RT-PCR分型结果的准确性。结论 CODEHOP-PCR合并测序用于肠道病毒血清型的准确鉴定,与传统的病毒分离及血清中和试验相比,具有更快速、准确的优点。     

Novel chromosomal alterations detected in primary nasopharyngeal carcinoma by comparative genomic hybridization

Objective　To gain a better understanding of genetic changes in Cantonese nasopharyngeal carcinoma (NPC). Methods　Comparative genomic hybridization (CGH) was performed on 17 primary nasopharyngeal carcinomas. Results　A novel copy number gain an chromosome 4q and loss of chromosome 1p were found at a high frequency (>50%). Conclusions　Current analysis revealed a comprehensive profile of the chromosomal regions showing gain of chromosomes 4q, 12q, and 1q as well as loss of chromosomes 1p, 3p, 11q, 14q, 15q, 13q, Xq, 9q, 10p, 10q, and 16q. Frequently altered loci may encode oncogenes or tumor suppressor genes involved in the development of primary NPC.     

Identification of chromosomal imbalances in pancreatic carcinoma using comparative genomic hybridization

Objective To identify genetic abnormalities in primary pancreatic carcinoma in humans.Methods Comparative genomic hybridization (CGH) was used to investigate genomic imbalances in 27 cases of pancreatic carcinomas. Multiple deletions and gains were observed in all tumor specimens.Results Losses affecting chromosomes 9p, 17p, 4q and 6p and gains involving 8q, 7q , 3q and 1q were commonly observed.Conclusions There are multiple regions of chromosomes with changes copy number in pancreatic carcinoma. The altered chromosomal regions may contain several candidate genes which are involved in the development and progress of pancreatic carcinogenesis.     

河南林州食管癌家族史阳性患者比较基因组杂交特征

目的 探讨河南食管癌高发区食管癌家族史阳性患者基因组变化特征.方法 应用比较基因组杂交技术分析13例食管癌家族史阳性和32例食管癌家族史阴性患者染色体基因组变化.结果 10q染色体部位DNA拷贝数扩增在食管癌家族史阳性患者为23%(3/13)而食管癌家族史阴性患者中无发生(P<0.05).15q染色体部位DNA拷贝数丢失在食管癌家族史阳性为38%(5/13),明显高于食管癌家族史阴性的6%(2/32)(P<0.05).3q、8q、7p、5p等染色体部位DNA拷贝数增加和3p、19q、9q等染色体部位DNA拷贝数丢失在食管癌家族史阳性和阴性患者中发生率均超过20%(P>0.05).结论 10q、15q可能存在与食管癌遗传高易感性相关的关键基因,而3q、8q、7p、5p、3p、19q、9q等可能存在与环境因素相关的食管癌关键基因.     

微阵列比较基因组杂交分析18等臂双着丝粒染色体胎儿全基因组拷贝数变化

目的 了解18q等臂双着丝粒染色体[idic(18)(p11→qter)]胎儿全基因组拷贝数变化的情况,确定idic(18)(p11→qter)的结构和组成,探讨微阵列比较基因组杂交在分子细胞遗传诊断中运用的可行性和优越性.方法 运用微阵列比较基因组杂交芯片对一被传统G显带和荧光原位杂交诊断为idlc(18)(p11→qter)的胎儿进行全基因组高分辨率扫描和分析.结果 微阵列比较基因组杂交显示胎儿存在18p11.21→pter缺失、18p11.21→qter复制,断裂点位于12 104 527～12 145 199(距离18p端粒),确定idic(18)(p11→qter)是idic(18)(p11.21→qter).另外,还检测出了21个亚显微拷贝数变化.结论 与传统的细胞遗传分析方法相比,微阵列比较基因组杂交不仅能准确、高分辨率和高通量地检测出基因组拷贝数变化,还能高分辨率地确定拷贝数变化的断裂点.     

比较基因组杂交技术分析食管鳞状细胞癌遗传变异及PPFIA1异常表达的临床意义

目的 分析食管鳞状细胞癌中基因组的遗传学变异特征,探讨异常扩增基因PPFIA1与临床病理参数及预后的相关性。方法 选取2014年3月—2014年7月新疆医科大学第一附属医院食管鳞状细胞癌患者手术切除的6对肿瘤组织及癌旁正常组织。采用比较基因组杂交技术（CGH）检测食管鳞状细胞癌患者基因组遗传学变化,免疫组织化学法检测异常扩增基因PPFIA1在食管鳞状细胞癌中的表达水平,分析PPFIA1基因与食管鳞状细胞癌病理参数及预后的相关性。结果 CGH分析结果发现食管鳞状细胞癌患者中5号染色体p15.33和11号染色体的q13.3和q22.1变异较大。食管癌组织PPFIA1阳性表达率高于癌旁组织（P <0.05）。不同临床分期、淋巴结转移食管癌患者的PPFIA1高表达率比较,差异有统计学意义（P <0.05）,临床分期越高PPFIA1的阳性表达率也越高,淋巴结有转移的患者PPFIA1的阳性表达率高于无淋巴结转移的患者。而不同性别、年龄、病理分级、分化类型、肿瘤大小、浸润深度食管癌患者的PPFIA1高表达率比较,差异无统计学意义（P>0.05）。PPFIA1高表达与低表达患者生存曲...     

Array comparative genomic hybridization identifies a heterozygous deletion of exon 3 of the RYR2 gene

Abstract

Background. Catecholaminergic polymorphic ventricular tachycardia (CPVT) is a heritable cardiac disorder characterized by life-threatening ventricular tachycardia caused by exercise or acute emotional stress. The standard diagnostic screening involves Sanger-based sequencing of 45 of the 105 translated exons of the RYR2 gene, and copy number changes of a limited number of exons that are detected using multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA).

Methods. In the current study, a previously validated bespoke array comparative genomic hybridization (aCGH) technique was used to detect copy number changes in the RYR2 gene in a 43-year-old woman clinically diagnosed with CPVT.

Results. The CGH array detected a 1.1 kb deletion encompassing exon 3 of the RYR2 gene. This is the first report using the aCGH technique to screen for mutations causing CPVT.

Conclusions. The aCGH method offers significant advantages over MLPA in genetic screening for heritable cardiac disorders.