基于网络药理学和分子对接探讨姜黄、郁金药对治疗肝癌的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接方法探讨姜黄、郁金药对治疗肝癌的潜在靶点和作用机制。方法：通过公共数据库筛选姜黄、郁金药对的活性成分和作用靶点及肝癌的靶点,绘制药物活性成分的分子靶点和疾病靶点的交集,构建药对-疾病-有效成分-靶点的中药复方调控网络图及蛋白-蛋白互作网络图,进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析,通过分子对接对有效成分和关键靶点进行验证。基于TIMER数据库分析关键靶点与免疫细胞浸润的关系,通过GEPIA数据库分析关键靶点在肿瘤组织中的表达情况及对患者临床预后的影响。结果：最终筛选出姜黄、郁金药对有效成分6个,共同靶点70个,核心靶点柚皮素与MAPK3、CASP3、AKT1、CAT、ESR1和PTGS2有较强的亲和力。作用机制涉及多条通路,核心靶点与多个免疫细胞浸润丰度相关,其中MAPK3在肿瘤组织中的表达高于癌旁组织,ESR1则相反。生存曲线分析中MAPK3表达水平高者,预后相对较差;ESR1表达水平高者,预后相对较好。MAPK3为癌基因,ESR1为抑癌基因,对肝癌的临床预后具有潜在价值。结论：姜黄、郁金药对可通过诱导肿瘤细胞凋亡、抑制肿瘤血管生成、调节信号通路减少...     

基于网络药理学和分子对接探讨左金丸治疗肝癌的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接方法探讨左金丸治疗肝癌的作用机制.方法:从TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取左金丸的化合物及其相应靶点,检索GeneCards、OMIM和TTD 3个数据库获得肝癌的相关靶基因,取两者靶基因交集得到左金丸治疗肝癌的预测靶基因;运用Cytoscape 3.7.1软件构建左金丸-化合物-靶点-肝癌和PPI网络图;运用R软件对预测靶基因进行GO和KEGG富集分析;最后运用分子对接技术对关键化合物和靶点进行验证.结果:共获取左金丸35个化合物及173个相应靶点,左金丸与肝癌的共同靶点有103个.PPI结果表明AKT1、MAPK1、TP53、JUN和RELA可能为左金丸治疗肝癌的关键靶点.富集分析示左金丸可能通过乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、丙型肝炎、MAPK信号通路、肝癌等信号通路抗肝癌.分子对接结果示槲皮素和黄连素均能与AKT1和MAPK1稳定结合.结论:本研究初步揭示了左金丸通过多成分、多靶点、多通路治疗肝癌的作用机制,为后续左金丸治疗肝癌提供理论参考.     

基于网络药理学和分子对接法探讨虎杖干预类风湿关节炎作用机制

目的:探讨虎杖干预类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的分子作用机制。方法:通过TCMSP筛选虎杖的有效活性成分并预测相关靶点,通过GeneCards数据库预测RA相关靶点,将虎杖药效靶点与RA相关靶点取交集,得到虎杖干预RA的共同靶点,使用Cytoscape 3.7.2构建药物-活性成分-...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨药对赤芍-牡丹皮治疗银屑病的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术研究赤芍-牡丹皮药对治疗银屑病的作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索赤芍-牡丹皮的化学成分及其相关靶点,利用DisGeNET数据库检索银屑病相关靶点,通过Venny 2.1.0映射得到赤芍-牡丹皮治疗银屑病的交集靶点,利用STRING数据库及Cyt...     

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制.通过TCMSP平台获取血府逐瘀汤活性成分及对应靶点,借助GeneCards,DisGeNET,OMIM数据库获取心肌梗死相关靶点,对药物靶点和疾病靶点取交集,获取交集靶点.使用Cytoscape软件,构建“活性成分-靶点”网络图,利用STRING平台绘制PP...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨白芍-当归药对治疗帕金森病的作用机制

目的:采用网络药理学和分子对接技术的研究方法,探究白芍-当归药对治疗帕金森病(Parkinson's Disease,PD)的作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选白芍与当归的生物活性成分及潜在靶点;运用DisGeNET数据库收集PD的疾病靶点;利用在线韦恩图绘制平台Venny 2.1得到...     

基于网络药理学和分子对接探讨威灵仙-牛膝药对治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术，探讨威灵仙-牛膝药对有效活性成分、潜在靶点及其治疗类风湿关节炎（RA）的作用机制。方法 TCMSP数据库检索威灵仙-牛膝药对活性成分及作用靶点，GeneCards、DisGeNET数据库检索RA相关靶点，得出交集靶点，运用Cytoscape 3.7.1软件，构建“疾病-药物-有效成分-靶点”网络图，构建PPI网络并进行GO和KEGG分析，并运用Auto Dock软件进行分子对接。结果 得到威灵仙-牛膝药对有效活性成分19个，对应靶点94个，RA相关靶点5589个，交集靶点72个；主要作用靶标有CAS P3、TP 53、CCND1等；涉及PI3K-Akt、MAPK及p53通路等。结论 本研究以网络药理学和分子对接技术为基础，阐明了威灵仙-牛膝药对通过多成分、多靶点、多通路治疗RA的作用机制。     

基于网络药理学和分子对接探讨杜仲-牛膝药对治疗强直性脊柱炎机制

目的 运用网络药理学和分子对接探讨杜仲-牛膝药对治疗强直性脊柱炎(AS)的关键靶点和分子机制。方法 利用TCMSP数据库检索杜仲-牛膝药对的活性成分,预测其对应靶点;利用GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD、PharmGkb数据库检索AS疾病相关靶点,利用Uniprot数据库将预测靶点和疾病靶点名称标准化后筛选出交集靶点,利用Cytoscape3.9.1绘制并分析中药-成分-靶点-疾病网络图。将共同靶点导入STRING数据库获得蛋白质互作网络并利用CytoNCA筛选出核心靶点。将共同靶点导入富集分析库(Metascape)数据库进行GO、KEGG富集分析。利用Auto Dock Tools1.5.7软件进行分子对接。结果 杜仲-牛膝有效活性成分35个,预测对应靶点150个,疾病相关靶点1914个,主要活性成分为槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、汉黄芩素,核心靶点为白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素1β(IL-1β)、前列腺素内过氧化物合成酶2(PTGS2)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、C-X-C基序趋化因子配体8(CXCL8)。富集分析方面：...     

基于网络药理学和分子对接探讨鸡血藤治疗肺癌的分子作用机制

通过网络药理学和分子对接方法探讨鸡血藤治疗非小细胞肺癌的分子机制研究.以中药鸡血藤Spatholobi Caulis为对象,通过在中药药理学系统分析平台(TCMSP)数据库中获得鸡血藤中活性成分和相应潜在的药物靶点,利用GeneCards数据库收集癌症相关基因,借助Cytoscape软件构建鸡血藤活性成分-作用靶点-通...     

基于网络药理学与分子对接探讨风引汤治疗癫痫作用机制

目的：基于网络药理学与分子对接探讨风引汤治疗癫痫的潜在作用机制,并通过动物实验验证其预测靶点的可靠性。方法：结合文献,借助TCMSP、CTD 数据库,获取风引汤的活性成分及其相关分子靶点;通过GeneCards、DisGeNET、TTD 和OMIM 数据库检索癫痫相关的基因,运用Cytoscape3.7.0 软件构建风引汤治疗癫痫的蛋白相互作用网络和成分-靶点网络,筛选出风引汤治疗癫痫的关键靶点;利用R 软件将关键靶点进行GO 功能和KEGG 通路富集分析;通过分子对接进行半柔性对接反向验证并运用实时荧光定量PCR法对关键靶点进行验证。结果：筛选出风引汤治疗癫痫的活性成分134 个,与癫痫的共有靶点46 个,其中风引汤抗癫痫的关键靶点主要包括半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3（CASP3）、转录因子AP-1（JUN）、Myc 原癌基因蛋白（MYC）、前列腺素G/H 合成酶2（PTGS2） 和过氧化氢酶（CAT） 等,涉及信号通路有AGE-RAGE 信号通路、p53 信号通路、神经退行性信号通路等。实时荧光定量PCR 实验证明风引汤能降低癫痫大鼠海马中CASP3、JUN mRNA 表达（P＜0.05）,升高CAT mRNA 表达（P＜0.05）。结论：风引汤治疗癫痫主要作用靶点与CASP3、JUN、CAT 有关,其作用机制可能与AGE-RAGE、p53、神经退行性等信号通路相关。     

基于网络药理学和分子对接探讨逍遥散抗抑郁的作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接技术深入研究逍遥散抗抑郁的机制,为临床诊断与治疗提供理论上的依据。方法：首先使用TCMSP检索柴胡、当归、白芍、白术、茯苓、甘草、干姜、薄荷的主要活性成分,并筛选出口服生物利用度≥30%、类药性≥0.18的中药作用靶点,再使用GeneCards、Pharm Gkb、TTD、DrugBank等数据库系统筛选出抑郁症的有关靶点,并获取交集基因,将抑郁症的相关基因与逍遥散的有效活性成分进行交集,最后使用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape 3.8.0应用软件查找PPI网络系统核心,构建“中药-疾病-靶点”通路,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后运用Pymol软件对逍遥散的有效活性成分与抑郁症疾病靶点进行分子对接。结果：获得逍遥散有效活性成分161种;逍遥散抗抑郁靶点2588个,其中核心靶点6个;GO生物过程2247条,KEGG通路179条。分子对接结果显示,逍遥散中柚皮素、利可查尔酮、木犀草素、槲皮素均能较好地与抑郁症靶蛋白结合。结论：逍遥散抗抑郁的潜在药理学机制及其活性化合物...     

基于网络药理学和分子对接探讨续断治疗骨质疏松性骨折作用机制

目的：运用网络药理学及分子对接技术探讨续断治疗骨质疏松性骨折（OPF） 的作用机制。方 法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP） 筛选续断具有高活性的潜在有效成分,通过GeneCards 和OMIM 数据库筛选OPF 的相关靶标,运用Metascape 数据库对OPF 相关靶标进行映射,确定续断对OPF 的 可能靶标。利用Cytoscape 软件搭建续断治疗OPF 的药物-成分-疾病-靶点网络;通过STRING 平台构建蛋白 质互作网络;利用David 数据库提供的续断相关靶标进行基因本体论（GO） 和京都基因和基因组百科全 书（KEGG） 通路富集分析;最后通过分子对接验证核心靶点和续断活性成分的结合能力。结果：续断治疗 OPF 的主要活性成分主要有龙胆碱（Gentisin）、β-谷甾醇（β-sitosterol）、谷甾醇（Sitosterol）、（E,E）-3,5-二 邻咖啡酰奎宁酸（[ E,E）-3,5-Di-O-caffeoylquinic acid]和林生续断苷Ⅲ-qt（SylvestrosideⅢ-qt）等成分,其作用 于半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3（CASP3）、β2-肾上腺素受体基因（ADRB2）、Bcl-2 相关X 蛋白（BAX）、B 淋巴 细胞瘤-2 基因（BCL2）、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶8（CASP8）、雌激素受体2（ESR2）、半胱氨酸天冬氨酸蛋 白酶9（CASP9）、二肽基肽酶-4（DPP4）、糖原合成酶激酶3（GSK3β）、异常凝血酶原（F2） 等靶点。续断 能够通过参与转录调控和细胞凋亡执行阶段的半胱氨酸型内肽酶、G 蛋白偶联胺受体、缩氨酸酶活性等生物过 程,调控癌症通路、弓形体病、卡波西肉瘤相关的疱疹病毒感染、乙型肝炎、大肠癌、小细胞肺癌脂质与动脉 粥样硬化、雌激素信号通路来发挥治疗OPF 的作用。分子对接结果显示,续断的活性成分（E,E） -3,5-二邻 咖啡酰奎宁酸、龙胆碱、威岩仙皂苷A_qt、β-谷甾醇与CASP3、ADRB2、CASP8 有较好的亲和力。结论：续 断可通过直接作用骨代谢相关途径和参与调节上下游多个信号通路对OPF 进行治疗,CASP3 及癌症通路可能 是其治疗OPF 的关键靶点及通路。     

基于网络药理学和分子对接探讨“杜仲-牛膝”药对治疗骨质疏松的分子机制

目的:运用网络药理学和分子对接的方法探讨“杜仲-牛膝”药对治疗骨质疏松的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选杜仲、牛膝含有的活性成分及作用靶点;利用GeneCards、DisGeNET和CTD数据库收集骨质疏松（OP）相关靶点基因;采用Cytoscape 3.8.0软件和STRING数据库进行“药物-活性成分-靶点”网络和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络的构建与分析;FunRich3.1.3软件DAVID数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG） 富集分析（P<0.05）;运用Maestro version 11.5对主要活性成分及靶点蛋白进行分子对接。结果:获得“杜仲-牛膝”药对治疗OP的活性成分共42个和133个有效靶点;获得251条GO生物过程和90条相关信号通路,涉及PI3K-AKT、TNF、Wnt、HIF-1、MAPK信号通路等。结论:“杜仲-牛膝”药对可能通过调控细胞增殖、分化与凋亡、骨代谢来治疗OP,具有多成分、多靶点、多系统的特点,为系统阐明“杜仲-牛膝”药对主要成分治疗OP的分子机制提供了参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨柴胡-大黄药对防治胆石症的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术初步探讨柴胡-大黄药对治疗胆石症的有效物质基础及作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索柴胡、大黄的有效活性成分及潜在作用靶点;通过GeneCards、CTD、TTD数据库得出胆石症相关作用靶点.利用Cytoscape 3.7.2软件及STRING数据库构造...     

基于网络药理学和分子对接研究甘草-甘松药对防治心房颤动的作用机制

目的：利用网络药理学研究甘草-甘松治疗心房颤动的分子机制。方法：利用Perl、Cytoscape、Discovery Studio等软件系统,以及中药系统药理学数据库与分析平台、OMIM、TTD等数据库检测药物的活性成分、疾病和有效成分的靶点,利用软件进行整理、合并和富集等分析,利用Discovery Studio软件系统对活性成分与靶点蛋白进行分子连接,最后获得结合力较好的多条分子通路。结果：通过分析和筛选得出6种有效成分,包括槲皮素、山柰酚、柚皮素、隐丹参酮、金合欢素、异鼠李素,以及相关的核心靶点丝裂原活化蛋白激酶1(Mitogen-activated Protein Kinase 1,MAPK1)、V-jun肉瘤病毒17癌基因同源物[V-jun sarcoma virus 17 oncogene homolog (avian),JUN]、丝裂原活化蛋白激酶（Mitogen-activated Protein Kinase 14,MAPK14）、肿瘤蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、V-akt鼠科胸腺瘤病毒癌基因同源-1(V-akt Murine Thym...     

基于网络药理学和分子对接探讨银柴胡抗痛风作用机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究银柴胡抗痛风作用机制。方法 利用TCMSP、Swiss Target Prediction检索银柴胡作用靶点;利用DisGenet、Genecards数据库检索痛风疾病靶点并获取疾病与成分的交集基因。String数据库和Cytoscape构建关键蛋白互作网络图(PPI),随后应用DAVID数据库对关键靶点进行生物学信息分析,应用Autodock及pymol软件对核心靶点对应活性成分进行分子对接验证。结果 共筛选8个核心基因,分别为SRC、TNF、PPARA、ALB、NOS_2、PPARG等。这些靶点主要涉及癌症的通路、化学致癌-受体活化、脂质和动脉粥样硬化、PPAR等信号通路。结论 银柴胡可能通过银柴胡胺D、豆甾醇、菠菜甾醇等与PPAR等通路的多个靶点调节免疫反应和炎症反应发挥抗痛风作用。     

药对“虎杖-土茯苓”治疗痛风性关节炎的网络药理学研究

目的:采用网络药理学、分子对接技术预测药对"虎杖-土茯苓"治疗痛风性关节炎(gouty arthritis,GA)的潜在机理。方法:利用TCMSP平台检索收集药对化学成分、对应靶点;借助五大疾病数据库获取GA已知靶点;利用Venny 2.1.0得到药对与GA两者间的交集靶点;运用SRTING数据库、CytoHubba插件构建交集靶点PPI网络;采用DAVID平台对交集靶点进行GO、KEGG通路富集分析;最后将筛选出的核心成分、关键靶点进行分子对接。结果:共获得23个化学成分,199个靶点,其中治疗GA的潜在靶点有76个。预测得知核心成分为槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇,关键靶点为JUN、TNF、RELA、IL6。GO功能富集分析显示,药对治疗GA的生物功能共287个(生物过程172个、细胞组分42个、分子功能73个);KEGG通路富集共筛选出信号通路共122条。分子对接结果显示,槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇与JUN、TNF有良好的结合活力。结论:药对"虎杖-土茯苓"通过槲皮素、木犀草素等成分,作用于JUN、TNF等靶点,在癌症通路、TNF信号通路等通路的参与下,发挥了抗炎、抗凋亡等治疗GA的作用。     

基于网络药理学和分子对接研究华蟾素治疗胃癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接研究华蟾素治疗胃癌的作用机制。方法 通过药物靶点预测网站获得华蟾素成分靶点,疾病数据库获取胃癌疾病基因,将两者共同靶点进行GO功能富集分析及KEGG通路分析,Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络和药物-靶点-疾病相互作用网络。通过Kaplan-Meier分析关键靶点与胃癌预后的相关性,分子对接分析华蟾素成分与关键靶点的结合情况,最后筛选出核心靶点,并通过TCGA、GEO数据库进行单因素、多因素Cox回归分析以验证其与胃癌预后的关系。结果 华蟾素治疗胃癌涉及70个靶点、1 399个生物学过程、75个分子功能、145条信号通路,通过药物-靶点-疾病相互作用网络筛选出关键化合物5个、关键靶点10个,其中与胃癌预后相关的有7个。华蟾素主要成分与胃癌关键靶点间有较好的结合活性,核心靶点为EGFR、MAPK3、ALB,与胃癌预后密切相关。结论 华蟾素治疗胃癌的关键成分为华蟾毒它灵、蟾毒它灵、华蟾酥毒基、蟾蜍色胺C、蟾毒灵,它们可能通过多靶点、多途径来发挥作用。     

基于分子对接和网络药理学研究人参治疗冠心病的作用机制

目的 基于分子对接和网络药理学探讨人参治疗冠心病的作用机制.方法 借助中药系统药理学技术平台(TCMSP),以化合物口服药物生物利用度(oralbioavail-ability,OB)和类药性(drug-likeness,DL)为标准,筛选出人参的化合物以及治疗冠心病的作用靶点.通过String平台构建人参的靶点蛋白相...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芩苷治疗高血压作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探讨黄芩苷治疗高血压的作用机制。方法 运用TCMIP、Swiss和Pharmmapper数据库获取黄芩苷作用靶点;通过GeneCards数据库和DisGeNET数据库获取高血压疾病靶点;黄芩苷作用靶点与高血压疾病靶点相映射得到二者交集靶点,将交集靶点导入STRING数据库中,获取交集靶点网络数据,将数据导入Cytoscape 3.8.2软件绘制作用靶点PPI网络图,并根据度值大小筛选出核心靶点;借助DAVID数据库对交集靶点进行GO和KEGG富集分析;利用Vina 1.1.2软件进行黄芩苷与度值从大到小排名前5位的核心靶点的分子对接。结果 共获取黄芩苷作用靶点415个、高血压疾病靶点4 352个,经过靶点映射获取黄芩苷治疗高血压的作用靶点237个,进一步筛选出核心靶点60个;GO富集分析涉及信号转导、凋亡过程负调控等476个生物学过程,质膜、线粒体等61种细胞组分,蛋白质结合、蛋白激酶活性等128个分子功能;KEGG富集分析涉及PI3K/Akt信号通路、MAPK信号通路等141条信号通路;分子对接结果显示黄芩苷与核心靶点表现出良好的亲和力,进一步验证了...