紫杉醇抗胆管癌细胞差异表达蛋白的分离、质谱鉴定及生物信息学分析

目的:筛选紫杉醇诱导胆管癌细胞凋亡的相关蛋白并鉴定差异表达的蛋白点以寻找抗胆管癌药物作用的新靶点,筛选胆管癌新的肿瘤标志物,为胆管癌的早期诊断、疗效观察提供基础理论依据.方法:应用比较蛋白质组学技术对紫杉醇诱导凋亡的胆管癌QBC939细胞进行蛋白分离和蛋白表达谱差异分析,筛选并鉴定其相关蛋白并测定其胶内酶解后的肽指纹图谱.结果:本研究发现对照组和实验组蛋白点匹配率分别为(90.1±0.14)%和(87.1±0.22)%(P＜0.05),匹配后在干预组中共发现68个差异表达蛋白点,其中47个表达下调和21个上调;共获得28张PMF,初步质谱鉴定发现11个与凋亡相关的差异表达蛋白,其中6种蛋白表达上调,5种蛋白表达下调.结论:应用蛋白质组学技术分析所获得的68个差异蛋白质点可能在QBC939细胞发生凋亡过程中发挥重要作用;被鉴定出的11个与细胞凋亡相关的差异蛋白点提示紫杉醇是通过多个重要蛋白,发挥其诱导细胞凋亡的抗癌作用机制的.     

幽门螺杆菌处理前后HepG2细胞蛋白质双向电泳图谱的差异分析

目的：利用蛋白质组学方法，识别并鉴定幽门螺杆菌（Helicobacter pylori，H．pylori）处理HepG2细胞后差异表达的蛋白质，为进一步探讨幽门螺杆菌对肝细胞的病理作用机制奠定基础。方法：运用固相pH梯度双向凝胶电泳技术分离H．pylori处理前后HepG2细胞的总蛋白质，用图象分析软件比较分析，以识别差异表达的蛋白质；应用质谱仪（mass spectrometry）得到相应的肽质指纹图谱（peptide mass fingerprint，PMF），然后搜索数据库鉴定差异蛋白质。结果：鉴定出12种差异表达蛋白质．这些蛋白质包括整合素β-1、蛋白激酶C—α、PINCH蛋白、Ras相关蛋白Rab-37、LIM同源盒蛋白Lhx1、HLAⅠ类抗原、血管抑制素和金属蛋白酶抑制因子2等。这些差异蛋白质涉及基因表达调控、细胞免疫、细胞生长和信号传导等众多关键事件。结论：H．pylori处理前后HepG2的蛋白质组具有差异，这些差异表达的蛋白质可能参与了H．pylori对肝细胞的病理作用过程，这种蛋白质组的差异分析有助于进一步研究H.pylori与人类肝脏疾病的关系。     

小细胞肺癌细胞系NCI-H446蛋白质表达谱的建立

背景与目的:小细胞肺癌(smallcelllungcancer,SCLC)是一种侵袭性极强的恶性肿瘤,具有增长迅速、早期转移等特点。目前公开的数据库中尚未见到小细胞肺癌的双向电泳参考图谱及其蛋白表达谱。本研究目的是建立高分辨率的小细胞肺癌细胞系NCI-H446细胞双向凝胶电泳图谱,并初步分析其蛋白质表达情况。方法:用固相pH梯度双向凝胶电泳技术(IPG-DALT)分离NCI-H446细胞总蛋白,凝胶银染显色,ImageMaster2D图像分析系统分析,从凝胶中选取分离较好的蛋白质点,应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术和数据库搜索鉴定蛋白质。结果:获得了背景清晰、分辨率和重复性较好的双向凝胶电泳图谱,三块胶平均蛋白质点数为1506±74,匹配点数为1412±56,匹配率达93.4%,三块胶蛋白质点在位置上有较好的重复性,不同胶间蛋白质点在IEF方向偏差是(0.96±0.27)mm,在SDS-PAGE方向偏差是(1.24±0.41)mm。胶内酶解-肽质指纹图分析鉴定了58个蛋白质,其中有原癌蛋白、细胞周期调控和信号转导相关蛋白质。结论:建立了小细胞肺癌细胞系NCI-H446双向电泳参考图谱,并应用质谱技术鉴定了部分蛋白质点,为进一步构建其蛋白质表达数据库提供了基础。     

卵巢癌血清差异表达蛋白分析

目的:探讨卵巢癌血清差异表达蛋白对提高卵巢癌的诊断的意义.方法:采用弱阳离子(WCX)磁珠纯化试剂盒和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术,对41例晚期卵巢癌(FIGOⅢ、Ⅵ期)、40例良性卵巢肿瘤患者及40例健康人群对照血清标本进行检测,筛选出卵巢癌患者与对照组血清中的差异表达质谱峰,并建立诊断模型;再用此模型对8例早期卵巢癌(FIGOⅠ、Ⅱ期)进行测试,检测其用于早期卵巢癌诊断的可行性.结果:在Mr 1 000-12 000区段,发现卵巢癌与对照组间差异表达蛋白峰8个(P＜0.01或P＜0.05),其中低表达的4个,Mr分别为1457,1857,2202,7761,高表达的4个,Mr分别为:2946,5333,5859,5901.用它们建立成卵巢癌的诊断模型,对8例早期卵巢癌患者进行预测,7例预测准确,准确率为87.5%.结论:MALDI-TOF-MS结合磁珠技术能直接检测出晚期卵巢癌患者血清差异表达蛋白,并且适用于早期卵巢癌患者的诊断,对提高卵巢癌诊断的敏感性和特异性具有一定的临床意义.     

人Ⅰ期肺腺癌及癌旁组织蛋白质双向电泳图谱的差异分析

目的筛选并鉴定存在明显表达差异的蛋白质,为人肺腺癌发病机制及其早期诊断的研究提供理论依据。方法采用固相pH梯度双向凝胶电泳技术分离12例Ⅰ期肺腺癌及其相配的癌旁正常肺组织可溶性总蛋白,建立人Ⅰ期肺腺癌及相配癌旁正常肺组织蛋白质的双向电泳凝胶图谱;PDQuest凝胶图像分析软件比较分析,筛选出差异表达的蛋白质点;基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱获得相应蛋白质点的肽质量指纹图谱;搜索蛋白质数据库鉴定差异表达的蛋白质。结果建立了重复性较好的人Ⅰ期肺腺癌及相配癌旁正常肺组织蛋白质的双向电泳凝胶图谱;筛选出存在明显表达差异的蛋白质点26个,挖取其中的9个蛋白质点进行质谱分析,9个蛋白质点均得到了满意的肽质量指纹图谱;搜索蛋白质数据库鉴定出4种蛋白质,分别是:60S核糖体蛋白P2、组织蛋白酶B1、载脂蛋白A-I前体和La4.1蛋白。结论成功建立了人Ⅰ期肺腺癌及相配癌旁正常肺组织蛋白质的双向电泳凝胶图谱,鉴定出4种在肺腺癌发生早期出现明显表达变化的蛋白质,为进一步探索人肺腺癌的发病机制及寻找特异性的早期分子标志物提供了理论依据。     

幽门螺杆菌处理前后HepG2细胞蛋白质双向电泳图谱的差异分析

目的:利用蛋白质组学方法,识别并鉴定幽门螺杆菌(Helicobacterpylori,H.pylori)处理HepG2细胞后差异表达的蛋白质,为进一步探讨幽门螺杆菌对肝细胞的病理作用机制奠定基础。方法:运用固相pH梯度双向凝胶电泳技术分离H.pylori处理前后HepG2细胞的总蛋白质,用图象分析软件比较分析,以识别差异表达的蛋白质;应用质谱仪(massspectrometry)得到相应的肽质指纹图谱(peptidemassfingerprint,PMF),然后搜索数据库鉴定差异蛋白质。结果:鉴定出12种差异表达蛋白质,这些蛋白质包括整合素β1、蛋白激酶Cα、PINCH蛋白、Ras相关蛋白Rab37、LIM同源盒蛋白Lhx1、HLAⅠ类抗原、血管抑制素和金属蛋白酶抑制因子2等。这些差异蛋白质涉及基因表达调控、细胞免疫、细胞生长和信号传导等众多关键事件。结论:H.pylori处理前后HepG2的蛋白质组具有差异,这些差异表达的蛋白质可能参与了H.pylori对肝细胞的病理作用过程,这种蛋白质组的差异分析有助于进一步研究H.pylori与人类肝脏疾病的关系。     

肺腺癌血清肿瘤标志物的筛选与鉴定

目的：应用蛋白质组学方法筛选肺腺癌患者血清中的肿瘤标志物。方法收集8例肺腺癌患者及8例正常人血清,剔除血清中白蛋白干扰后,得到血清可溶性总蛋白并采用双向电泳方法分离,获得血清蛋白质的双向电泳图谱,经PDQuest7.1凝胶图像软件分析找出表达差异的蛋白点,经基质辅助电离解析飞行时间质谱检测获得待测蛋白的肽质量指纹图谱,通过搜寻蛋白质数据库鉴定出肺腺癌血清中候选的肿瘤相关蛋白。结果建立了肺腺癌患者及正常人血清蛋白质表达谱。经软件匹配分析,共筛选出24个差异的蛋白点,从中选出差异显著的7个蛋白点进行质谱分析,经数据库查询分析,成功的鉴定出5种蛋白质：凝聚素、触珠蛋白、血清淀粉样蛋白A、血清白蛋白A链、纤维胶凝蛋白3。结论本研究建立了人肺腺癌患者及正常人血清的双向电泳图谱;鉴定出了若干肺癌相关蛋白质,为进一步寻找肺癌蛋白标志物奠定了基础。     

应用磁珠联合质谱技术建立结直肠癌血清差异蛋白诊断模型

目的 应用磁珠联合质谱技术筛选结直肠癌Ⅰ、Ⅱ期患者差异蛋白质,建立其血清学筛查方法。方法 收集血清样本156例（其中结直肠癌80例,健康志愿者76例）,随机分为建模组和验证组。采用弱阳离子磁珠分离血清小分子蛋白,基质辅助激光解吸离子飞行时间质谱仪建立结直肠癌及健康志愿者血清蛋白谱,Clinprot Tools 2.2软件对建模组血清蛋白谱进行定量分析,建立结直肠癌判别模型,以所获取的判别模型判别验证组样本,评价判别模型的诊断价值。应用ELISA法检测验证组癌胚抗原。结果 对比分析建模组结直肠癌及健康志愿者血清蛋白谱,发现共有44个差异蛋白峰（P<0.05）,其中在结直肠癌中高表达35个,低表达9个,利用其中3个差异峰（质荷比分别为1330.95、2883.96、9294.14）建立诊断模型,交叉验证的准确性为94.87%（74/78）,经独立样本双盲验证,其敏感度为87.50%（35/40）,特异性为89.47%（34/38）,高于CEA。结论 应用磁珠分离和质谱技术建立的诊断模型具有较高的准确性,对提高结直肠癌的筛查具有一定的临床意义。     

卵巢癌血清差异表达蛋白分析

目的：探讨卵巢癌血清差异表达蛋白对提高卵巢癌的诊断的意义。方法：采用弱阳离子（WCX）磁珠纯化试剂盒和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI—TOF—MS）技术,对41例晚期卵巢癌（FIGOⅢ、Ⅵ期）、40例良胜卵巢肿瘤患者及40例健康人群对照血清标本进行检测,筛选出卵巢癌患者与对照组血清中的差异表达质谱峰,并建立诊断模型;再用此模型对8例早期卵巢癌（FIGOI、Ⅱ期）进行测试,检测其用于早期卵巢癌诊断的可行性。结果：在Mr1000—12000区段,发现卵巢癌与对照组间差异表达蛋白峰8个（P〈0．01或P〈0．05）,其中低表达的4个,Mr分别为1457,1857,2202,7761,高表达的4个,Mr分别为：2946,5333,5859,5901。用它们建立成卵巢癌的诊断模型,对8例早期卵巢癌患者进行预测,7例预测准确,准确率为87．5％。结论：MALDI—TOF—MS结合磁珠技术能直接检测出晚期卵巢癌患者血清差异表达蛋白,并且适用于早期卵巢癌患者的诊断,对提高卵巢癌诊断的敏感性和特异性具有一定的临床意义。     

早期胃癌及癌前病变的血清蛋白质谱检测和分析

[目的]在血清中寻找早期胃癌及癌前病变相关的标志物,初步探讨其临床意义。[方法]收集浙江省肿瘤医院经病理证实的血清标本279例,其中早期胃癌100例,胃上皮内瘤变38例,萎缩性胃炎41例及正常对照100例。采用弱阳离子交换纳米磁珠（WCX）和表面增强激光解吸电离飞行时间质谱（SELDI-TOF-MS）技术检测获得血清多肽谱,用CiphergenProteinChip3.2.1和Biomarker Wizard软件进行分析,筛选差异峰后,采用SPSS13.0软件ROC曲线进一步评价其敏感度和特异性。[结果]与正常人群比较,早期胃癌组质荷比（m/z）为2745、3400的蛋白峰低表达,诊断敏感度分别为67.92%、66.83%,特异性分别为90.89%、81.02%;胃上皮内瘤变组m/z为2745的蛋白峰低表达,诊断敏感度和特异性分别是77.79%、82.27%;萎缩性胃炎组m/z为4800的蛋白峰低表达,诊断敏感度和特异性分别是58.52%、89.68%。[结论]m/z为2745、3400、4800的差异峰具有诊断早期胃癌及癌前病变的潜力。     

人Ⅰ期肺腺癌及癌旁组织蛋白质双向电泳图谱的差异分析

Objective: The aim of this study was to establish reproducible two-dimensional electrophoretic assay used for profiling and identification of differentially expressed proteins in human stage I lung adenocarcinoma and paired normal tu- mor-adjacent tissue. Methods: The proteins from 12 human stage I lung adenocarcinoma tissues and normal tumor-adjacent tissues were separated using isoelectric focusing electrophoresis (the first dimension) and the subsequent homogeneous SDS-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) (the second dimension). The differentially expressed proteins were determined with PDQuest image analysis software, and identified using matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF-MS) and database searching. Results: The well-reproducible 2-DE gel patterns of human stage I lung adenocarcinoma and normal tumor-adjacent tissues were profiled and 26 differentially expressed proteins uncovered. Nine of these 26 protein spots were cut out from the preparation gels and determined with MALDI-TOF-MS. Searching against the protein database, four candidate proteins were identified. They were 60S acidic ribosomal protein P2, Cathepsin B1, Apolipoprotein A-I precursor, and La 4.1 protein. Conclusion: In this study, high reproducible 2-DE gel protein images of human stage I lung adenocarcinoma and paired normal tumor-adjacent tissues were achieved successfully, and 4 differentially expressed proteins were revealed. These data will be helpful for screen of early biomarker and study of molecular mechanisms of human lung adenocarcinoma.     

Modified expression of cytoplasmic isocitrate dehydrogenase electrophoretic isoforms in seminal plasma of men with sertoli-cell-only syndrome and seminoma

Two isoforms of human cytoplasmic isocitrate dehydrogenase (IDPc) of close molecular weights and different isoelectric points were identified in human seminal plasma (SP) by two-dimensional gel electrophoresis (2-DE) followed by mass spectrometry (MS). These two isoforms were detected in the normospermic men SP and their expressions were markedly altered in patients with testicular seminoma, the most frequent testicular germ cell cancer (TGCC): increase of the more acidic spot and decrease of the more basic one. Since oligospermia has been considered as a high risk pathological condition for developing a testicular cancer, the two IDPc isoforms were analyzed in SP of a group of secretory azoospermic patients. In this group the two spots displayed similar variations of expression to those observed in testicular seminoma. These results propose IDPc as a promising SP biomarker of testicular seminoma. Whether IDPc alteration in secretory azoospermia is predictive of testicular seminoma remains to be elucidated.     

Biomarkers of chemotherapy resistance in breast cancer identified by proteomics: Current status

This review describes and discusses the advantages and limitations of proteomic approaches in the identification of biomarkers associated with chemotherapy resistance. Both gel-based (two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis) and gel-free (shotgun and quantitative) mass spectrometry approaches are discussed. Non-mass spectrometry approaches including antibody microarray platforms are described as complementary proteomic strategies. Methods for technical confirmation and clinical validation of putative biomarkers are presented. Use of this proteomic toolbox in the quest for biomarkers of chemotherapy resistance in breast cancer is reviewed. Technical aspects of sample selection, acquisition, storage and analysis are discussed and putative biomarkers identified through proteomic approaches are presented.