基于网络药理学的宣白清肺解毒汤治疗新型冠状病毒肺炎作用机制研究与初证

目的： 基于网络药理学的方法探讨宣白清肺解毒汤治疗新型冠状病毒肺炎（COVID 19）的药效作用机制。方法： 利用TCMSP数据库查询13 味中药活性化合物及对应的靶标信息,通过Uniprot数据库得到关键靶点的基因名,采用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物疾病靶点网络图,利用GeneCards数据库检索与COVID 19相关的基因,采用Venny平台筛选与COVID-19交集靶标,利用STRING数据库构建化合物靶点PPI网络图,通过DAVID数据库对靶点相关通路进行GO和KEGG富集分析,使用R软件对富集结果进行生物功能的可视化分析。结果： 宣白清肺解毒汤共筛选出活性化学成分122种,靶标638个,筛选核心靶标35个;通过GO富集分析,获得P<0.01的生物学过程共138个,包括缺乏配体的外源性凋亡信号通路、药物反应、脂多糖介导信号通路等;KEGG富集分析共得到（P<0.01）的通路有35个,共8类,其中与疾病相关的条目有结核病、乙型肝炎、美洲锥虫病等;相关的通路有癌症通路、PI3K-Akt信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等条目。分子对接结果显示所含活性化合物与COVID-19相关靶标（ACE2）的结合能均小于-5 kJ/mol,结合活性较高。结论： 该研究揭示了宣白清肺解毒汤治疗COVID 19潜在的活性化学成分及可能的药效作用机制。     

基于网络药理学和分子对接技术的理中汤治疗腹泻型肠易激综合征的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探讨理中汤治疗腹泻型肠易激综合征（IBS-D）的潜在分子机制。方法 通过TCMSP数据库获取理中汤主要化学成分及其作用靶标,从GeneCards数据库获取IBS-D疾病靶标,采用R软件处理疾病症与理中汤有效成分靶标,绘制韦恩图。通过Cytoscape 3.7.1软件联合STRING数据库构建蛋白互作（PPI）网络,对交集靶标进行GO和KEGG富集分析,使用Vina软件对核心靶标及有效成分进用分子对接验证。结果 筛选得出药物疾病共同靶点155个,通过PPI网络的拓扑分析出度值前五的靶蛋白c-Jun氨基末端激酶（JUN）、信号传导及转录激活蛋白3(STAT3)、雌激素受体1(ESR1)、蛋白激酶1(AKT1)和白细胞介素（IL）-1β;GO和KEGG通路富集分析表明,理中汤可能作用于IL-17、癌症相关、糖尿病并发症中AGE-RAGE、动脉粥样硬化、TNF等相关信号通路,可通过减少病理损伤、炎症和氧化应激反应,从而减轻IBS-D。分子对接显示,活性化合物与筛选出的靶标之间具有良好的结合能力。结论 理中汤通过多成分、多靶点、多途径的相互作用,以及调节炎症反应...     

基于锦灯笼对白血病作用机制的网络药理学和分子对接技术的生物信息学分析

目的 基于网络药理学探讨锦灯笼（PCF）在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库（PDB）和小分子药物靶点预测在线平台（Swiss Target Prediction）网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具（STRING）数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作（PPI）网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库（DAVID）对交集基因进行基因本体（GO）生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 （TNF）和T细胞受体 （TCR） 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 （AKT1）、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 （Caspase-3） 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<－6.0 kcal·mol^－1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。     

六味地黄丸治疗糖尿病视网膜病变网络药理学与分子对接分析

目的 基于网络药理学研究六味地黄丸治疗糖尿病视网膜病变(diabetic retinopathy,DR)的潜在机制并利用分子对接进行验证。方法 通过TCMSP数据库平台筛选六味地黄丸的有效成分以及相关靶点,通过疾病数据库(GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD数据库)获取DR相关靶标并预测六味地黄丸治疗DR的潜在靶点。通过STRING网站和Cytoscape3.7.2软件绘制“复方活性成分-交集靶点”网络结构,同时建立PPI网络模型并找到关键靶点。对六味地黄丸治疗DR的靶标进行基因本体(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后采用AutoDock软件实现分子对接。结果 (1)获得六味地黄丸活性成分69个,有效成分靶点蛋白203个,DR相关基因3326个,交集靶点121个,核心靶标13个。(2)与DR治疗相关的生物学进程(biological process,BP)包括对脂多糖、氧化应激、化学应激的反应等,KEGG富集分析提示关键的通路涵盖AGE-RAGE、PI3K-Akt、HIF-1信号通路等。(3)分子对接显示槲皮素、薯蓣皂苷、山柰酚、β...     

温补脾肾经验方治疗视神经脊髓炎谱系疾病作用机制的网络药理学分析

目的：通过网络药理学分析和动物实验探讨温补脾肾经验方（TSKEP）治疗视神经脊髓炎谱系疾病（NMOSD）的潜在作用靶点和信号通路,为治疗NMOSD提供理论依据。方法：采用中药系统药理学数据库及分析平台（TCMSP）筛选TSKEP的化合物和靶点,通过GendCard等数据库确定NMOSD的相关靶点基因;构建化合物-靶点网络确定核心化合物;利用STRING数据库和Cytoscape 3.6. 0软件中的Network Analyzer插件获得蛋白-蛋白互作（PPI）网络的拓扑参数并识别核心靶点;利用OmicShare平台对核心靶点进行基因本体论（GO）功能注释分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析并构建靶点-通路网络,以识别关键的生物过程和信号通路;基于AutoDock软件对核心化合物和核心靶点进行分子对接。18只小鼠分为对照组、NMOSD组和TSKEP组,每组6只,HE染色观察3组小鼠大脑组织病理形态表现,采用酶联免疫吸附试验（ELISA）法检测小鼠血清中相关细胞因子水平。结果：动物实验,TSKEP组小鼠神经功能缺损评分与NMOSD组比较明显降低（P<0.01）,同...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨五皮饮治疗荨麻疹的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究五皮饮治疗荨麻疹的作用机制。方法 首先利用BATMAN-TCM数据库检索五皮饮有效活性成分。利用OMIM、Drug Bank、PharmGkb、GeneCards、KEGG、DisGeNET、CTD 7个数据库检索关于荨麻疹疾病的相关靶点。其次在Cytoscape 3.7.0软件中构建中药-活性成分-作用靶点网络和中药-活性成分-作用靶点-疾病网络,并基于STRING数据构建五皮饮治疗荨麻疹靶点高置信度互作网络;同时根据拓扑分析参数筛选出治疗荨麻疹的核心靶点。随后基于Metascape数据库对交集靶点基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。最后使用AutoDock软件对关键药物成分与核心靶点进行分子对接。结果 共检索中药复方五皮饮药物有效成分21种,靶点基因738个,检索荨麻疹疾病靶点共730个,共交集117个靶点基因,筛选后得到11个核心靶点基因。GO富集分析显示,五皮饮主要参与细胞凋亡和增殖、炎性反应、对细胞外刺激反应等生物过程;KEGG富集分析结果显示,中药复方五皮饮与磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/丝氨酸（Akt）和丝裂原活化蛋白激酶...     

独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎的网络药理学机制及实验验证

【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎（KOA）的作用机制，并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分，筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点，运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析；运用STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络，通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集；运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...     

基于网络药理学及分子对接的黄芪散治疗2型糖尿病机制探讨

【目的】运用网络药理学及分子对接探讨黄芪散治疗2型糖尿病（T2DM）的作用机制。【方法】通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）查找黄芪散组方中黄芪、葛根、桑白皮的活性成分和作用靶点,通过GeneCards和OMIM数据库查询与T2DM相关的疾病靶点,通过UniProt数据库查询成分和疾病靶点对应的基因名,利用Cytoscape 3.6.1软件构建黄芪散活性成分-靶点网络、蛋白相互作用（PPI）网络,并通过Merge功能构建疾病-成分-靶点网络,筛选出黄芪散治疗T2DM的核心靶点,最后通过DAVID数据库对核心靶点蛋白进行基因本体论（GO）生物过程分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其作用机制,并绘制GO和KEGG气泡图进行数据可视化。【结果】研究得到包括槲皮素、山柰酚、刺芒柄花素等在内的38个活性成分和ESR1、JUN、PTGS2、AKT1和MAPK1等75个关键靶点。GO功能富集分析得到113个GO条目（P<0.05）,主要包括蛋白酪氨酸激酶活性、生长因子活性和核受体活性等生物过程,KEGG富集得到157条信号通路（P<0.05）,主要涉及晚期糖...     

基于网络药理学研究补肾安坤汤治疗早发性卵巢功能不全的作用机制

目的 基于网络药理学研究补肾安坤汤治疗早发性卵巢功能不全（POI）的作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）,得到药物的有效成分和相关作用靶点;依据Uniprot数据库,找到作用靶点的标准名称;基于Cytoscape软件,得到中药成分-靶点网络图;根据Genecards和OMIM,获得疾病靶点基因;依靠STRING数据库和Cytoscape软件,取得与本病相关的核心靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络;依靠DAVID数据库、Cluego软件,进行GO富集分析和KEGG富集分析,利用PubChem数据库、Uniprot数据库、AutoDock Tools软件、DS ViewerPro软件,对主要成分与关键靶点进行分子对接。结果 根据筛选条件得到补肾安坤汤150个有效成分和1088个成分作用靶点;检索POI靶点基因2718个,并获得补肾安坤汤药物与疾病共同靶点166个;分子对接结果显示,筛选出的主要化合物与其对应靶蛋白均具有较好的结合活性。GO功能富集分析显示主要涉及细胞表面等;KEGG通路富集分析,共富集出228条通路。结论 补肾安坤汤治疗POI的作用机制,体现了中药多...     

通过综合网络信息方法深入了解EPA治疗ANCA相关血管炎的分子机制

目的 通过网络药理学和分子对接的研究方法预测二十碳五烯酸(EPA)辅助治疗ANCA相关性血管炎(AAV)的分子作用机制。方法 通过PubChem获取EPA的三维结构和相应的结构式,在STITCH、Swiss Target Prediction、Pharmmapper和CTD数据库获取药效团预测靶点,并将获取药效团预测靶点并与GeneCards、OMIM和Disgenet数据库获取的AAV疾病靶点做交集,得到关键靶点,运用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络;对有效靶点进行GO分析及KEGG相关通路的富集分析;通过Autodock对成分靶点进行分子对接验证。结果 获得116个EPA治疗AAV潜在作用靶点,关键靶点包括TNF,IL6,ALB,TP53,IL1β,MAPK3,CASP3,PTGS2,PPARG,CCL2等。GO富集分析有1503个GO术语(P<0.05),KEGG中有1503个信号通路(P<0.05)主要富集在癌症、脂质和动脉硬化、TNF信号传导途径、神经变性的途径——多种疾病和IL-17信号传导途径等多个信号通路。分子对接结果发现EPA与免...     

基于网络药理学和分子对接技术探究大黄素抗骨质疏松的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探究大黄素治疗骨质疏松的作用机制。方法 利用Pubchem数据库获取大黄素的化学代表结构,借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库检索获得大黄素的分子靶点,利用DisGenNet数据库获取骨质疏松的治疗相关靶点,利用Venny 2.1.0网站构建维恩图筛选大黄素潜在靶点与骨质疏松共有靶点,导入Cytoscape3.2.1软件构建“大黄素-靶点”网络图,采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析,通过文献分析大黄素治疗骨质疏松的作用机制,筛选结合能较低的靶标蛋白。结果 通过TCMSP数据库共检索到31个大黄素靶点,此外从DisGenNet中获得1084个骨质疏松作用靶点,其中共有靶点14个,采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO分析与KEGG功能富集分析,大黄素可能通过调节IL-17信号通路、MAPK信号通路、肿瘤坏死因子信号通路和PPAR信号通路治疗骨质疏松。结论 大黄素能通过多途径、多靶点发挥抗骨质疏松的作用,并可能通过HSP90AA1、SLC2A1、PPARG和MYC等...     

黄芪四君子汤治疗乳腺癌癌因性疲乏的疗效及机制：基于94例临床随机对照试验和网络药理学

目的 探讨黄芪四君子汤治疗乳腺癌化疗后致脾胃气虚型癌因性疲乏（CRF）患者的临床疗效及作用机制。方法 94例脾胃气虚型癌因性疲乏的乳腺癌化疗患者随机分为化疗组47例和中药+化疗组47例。化疗组常规行多柔比星+环磷酰胺或表柔比星+环磷酰胺（AC/EC）方案化疗及心理疏导等非药物性干预,中药+化疗组是在化疗组基础上加用黄芪四君子汤口服治疗,21 d 为1个疗程,观察服药1个疗程后疲乏情况（Piper疲乏修订量）。依托中药系统药理学分析平台（TCMSP）、GeneCards、NCBI基因以及OMIM数据库检索得到黄芪四君子汤的活性成分和靶点蛋白以及CRF、乳腺癌相关疾病靶点,构建蛋白互作（PPI）网络,并对靶标进行基因本体（GO）功能富集分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,运用AutoDock软件预测主要药物化合物与CRF关键靶点的结合度。结果 中药+化疗组对CRF患者的躯体疲乏、情感疲乏、认知疲乏3个维度评分及疲乏总评分情况明显好于化疗组（P<0.001）;本研究共筛得黄芪四君汤250个靶标、癌因疲乏相关基因2653个、乳腺癌相关基因15 329个,方药与疾病交集靶标161个,构建PPI网络,拓扑分析筛得最可能的关键靶点66个,GO及KEGG富集分析预测出与疾病相关的多条作用通路;分子对接研究提示黄芪四君子汤的核心成分均与AKT1、CASP3、IL6、JUN、VEGFA关键靶点有较好的亲和力, 且AKT1可能是黄芪四君子汤治疗癌因性疲乏的最重要核心靶点。结论 黄芪四君子汤可明显改善乳腺癌癌因性疲乏,其作用机制可能主要通过AKT1调控 PI3K-Akt等信号通路相关基因的表达,进而发挥抗CRF的药理效应。     

基于网络药理学和分子对接探讨独活续断汤治疗腰椎间盘突出症作用机制

目的 从网络药理学和分子对接角度探讨独活续断汤治疗腰椎间盘突出症（lumbar disc herniation,LDH）的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索获得候选中药成分,并借助SwissTargetPrediction、TargetNet、CTD、GeneCards、DisGeNET等数据库对药物成分靶点和腰椎间盘突出症靶标进行检索筛选,将药物成分靶点与疾病靶标取交集,通过CytoScape 3.8.0软件进行可视化构建“中药-有效成分-治疗靶点”网络,借助STRING 11.0数据库构建PPI蛋白互作网络,并进行拓扑分析,筛选出网络中发挥重要作用的蛋白质。将潜在治疗靶点导入RStudio软件并利用clusterProfiler包对核心靶点进行基因本体（GO）富集分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用AutoDock Vina(Vina)平台分子对接,对活性化合物和关键靶点相结合的活性进行验证。结果通过筛选共获得116个潜在治疗靶点。独活续断汤中槲皮素、山柰酚、β谷甾醇等成分对AKT1、IL6、STAT3、TP53、MAPK1、VEGFA等相关...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索解毒活血汤中除生地黄外9味中药的活性成分及靶点,查阅文献筛选生地黄的活性成分,使用GeneCards数据库获取COVID-19的靶点,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络,通过R软件的ClusterProfiler包对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及关键靶点与显著化合物进行分子对接。结果 解毒活血汤包含了10味中药、153个化合物和253个靶点,将解毒活血汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到51个潜在靶点,GO功能富集分析得到82个条目(P<0.05),KEGG通路富集分析筛选得到154条信号通路(P <0...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨香砂六君子汤抗胃癌机制研究

目的 基于网络药理学联合分子对接技术探究香砂六君子汤干预胃癌的网络调控作用机制。方法 收集中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中香砂六君子汤组方药物的有效成分及其靶点,筛选GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库中胃癌有关基因,通过两者交集获取香砂六君子汤治疗胃癌的相关靶点,并通过Cytoscape 3.8.0软件构建“中药-成分-靶点”网络。基于STRING 11.5数据库及Cytoscape 3.8.0软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并筛选核心蛋白,运用R软件对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,并对药物有效成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 获得香砂六君子汤靶向胃癌的蛋白215个,基于PPI网络分析及节点评分计算,共筛选出JUN、MAPK8、ESR1、EGFR、FOS、RELA等19个核心靶点。GO功能、KEGG通路富集分析结果显示,交集靶点主要富集于对药物反应、对脂多糖反应等生物过程和脂质和动脉硬化,以及肿瘤坏死因子、IL-17等通路。分子对接结果显示,该药物主要有效成分和核心靶点蛋白有较好的结合力。结论 香砂...     

决明子治疗年龄相关性黄斑变性作用机制的网络药理学分析与分子对接预测

目的：对决明子治疗年龄相关性黄斑变性作用机制进行网络药理学分析与分子对接预测。方法：运用中医药系统药理学数据库及分析平台(TCMPS)数据库检索所需决明子有效药物成分,SwissTargetPrediction数据库获取其相关基因靶点。在DisGeNET数据库与GeneCards数据库中以关键字“Age-related macular degeneration”检索获得疾病相关基因。所有基因靶点在绘制Venn图筛选后,导入Cytoscape 3.8.0软件中构建决明子-化学活性成分-靶点可视化网络图谱。在STRING平台绘制蛋白质相互作用可视化网络,从DAVID在线数据库中获得GO生物功能富集分析与KEGG通路富集分析结果。计算机模拟关键蛋白靶点和药物成分的分子对接。结果：共检索到大黄酸、决明素等决明子有效活性成分9个,对应基因靶点208个,年龄相关性黄斑变性基因靶点1 977个,两者交集基因靶点75个;GO生物功能与KEGG通路富集分析分别得到518个条目与146条通路。结论：决明子可通过影响PI3K-Akt信号通路、脂质与动脉粥样硬化等通路作用于TP53、TNF、MYC等靶点治疗年...     

基于网络药理学和生物信息学探究西黄丸治疗肝癌作用机制

目的 通过网络药理学和生物信息学方法探究西黄丸治疗肝癌的潜在作用机制。方法 利用TCMSP、化学专业数据库和SwissADME数据库筛选西黄丸活性成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测活性成分对应靶点,GEPIA数据库分析靶点基因在肝癌组织与正常组织的表达差异,通过DAVID数据库对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,借助STRING和Cytoscape3.9.0软件构建靶点蛋白相互作用网络,并筛选核心靶点;采用Kaplan-Meier Plotter数据库分析核心基因与肝癌患者预后的相关性,运用CB-Dock工具进行分子对接验证。结果 共筛选得到194个活性成分,147个差异表达靶点基因（上调靶点基因89个、下调靶点基因58个）。GO功能分析得到生物过程19个、细胞组分13个、分子功能16个。KEGG通路富集得到9条信号通路,主要涉及调控细胞周期、孕酮介导的卵母细胞成熟、细胞色素P450对外源性药物代谢、视黄醇代谢等。靶点蛋白相互作用网络及生存分析得到MAPK3、CDK1、PLK1等8个与肝癌患者预后密切相关的核心靶点基因。分子对接结果显示,洋椿苦...     

基于网络药理学和分子对接探讨减味膈下逐瘀汤治疗非酒精性脂肪肝作用机制研究

目的：基于网络药理学分析减味膈下逐瘀汤治疗非酒精性脂肪肝（non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD）的关键化合物及其作用靶点和通路,以探索其治疗作用的分子机制。方法：利用GEO-Datasets搜集、筛选患病与正常情况下的差异基因,并绘制热图和火山图,通过TCMSP平台和Drugbank数据库检索减味膈下逐瘀汤中诸药的活性化合物,设定OB≥30%和DL≥0.18为阈值,筛选潜在的活性化合物及作用靶点。构建减味膈下逐瘀汤和NAFLD差异基因分子靶点图,利用STRING数据库获取PPI网络和网络拓扑参数,导入Cytoscape对其进行可视化分析,筛选核心调控基因,同时使用SwissDock平台将筛选得到的主要活性成分与靶点进行分子对接。通过DAVID进行GO生物功能富集分析和KEGG代谢通道富集分析,确定主要通路。结果：通过筛选后得到差异基因377个（127个上调基因及250个下调基因）,减味膈下逐瘀汤活性化合物225个,308个对应靶点;筛选得到关键靶标14个,对应化合物168个,关键靶点涉及MYC、FOSL2、FOS等。GO功能富集分析结果显示减味...     

Network Pharmacology and Molecular Docking Study of Tongmai Zhuyu Decoction(通逐瘀汤) in Treatment of Atherosclerosis

目的:采用网络药理学与分子对接技术探讨通脉逐瘀汤治疗动脉粥样硬化(AS)的潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库(TCMSP)、分子机制的生物信息学(BATMAN)数据库、通用蛋白质资源(Uniprot)数据库获得通脉逐瘀汤的活性成分及其作用靶点;通过在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、基因卡片(Gene Cards)数据库、基因疾病关联(DisGeNET)数据库和毒性与基因比较(CTD)数据库获取AS的相关靶点并与通脉逐瘀汤作用靶点取交集;基于Cytoscape软件构建通脉逐瘀汤治疗AS的化合物-靶点-疾病网络并进行网络拓扑学分析;通过检索交互基因搜索工具(STRING)数据库构建靶点蛋白质交互作用(PPl)关系网络并进行网络拓扑学分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接模拟;最终利用Bioconductor中的R包Cluster-profile version 3.12.0对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:共筛选到279种活性成分和586个靶点;分子对接模拟发现,川陈皮素、(+)-儿茶素、黄芩素等活性成分与关键靶点的结合活性较好;GO富集分析结果共有1749个GO条目,其中1627个生物过程条目、30个细胞组分条目和92个分子功能条目;KEGG通路富集分析结果共有94条通路,主要有低氧诱导因子-1 (HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、钙离子信号通路等通路.结论:通脉逐瘀汤可通过多成分、多靶点、多通路参与治疗AS.     

基于网络药理学研究“当归-鸡血藤”药对治疗肾性贫血的作用机制

目的 基于网络药理学研究“当归-鸡血藤”药对治疗肾性贫血的活性成分、潜在靶点及可能作用机制。方法利用TCMSP数据库和Uniprot数据库检索并筛选得到“当归-鸡血藤”药对主要活性成分及其作用靶标。通过Drugbank、Genecards及OMIM数据库收集肾性贫血相关靶标,对肾性贫血药物靶标和相关基因取交集,运用STRING数据库构建蛋白质互作（PPI）网络图,利用Cytoscape 3.6.0软件构建“药物-活性成分-靶点”网络模型。使用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析并可视化,并用Autodock＿vina和Pymol软件对蛋白和活性成分进行分子对接。结果 获得“当归-鸡血藤”药对中24个活性成分,相关潜在靶点140个,肾性贫血相关靶点992个,交集靶点44个;其主要作用于MAPK1、TP53、TNF、CASP3等多个靶标,涉及包括HIF-1、PI3K/Akt、TNF在内的99条信号通路发挥治疗肾性贫血作用。分子对接结果显示木犀草素与TP53、STAT3等关键靶点有较好的结合能力。结论 从网络药理学的角度对“当归...