肺腺癌失巢凋亡相关lncRNA预后模型的建立与验证

目的：构建基于失巢凋亡相关长链非编码RNA(lncRNA)的肺腺癌(LUAD)预后模型,探究LUAD潜在的治疗靶点。方法：从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载LUAD转录组和临床数据,从GeneCards网站获取失巢凋亡相关基因,利用共表达分析、差异分析筛选差异基因。通过Cox回归分析及Lasso回归分析构建预后模型,并进一步检验其有效性。对样本进行基因集富集分析(GSEA)及免疫相关性分析。结果：基于800个差异表达基因构建了一个由8个失巢凋亡相关lncRNA组成的预后模型,生存分析结果显示,高风险组总生存期比低风险组低(P<0.05);Cox回归分析和ROC曲线验证了该模型的准确性;GSEA分析表明,低风险组多富集于免疫相关信号通路;免疫相关性分析结果显示,该预后模型与多种免疫细胞、免疫功能和免疫检查点有关。结论：基于8个失巢凋亡相关lncRNA构建的LUAD预后模型有良好的预测效能,并为LUAD的治疗提供了参考。     

基于坏死性凋亡相关LncRNA的结肠腺癌临床预测模型的构建和验证

目的 基于癌症基因组图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)构建结肠腺癌坏死性凋亡相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)临床预测模型与验证。方法 从TCGA下载结肠腺癌转录组和临床数据,从基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)数据库及检索文献得到坏死性凋亡相关基因。运用R软件通过共表达筛选出差异坏死性凋亡相关LncRNA,采用单因素分析筛选出预后相关坏死性凋亡LncRNA,运用Lasso回归分析和多因素分析构建预后风险模型。通过差异分析、Kaplan-Meier生存分析、风险分析、受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under curve,AUC)、临床分组模型验证以评价该模型的可行性和准确性。采用多因素进行模型的独立预后分析,同时绘制Nomogram图预测患者1年、3年和5年...     

高氨诱导的肝细胞中凋亡相关LncRNA表达谱的变化

目的:探讨高氨诱导的肝细胞中凋亡相关长链非编码RNA(LncRNA)表达谱的变化.方法:将人正常肝细胞LO2细胞分为3组,对照组常规培养,高氨1组、高氨2组分别用10 mmol/L氯化铵溶液诱导24、48 h,以制备高氨肝细胞模型.应用人凋亡通路LncPathTM芯片筛选3组肝细胞差异表达的LncRNA和mRNA,并进...     

基于综合生物信息学的宫颈癌预后模型建立

目的：寻找与宫颈癌预后相关的免疫相关性长链非编码RNA(long non-conding RNA,IncRNA),构建宫颈癌预后评估模型,提高宫颈癌的生存率。方法：利用R4.2.1,采用Cox回归分析和最小绝对收缩和选择算子（lasso)Cox回归,寻找癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库中宫颈癌患者基因表达差异的长链非编码RNA(lncRNA)及生存信息差异,构建预后模型。利用R软件中“survminer”包（4.2.1版）生成Kaplan-Meier生存曲线,利用R软件中“rms”包（4.2.1版）生成列线图验证模型。结果：采用Cox回归分析和最小绝对收缩和选择算子（lasso)Cox回归模型构建免疫相关的22个lncRNA模型（包括SCP2D1.AS1、LINC00469、LINC00308、LINC00158、MIRLET7BHG、ARRDC1.AS1、SNHG32、DDC.AS1、NUP50.DT、LINC00658、LINC00629、LINC02802、LINC01281、SBF2.AS1、WWC2.AS2、USP30.AS1、...     

FAM83H-AS1表达与结肠癌患者临床特征及预后的关系

目的探讨长链非编码RNA FAM83H-AS1的表达与结肠癌患者临床特征及预后的关系。方法 RT-qPCR和原位杂交法检测90例结肠癌(结肠癌组)及对应癌旁组织(癌旁组)中FAM83H-AS1的表达。COX多因素回归分析FAM83H-AS1表达与结肠癌患者临床特征及总体生存率的关系。Kaplan-Meier法绘制生存曲线,log-rank检验分析生存率。结果结肠癌组FAM83H-AS1 mRNA的相对表达量明显高于癌旁组[(4.48±1.38)比(1.18±0.24),P<0.001];结肠癌组FAM83H-AS1阳性表达率明显高于癌旁组织[91.11%比57.78%,P<0.001];而且,FAM83H-AS1的表达与结肠癌的分化程度、浸润深度、淋巴结转移和TNM分期有关(r=0.342、0.376、0.410、0.612,均P<0.05),且这些参数是结肠癌中FAM83H-AS1表达的独立影响因素;FAM83H-AS1高表达的结肠癌患者5年生存率明显低于低表达者(26.85%比80.36%,P<0.01);年龄、FAM83H-AS1表达水平、浸润深度和淋巴结转移与结肠癌患者的总体生存率有关,是其独立影响因素(P<0.05)。结论 FAM83H-AS1在结肠癌组织中呈高表达,其表达水平与癌组织的分化程度、浸润深度、淋巴结转移、TNM分期和生存预后有关,可能在结肠癌发生发展中起着重要作用。     

LncRNA HOTAIR 表达水平与肿瘤患者预后关系的 Meta 分析

目的：系统评价长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)HOTAIR表达水平与肿瘤患者预后的关系。 方法：利用计算机检索The Cochrane Library,EMBASE,MEDLINE,PubMed等数据库中关于lncRNA HOTAIR表达与 肿瘤预后相关性的英文文献,检索文献发表时间从建库到2015年9月,提取相关数据后采用RevMan5.3软件进行Meta 分析。结果：最终纳入17篇文献,共1 639例患者。Meta分析结果显示：lncRNA HOTAIR高表达与肿瘤患者的低总生 存期相关 (HR: 2.39,95% CI：2.01~2.86,P<0.001);消化道肿瘤与非消化道肿瘤亚组分析均显示HOTAIR高表达患者 总生存期缩短 (消化道肿瘤HR：2.51,95% CI：2.02~3.11,P<0.001。非消化道肿瘤HR：2.17,95% CI：1.59~2.98, P<0.001)。HOTAIR高表达与肿瘤患者的低无瘤复发生存期明显相关(HR：4.25,95% CI：2.25~8.03,P<0.001)。 结论：LncRNA HOTAIR高表达与肿瘤的不良预后有一定的关系。     

基于铜死亡相关长链非编码RNA构建膀胱癌患者预后风险评估模型

目的:基于铜死亡相关长链非编码RNA(lncRNA)构建膀胱癌患者预后风险评估模型。方法:下载癌症基因组图谱数据库中的膀胱癌患者RNA序列数据和临床数据,采用Pearson相关性分析、单因素Cox回归、Lasso回归和多因素Cox回归分析筛选与铜死亡及膀胱癌患者预后相关的lncRNA,并构建铜死亡相关的lncRNA膀胱癌患者预后风险评分方程。根据风险评分方程计算的中位数将患者分为高风险组和低风险组,比较两组免疫细胞丰度差异。应用Kaplan-Meier生存曲线评估风险评分方程的准确性;应用受试者操作特征曲线(ROC曲线)评估风险评分方程预测患者1、3、5年存活率的价值;采用单因素和多因素Cox回归筛选与膀胱癌患者预后相关的影响因素,构建膀胱癌患者预后风险评估列线图,并通过校准曲线评估列线图预测的准确性。结果:膀胱癌患者预后风险评分方程由9个铜死亡相关的lncRNA构建。免疫浸润分析结果显示,高风险组M0巨噬细胞、M1巨噬细胞、M2巨噬细胞、静息肥大细胞及中性粒细胞丰度明显高于低风险组,而低风险组CD8⁺T细胞、辅助性T细胞、调节性T细胞及浆细胞丰度明显高于高风险组...     

LncRNA在喉癌患者血清与癌组织中的表达及其与预后的关系

【摘要】 目的 探讨长链非编码RNA（LncRNA）在喉癌患者血清、癌组织中的表达及其与预后的关系。 方法 选取本院2013年1月～2018年1月确诊的喉癌患者100例为观察组,选取年龄、性别与观察组匹配的健康体检者60例为对照组,通过实时荧光定量PCR（qRT-PCR）测定两组血清LncRNA H19表达水平;癌组织、配对癌旁组织经手术切除获取,检测患者血清及癌组织、配对癌旁组织LncRNA H19表达水平,根据癌组织、癌旁组织及血清LncRNAH19表达水平将观察组分为高表达组（55例）与低表达组（45例）,并分析癌组织LncRNA H19表达水平与患者病理特征及预后的关系。 结果 观察组血清LncRNA H19相对表达水平显著高于对照组（P＜0.05）;癌组织LncRNA H19相对表达水平显著高于配对癌旁组织（P＜0.05）;观察组血清与癌组织LncRNA H19相对表达水平显著正相关（P＜0.05）;LncRNA H19高表达组TNM分期III期、低分化、淋巴结转移比例均显著高于低表达组（P＜0.05）;LncRNA H19高表达组患者总生存时间、无进展生存时间均显著短于低表达组（P＜0.05）。 结论 喉癌患者血清、癌组织LncRNA H19表达均上调,LncRNA可能参与喉癌发生、进展过程,可作为喉癌患者预后评估的有效指标。     

LncRNA及其作为ceRNA参与卵巢功能和相关疾病的研究进展

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)可通过转录、转录后调控及表观遗传修饰等影响基因的表达,参与调控卵巢生理功能.LncRNA还可作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA),通过竞争性结合微RNA(micro RNA,miRNA)而影响靶基因m...     

结直肠癌RNA结合蛋白相关长链非编码RNA预后模型的构建与应用

目的 构建RNA结合蛋白(RBP)相关长链非编码RNA(IncRNA)预后模型,为临床预测结直肠癌(CRC)患者的生存提供指导.方法 分析TCGA数据库中的398例结直肠癌组织标本及39例正常对照样本的数据,从EBI-CA网站(https://ebiac.uk/GOA/)获取RBP相关基因列表.应用R软件分析RBP相关...     

子宫内膜癌组织中LncRNA FAM83H-AS1、miR-203的表达及与预后的关系

目的 探讨子宫内膜癌组织中长链非编码RNA(LncRNA FAM83H-AS1)和microRNA(miR)-203的表达及其与患者临床病理特征和预后的关系。方法 选取收治的89例子宫内膜癌患者为研究对象进行前瞻性研究,患者均行手术切除,术后随访时间2年。采用免疫组化法检测LncRNA FAM83H-AS1和miR-203表达情况,对比癌组织、癌旁组织中LncRNA FAM83H-AS1和miR-203表达,分析子宫内膜癌患者癌组织中LncRNA FAM83H-AS1和miR-203表达情况与临床病理参数的关系,分析影响子宫内膜癌患者预后的因素,双荧光素没酶报告实验研究LncRNA FAM83H-AS1和miR-203的靶向关系;分析癌组织中LncRNA FAM83H-AS1和miR-203表达与子宫内膜癌患者生存的关系。结果 截止随访结束,11例患者失访。癌组织中LncRNA FAM83H-AS1阳性表达率高于癌旁组织(P<0.05),miR-203阳性表达率低于癌旁组织(P<0.05)。浸润深度≥1/2、Ⅲ期、合并脉管癌栓子宫内膜癌患者癌组织LncRNA FAM83H-...     

子宫内膜癌坏死性凋亡差异基因的生物信息学分析及预后模型建立

目的 通过生物信息学筛选影响子宫内膜癌预后相关的坏死性凋亡基因,并构建模型。方法 从TCGA数据库中获得子宫内膜癌及癌旁非肿瘤组织的mRNA测序信息,从FerrDb数据库中获取坏死性凋亡基因,通过R软件筛选匹配得到子宫内膜癌坏死性凋亡差异基因,分别进行富集分析和PPI网络分析,利用Cytoscape构建蛋白互作模块。通过单因素及多因素分析建立预后预测模型,并得到风险评分（RS）,建立生存曲线,分析模型中的风险因素与基因的相关性,评估模型效能。结果 共筛选出7个坏死性凋亡差异基因,分别为SPATA2、IFNA1、PLA2G4F、JMJD7-PLA2G4B、STAT6、TLR4、CHMP2A。7个基因在肿瘤组织及正常组织中表达差异均有统计学意义（均P<0.05）;随着RS的升高,患者生存时间缩短,且死亡患者增多。生存曲线分析显示与高危组相比,低危组患者生存率较高,高危组的预后较差（P<0.05）。CHMP2A、JMJD7-PLA2G4B、STAT6、TLR4基因随着肿瘤分级、病理分期的增高,其对应的表达量呈现降低趋势,其中TLR4基因与年龄呈正相关（P<0.05）。SPT...     

基于长链非编码RNA的生物信息学分析构建膀胱癌预后模型并确定预后生物标志物

目的:构建基于长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的膀胱癌预后模型,并寻找预后生物标志物。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载膀胱癌转录组及临床数据,Perl软件和R软件用于数据处理和分析。首先筛选差异表达lncRNA,继而对筛选结果进行单因素Cox回归分析以初步筛选与预后相关的lncRNA,再进一步用Lasso回归分析筛选影响预后的关键lncRNA,并运用多因素Cox回归分析构建预后模型。根据风险评分的中位数将患者分为高风险组和低风险组,运用Kaplan-Meier(K-M)生存分析、受试者接受特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线和C指数对模型进行评价。此外,运用多因素Cox回归分析计算预后模型中各lncRNA的危险比和95%置信区间,并对差异有统计学意义的lncRNA进行K-M生存分析以确定预后生物标志物。结果:单因素Cox回归分析显示,在691个差异表达的lncRNA中, 35个可能与预后相关,其中23个经Lasso回归分析确认为影响预后的关键lncRNA。此外,K-M生存分析结果显示低风险组的总生存时间较高风险组长[(2.85±2.72)年vs. (1.58±1.51)年, P<0.001], ROC曲线显示3年生存率和5年生存率的曲线下面积分别为0.813和0.778,C指数为0.73。多因素Cox回归表明,23个关键lncRNA中有11个lncRNA差异有统计学意义,进一步的K-M生存分析表明,其中有3个lncRNA可能具有独立的预后价值,包括lncRNA AL589765.1(P = 0.004), AC023824.1(P = 0.022)和PKN2-AS1(P = 0.016)。结论:通过生物信息学分析,成功构建了基于23个lncRNA表达水平的膀胱癌预后模型,预测准确性中等,并确定了一个保护性预后生物标志物AL589765.1,以及两个不利的预后生物标志物AC023824.1和PKN2-AS1。     

长链非编码RNA与心肌凋亡

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是转录本长度超过200个核苷酸且不具有功能性蛋白质编码能力的RN A转录物,其在心血管疾病中的表达存在差异.心肌凋亡是导致多种心血管疾病的重要病理过程,lncRNA可通过多种途径影响心肌凋亡.本文就lncRNA与心肌凋亡关系的研究进展做一综述,总结...     

肾结石患者血清中LncRNA TapSAKI表达及其与预后的关系

目的 探究长链非编码RNA(LncRNA)TapSAKI在肾结石患者血清中的表达水平及预后的关系。 方法 选取2017年1月—2019年6月宁波市医疗中心李惠利医院收治的144例肾结石患者为肾结石组,并选取同期本院148例健康体检者为正常组。以实时荧光定量PCR法(qRT-PCR)检测所有受试者血清中LncRNA TapSAKI水平;酶联免疫吸附法(ELISA)检测所有受试者血清单核细胞趋化蛋白-1(MCP-1)、白介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平;分析肾结石患者行经皮肾镜碎石术预后情况;比较2组不同预后患者血清LncRNA TapSAKI、MCP-1、IL-6、TNF-α水平;分析肾结石患者血清LncRNA TapSAKI与MCP-1、IL-6、TNF-α水平的相关性;分析肾结石预后的影响因素。采用SPSS 22.0统计学软件进行分析。 结果 肾结石组患者血清LncRNA TapSAKI、MCP-1、IL-6、TNF-α水平均明显高于正常组(均P<0.05);术后不良并发症发生率为23.61%(34/144);预后不良组患者血清LncRNA TapSAKI、MCP-1、IL-6、TNF-α水平均明显高于正常组(均P<0.05);肾结石患者血清LncRNA TapSAKI与MCP-1、IL-6、TNF-α水平均呈正相关(均P<0.05);LncRNA TapSAKI与MCP-1、IL-6、TNF-α均为肾结石患者预后不良的危险因素(均P<0.05)。 结论 肾结石患者血清LncRNA TapSAKI呈高表达,高水平LncRNA TapSAKI可能是肾结石患者不良预后因素,可作为评估肾结石预后的参考指标。      

LncRNA与miRNA的交互作用及调控机制对肿瘤发生与发展过程的影响

长链非编码RNA(LncRNA)被作为人类基因组中重要的调控分子之一,通过多种方式发挥其生物学调控功能。研究表明,LncRNA也可作为一种竞争性的内源性RNA与非编码微RNA(miRNA)交互作用,共同参与靶向基因的调控,对肿瘤发生与发展过程产生重要影响。同时,miRNA通过大量蛋白质编码基因靶向调控LncRNA的表达,miRNA和LncRNA在调节细胞过程均有重要作用。该文在分别介绍miRNA与LncRNA功能的基础上,总结miRNA与LncRNA交互作用及调控机制对肿瘤发生与发展过程的影响。     

LncRNA DILC在胆囊癌中的表达及意义

目的探讨长链非编码RNA（lncRNA）DILC在胆囊癌中的表达及意义。方法用实时荧光定量PCR法检测80例胆囊癌组织标本（胆囊癌组）和30例慢性胆囊炎组织标本（对照组）中胆囊癌细胞GBC-SD和人胆囊上皮细胞HGBEC中DILC基因表达水平。以DILC表达量的中位数为截断值,将胆囊癌患者分为高表达组和低表达组,并比较这2组临床病理特征。建立Cox比例风险模型分析影响生存预后的因素。通过转染DILC siRNA下调GBC-SD细胞中DILC的表达,用Transwell侵袭实验检测细胞侵袭能力;细胞划痕实验检测细胞迁移能力。结果胆囊癌组DILC相对表达量明显高于对照组（P<0.05）。GBC-SD细胞DILC相对表达量明显高于HGBEC细胞（P<0.05）。高表达组T分期为T3—T4期、TNM分期为Ⅲ—Ⅳ期的占比明显高于低表达组（P<0.05）。T分期（T3—T4）、淋巴结转移、TNM分期（Ⅲ—Ⅳ）、DILC高表达是胆囊癌患者不良预后（生存时间）的独立危险因素（P<0.05）。转染DILC siRNA后,GBC-SD细胞侵袭和迁移能力明显下降（P<0.001）。结论 DILC在胆囊癌组织中高表达,并且与肿瘤分期和生存预后有关。DILC可以促进胆囊癌细胞侵袭和迁移。     

结肠癌组织中肺腺癌转移相关转录本1的表达及其临床意义

目的探讨长链非编码RNA肺腺癌转移相关转录本1(MALAT1)在结肠癌组织中的表达及其临床意义。方法收集121例结肠腺癌组织标本,并以其自身正常组织作为对照,提取组织RNA,实时定量聚合酶链反应法检测结肠癌及其自身正常对照组织中MALAT1的表达水平,并在结肠癌细胞系SW620中过表达MALAT1,观察其对肿瘤细胞迁移的影响。结果结肠癌组织MALAT1表达较自身正常对照组织表达显著升高(P<0.01)。有淋巴结转移的结肠癌组织中MALAT1的表达高于无淋巴结转移的结肠癌组织(P<0.05);有淋巴结转移的结肠癌标本中,淋巴结组织中MALAT1的相对表达量高于结肠癌组织(P<0.05)。SW620转染pc DNA3/MALAT1基因组迁移细胞数明显高于单纯SW620细胞组和SW620转染载体pc DNA3组(P<0.05);单纯SW620细胞组与SW620转染载体pc DNA3组迁移细胞数比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论在结肠癌中,长链非编码RNA-MALAT1可作为一个潜在的检测指标,为临床判定预后和后期治疗提供理论基础。