| 头颈部鳞状细胞癌中与p53突变相关基因的鉴定 |
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| 引用本文： | 李倩云1,陈 冬1,黄子瑞2,吴超颖1,贾 芳 1. 头颈部鳞状细胞癌中与p53突变相关基因的鉴定[J]. 现代肿瘤医学, 2020, 0(17): 2968-2973. DOI: 10.3969/j.issn.1672-4992.2020.17.011 |
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| 作者姓名： | 李倩云1 陈 冬1 黄子瑞2 吴超颖1 贾 芳 1 |
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| 作者单位： | 1.锦州医科大学附属第一医院耳鼻咽喉头颈外科，辽宁 锦州 121000;2.中国人民解放军北部战区空军医院耳鼻咽喉头颈外科，辽宁 沈阳 110041 |
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| 基金项目： | 辽宁省自然科学基金（编号:20180550039） |
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| 摘 要： | 目的:探讨在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中与p53突变相关的潜在关键基因。方法:从GEO数据库中下载芯片数据GSE107591，用R语言加权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis，WGCNA)包构建基因共表达网络并划分模块。选择与p53变异相关的基因模块进行GO分析和KEGG通路分析，并结合cytoscape筛选中枢基因。结果:基因共表达网络包括7个模块。其中蓝色（blue）模块与p53变异呈正相关，GO富集分析结果为细胞外基质组织等，KEGG通路为ECM受体相互作用等。蓝色模块的中枢基因为TPX2，CCNB2和DLGAP5。绿松石（turquoise）模块与p53变异呈负相关，GO富集分析结果为转录、DNA模板化等，KEGG通路为细胞黏附分子等。绿松石模块的中枢基因包括VWA3A，ARMC4，CFAP46和C11orf88（并列第三）。结论:通过WGCNA的方法能够从转录组数据中挖掘到头颈部鳞状细胞癌中与p53变异相关的重要基因，为疾病研究提供新的候选基因和分子机制。
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| 关 键 词： | 头颈部鳞状细胞癌 p53变异 WGCNA 共表达网络 模块 中枢基因 |
Identification of potential crucial genes of head and neck squamous cell carcinoma associated with p53 mutation |
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| Li Qianyun1,Chen Dong1,Huang Zirui2,Wu Chaoying1,Jia Fang1. Identification of potential crucial genes of head and neck squamous cell carcinoma associated with p53 mutation[J]. Journal of Modern Oncology, 2020, 0(17): 2968-2973. DOI: 10.3969/j.issn.1672-4992.2020.17.011 |
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| Authors: | Li Qianyun1 Chen Dong1 Huang Zirui2 Wu Chaoying1 Jia Fang1 |
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| Affiliation: | 1.Department of Otolaryngology，the First Affiliated Hospital of Jinzhou Medical University，Liaoning Jinzhou 121000，China；2.Department of Otolaryngology，Jinzhou Medical University Research Center，PLA 463rd Hospital，Liaoning Shenyang 110041，China. |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | head and neck squamous cell carcinoma（HNSCC） p53 mutation WGCNA co-expression network module hub gene |
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