Docker技术在生物信息学中的应用 |
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引用本文: | 佟凡,王小磊,李江域,屈武斌,赵东升. Docker技术在生物信息学中的应用[J]. 军事医学, 2016, 0(7): 614-617. DOI: 10.7644/j.issn.1674-9960.2016.07.019 |
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作者姓名: | 佟凡 王小磊 李江域 屈武斌 赵东升 |
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作者单位: | 1. 军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所,北京,100850;2. 艾吉泰康生物科技 北京 有限公司,北京,102206 |
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基金项目: | 军队后勤科技“十二五”重点资助项目(BS212J009) |
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摘 要: | 随着高通量测序、蛋白质组学等生物技术的迅猛发展,生物医学数据、生物信息学工具及分析应用需求均呈现出多样性和复杂性的特点。传统的生物信息计算环境如专用工作站、虚拟机等已无法较好地适应这一情况。Docker作为一种新兴的容器技术,具有轻量、开放和安全的优点,为分析和处理生物大数据提供了一种新的解决方案,得到生物信息学开发和应用人员越来越多的关注与使用。该文针对大数据时代下生物信息学工具开发、部署、应用的要求和特点,分析Docker技术在生物信息学中应用的优势,介绍了该技术在生物信息学中的具体应用案例,探讨其有待改进的方面以及未来发展趋势。
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关 键 词: | Docker 云计算 生物信息学 标准化 复用性 |
Application of Docker technology in bioinformatics |
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Abstract: | With the rapid development of biotechnology such as NGS and proteomics , bioinformatics has seen an explo-sion in diversity and complexity in terms of data , tools and demands .The traditional computing environment , including ded-icated workstations and virtual machines , are no longer suitable under such circumstances .As a rising container technolo-gy, Docker, which is characterized by light weight , openness and security ,has provided an innovative solution to analysis and processing of biological big data and attracted increasing attention from bioinformatics developers and users .Consider-ing the demands and features of development , deployment and application of bioinformatics tools in the age of big data , this paper analyzes the advantages of Docker in this field , introduces some actual cases and discusses current deficiencies and future improvement . |
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Keywords: | Docker cloud computing bioinformatics standardization reusability |
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