| 基于分组重量编码和特征选择技术预测外膜蛋白 |
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| 引用本文： | 南重汉,邹凌云.基于分组重量编码和特征选择技术预测外膜蛋白[J].第三军医大学学报,2013,35(13):1366-1370. |
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| 作者姓名： | 南重汉 邹凌云 |
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| 作者单位： | 1. 解放军第3医院传染结核病防治所,陕西 宝鸡,721006
2. 400038重庆,第三军医大学基础医学部微生物学教研室,重庆市微生物工程实验室 |
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| 基金项目： | 重庆市自然科学基金，第三军医大学科研创新基金，the Natural Science Foundation of Chongqing，the Innovative Foundation of Third Military Medical University |
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| 摘 要： | 目的建立新的机器学习模型,从蛋白质数据集或全基因组蛋白质序列中预测外膜蛋白。方法采用分组重量编码和氨基酸组成计算蛋白质序列特征,采用F-score方法反向选择特征,采用支持向量机算法建立分类模型,在1 087条蛋白质序列构成的数据集上进行测试,评价预测模型的敏感性、特异性和预测精度,在多个细菌的全基因组蛋白质中预测外膜蛋白。结果新的序列组合编码方法与SVM相结合,区分外膜蛋白和α螺旋跨膜蛋白、球状蛋白、非外膜蛋白的准确度分别达到94.7%、96.4%和94.6%,经特征选择之后,分类准确度分别提高到95.7%、96.9%和95.9%,且在基因组数据集中的预测结果与已知事实相符度高。结论该方法预测准确度优于其他基于序列特征的预测方法,可用于在基因组序列中预测和筛选新的外膜蛋白。
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| 关 键 词： | 外膜蛋白 分组重量编码 特征选择 支持向量机 |
Prediction of outer membrane proteins with encoding based on grouped weight and feature selection techniques |
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| Nan Chonghan,Zou Lingyun.Prediction of outer membrane proteins with encoding based on grouped weight and feature selection techniques[J].Acta Academiae Medicinae Militaris Tertiae,2013,35(13):1366-1370. |
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| Authors: | Nan Chonghan Zou Lingyun |
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| Institution: | 1Institute of Infectious TB Prevention,No.3 Hospital of PLA,Baoji,Shaanxi Province,721006;2Department of Microbiology,Chongqing Laboratory of Microbial Engineering,College of Basic Medical Sciences,Bioinformatics Center,Third Military Medical University,Chongqing,400038,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | outer membrane protein encoding based on grouped weight feature selection support vector machine |
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