| 基于EV71交叉保护抗原P1的前体蛋白B细胞抗原位点的预测 |
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| 引用本文： | 叶鹏凌,江丽凤,高风华,冯谦谨,郭中敏,陆家海.基于EV71交叉保护抗原P1的前体蛋白B细胞抗原位点的预测[J].热带医学杂志,2012,12(10):1184-1187,1201. |
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| 作者姓名： | 叶鹏凌 江丽凤 高风华 冯谦谨 郭中敏 陆家海 |
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| 作者单位： | 1. 中山大学公共卫生学院,广东广州510080;热带病防治研究教育部重点实验室,广东省重大传染病预防和控制技术研究中心,广东广州510080
2. 热带病防治研究教育部重点实验室,广东省重大传染病预防和控制技术研究中心,广东广州510080;中山大学实验动物中心,广东广州510080 |
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| 基金项目： | 广州市科技计划项目(12C22061604) |
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| 摘 要： | 目的 获得EV71 P1保守氨基酸序列COBRA EV71 P1和基于此序列的B细胞抗原表位预测信息.方法 从NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)上下载获取1970-2010年间世界各地暴发流行的包含P1或VP1基因片段的EV71源序列和对应的氨基酸序列,根据VP1基因片段信息构建系统进化树,对源序列进行基因分组；对多基因型的EV71 P1氨基酸源序列采用多序列比对,以优势氨基酸位点代替差异氨基酸位点的方法,获得EV71 P1保守序列(COBRA EV71 P1),并运用IEDB Analysis Resource(http://tools.immuneepitope.org/main/)在线预测工具和DNASTAR软件里的Protean模块,运用单参数和二级结构预测综合考虑的方法,对COBRA EV71 P1前体蛋白的B细胞抗原表位进行预测.结果 成功比对出COBRA EV71 P1氨基酸序列,预测结果发现在COBRA EV71 P1前体蛋白的第10-24,41-60,68-82,208-225,328-345,498-514,592-609,664-678,772-786和841-855位点均具有较好的亲水性、表面可及性、柔韧性和抗原指数,并且在二级结构上含有易形成抗原表位的无规则卷曲和β-转角,有可能是COBRA EV71 P1前体蛋白的优势表位.结论 经生物信息学分析,推测COBRA EV71 P1可能具有三个基因型EV71 P1前体蛋白的候选B细胞线性抗原表位,为EV71重组多表位疫苗设计和多基因型病毒样颗粒疫苗实验提供了理论基础.
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| 关 键 词： | COBRA EV71 P1 多序列比对 前体蛋白 B细胞线性抗原表位 |
Prediction of the B cell linear epitope of the cross-protective P1 precursor protein of Enterovirus 71 |
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| YE Peng-ling,JIANG Li-feng,GAO Feng-hua,FENG Qian-jin,GUO Zhong-min,LU Jia-hai.Prediction of the B cell linear epitope of the cross-protective P1 precursor protein of Enterovirus 71[J].Journal Of Tropical Medicine,2012,12(10):1184-1187,1201. |
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| Authors: | YE Peng-ling JIANG Li-feng GAO Feng-hua FENG Qian-jin GUO Zhong-min LU Jia-hai |
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| Institution: | 1,2 (1.School of Public Health, Sun Yat-sen University, Guangdong, Guangzhou 510080;2.Key Laboratory of Tropical Disease Control(Sun Yat-sen University),Ministry of Education, Guangdong Provincial Research Center for Severe Infectious Disease Prevention and Control Technology, Guangdong, Guangzhou 510080;3.Experiment Animal Center, Sun Yat-sen University ,Guangdong,Guangzhou 510080,China) |
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| Abstract: | |
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