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| 基于多能干细胞的Alport综合征的microRNA差异性表达与碱基编辑功能分析 | |
| 引用本文： | 陈文标,彭武建,林小聪,戴勇.基于多能干细胞的Alport综合征的microRNA差异性表达与碱基编辑功能分析[J].广东医学,2014,35(22). |
| 作者姓名： | 陈文标 彭武建 林小聪 戴勇 |
| 作者单位： | 1. 暨南大学第二临床医学院、广东省深圳市人民医院临床医学研究中心 518020 2. 广东省深圳市第三人民医院内科 518112 3. 广东医学院生物化学研究所 广东湛江524023 |
| 基金项目： | 广东省深圳市科技计划项目 |
| 摘 要： | 目的 分析Alport综合征(AS)的诱导多能干细胞(iPSCs)全基因微小核糖核酸(microRNA)的表达谱,筛选出具有差异性表达的microRNA与发生碱基突变的microRNA.方法 收集1例AS患者与1例健康人的尿液,从尿液中分离尿肾脏管细胞,尿肾脏管细胞分化诱导成iPSCs.运用高通量测序方法对iPSCs的microRNA进行测序与表达量测定,比较分析两人microRNA的表达差异,寻找具有特异性的microRNA靶点.同时,将mi-croRNA序列与miRBase数据库(http://www.mirbase.org/)中已知成熟microRNA序列进行比对,比较两标本mi-croRNA碱基编辑数量,找出发生了碱基突变的microRNA.结果 在两人标本中发现30个microRNA具有显著的差异性表达,其中19个microRNAs表达上调,11个microRNA表达下调.has-miR-3117-3p的倍比值(log2 Ratio)为7.79,在表达上调的microRNA最具有特异性;has-miR-544b的倍比值为-9.09,在表达下调的microRNA最具有特异性.同时在两标本中共有208个microRNA发生了碱基突变,其中104个microRNA,AS患者发生碱基编辑概率比健康人大;77个microRNA,健康人发生碱基编辑概率比AS患者大.结论 AS患者与健康人肾脏组织中的microRNA存在差异性,AS发生碱基编辑引起基因突变的microRNA比健康人更常见.这些差异性表达的microRNAs与microRNA碱基突变的概率可能在AS发病机制中起重要作用. |
| 关 键 词： | Alport综合征 微小核糖核酸 高通量测序 差异性表达 碱基编辑 |
Identification of different expression microRNA and base edit function in Alport syndrome base on iPSCs |
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| CHEN Wen-biao,PENG Wu-jian,LIN Xiao-chong,DAI Yong.Identification of different expression microRNA and base edit function in Alport syndrome base on iPSCs[J].Guangdong Medical Journal,2014,35(22). | |
| Authors: | CHEN Wen-biao PENG Wu-jian LIN Xiao-chong DAI Yong |
| Abstract: | |
| Keywords: | Alport syndrome microRNA high-throughput sequencing differently expressive profile base edit |
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