| 肠道病毒71型六安地区分离株VP1基因的生物信息学分析及B细胞表位预测 |
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| 引用本文： | 俞海洋,陈伟,倪德群,常宏伟,王林定,汤仁树,陈灵芝,丁晓娟,陈敬贤,王明丽.肠道病毒71型六安地区分离株VP1基因的生物信息学分析及B细胞表位预测[J].安徽医科大学学报,2012,47(3):233-240. |
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| 作者姓名： | 俞海洋 陈伟 倪德群 常宏伟 王林定 汤仁树 陈灵芝 丁晓娟 陈敬贤 王明丽 |
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| 作者单位： | 安徽医科大学微生物学教研室,合肥,230032;安徽省重要遗传病基因资源利用重点实验室生物工程部,合肥,230032;安徽省六安市疾病控制中心检验科,六安,237008;安徽医科大学微生物学教研室,合肥,230032;哥伦比亚大学病理与细胞学教研室,纽约,10032 |
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| 基金项目： | ,教育部科学技术研究重点项目,安徽省"十五"生物医药重大技专项,安徽省高校省级自然科学研究项目 |
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| 摘 要： | 目的对肠道病毒71型(EV71)VP1基因编码衣壳蛋白进行系统结构与功能预测,为制备EV71疫苗和诊断抗原的研究提供理论基础。方法基于编号为1404-Luan(CHN)-08的EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白的氨基酸序列,应用ProtParam、SigalP、TMPRED、Sosui、SOPMA、Phyre、Bepipred等生物信息学方法预测其信号肽、跨膜区、疏水性、二级结构、三级结构等性质和潜在的B细胞表位。结果 EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白没有信号肽,无跨膜区,是一个亲水性蛋白;VP1蛋白二级结构以无规则卷曲和β-片层为主,含有少量的α-螺旋,少见β-转角;VP1的三级结构中4～121氨基酸部分在蛋白表面形成一环状结构(VPl GH loop);EV71 VP1潜在的B细胞表位共有6个可能的抗原表位。其中,预测分值最高的线性表位区域位于157～177位氨基酸残基。结论成功预测了EV71六安地区分离株VP1二级结构、三级结构和B细胞表位,为制备EV71基因工程疫苗和诊断抗原的开发提供了理论基础。
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| 关 键 词： | 肠道病毒71型 VP1 B细胞表位 二级结构 三级结构 |
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