基于TCGA数据库挖掘胰腺癌预后相关甲基化位点

目的：通过对肿瘤基因组图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）数据库内胰腺导管腺癌（pancreatic ductal adrenocarcinoma，PDAC）相关数据的研究，从全基因组水平发现影响PDAC预后的甲基化位点及基因。方法：从TCGA网站下载2016年1月28日更新版本的有关PDAC的临床数据、甲基化数据（基于Illumina Methylation 450芯片）及转录组数据（基于Illumina Hiseq测序）。纳入兼具预后数据和甲基化数据的患者179例，应用Cox比例风险模型分析每个位点甲基化水平与PDAC患者总体生存率的关系。进一步纳入兼有甲基化数据及转录组数据的患者173例，分析甲基化水平与对应mRNA表达水平的关系。最后分析mRNA表达水平与PDAC患者总体生存率的关系。结果：用于甲基化预后分析的179例患者年龄为（64.64±10.96）岁，用于相关性分析和mRNA预后分析的173例患者年龄为（64.46±10.91）岁，两者中位生存时间均为20.1个月。本研究发现的与PDAC预后关系最显著的前20个甲基化位点中，11个位点的高甲基化水平为PDAC预后的危险因素，9个为保护因素。位于ZNF438基因5′UTR区的cg01656216探针靶向的位点与PDAC预后相关最显著（HR=0.37，95%CI：0.24~0.56，P=4.11×10-6）。进一步发现8个位点甲基化水平与相应mRNA表达水平呈负相关（r<-0.3，P < 0.05），其中PKP3（cg20268054）和EFNB2（cg22179913）的mRNA表达水平还与预后有关（HR=1.66，95%CI：1.06~2.61，P=0.027；HR=1.86，95%CI：1.21~2.88，P=0.005）。结论：通过对TCGA数据库PDAC样本的分析发现，PKP3和EFNB2基因的甲基化水平与PDAC预后相关，可进一步发掘其作为PDAC预后相关生物标志物的潜能。

Identification of DNA methylation sites related to the prognosis of pancreatic ductal adenocarcinoma based on the TCGA datebase