在人类胰腺癌细胞BxPC3全基因组中受Notch-1胞内结构域和CBF-1转录共调控的靶基因特征分析

目的在人类胰腺癌细胞BxPC3全基因组水平上寻找受Notch-1胞内结构域和CBF-1共同转录调控的靶基因；分析它们的类型、功能和在基因组中的分布等特征值；并以此为基础预测Notch信号通路的潜在生物学功能和调控模式。方法染色质免疫共沉淀联合基于Illumina/Solexa平台的高通量测序。结果1）Notch-1胞内结构域和CBF-1两组样本有效read数分别为14287722和14289280个,与人类参考基因组唯一匹配的read数分别为11782027和11711920个；2）两组样本的peak数分别为385和492个,peak区域分别为318344 bp和383768 bp,都占全基因组的约0.01%；3）两组样本的peak区域几乎集中于基因间区和内含子区,只有不到5%位于外显子区；4）两组样本的peak对应基因数分别为150和287个,其中共有基因93个；5）通过基因聚类分析和数据库比对可以查到这些基因的名称、分类、基本功能和在基因组中的位置等具体信息。结论在人类胰腺癌细胞BxPC3全基因组范围内找到了更多在转录水平上受CBF-1和Notch-1胞内结构域共同调控的未知靶基因；初步明确了它们的类型、分布和功能等特征值；这些数据可以为进一步分析Notch信号通路潜在的生物学功能和调控模式奠定基础。