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寒证基因芯片数据库的纵横分合聚类方法研究
引用本文:王米渠,张敬远,丁维俊,李珉,王刚,张洛欣,梁发明,张卫,吴斌,冯韧.寒证基因芯片数据库的纵横分合聚类方法研究[J].中国中医基础医学杂志,2002,8(12):59-62.
作者姓名:王米渠  张敬远  丁维俊  李珉  王刚  张洛欣  梁发明  张卫  吴斌  冯韧
作者单位:1. 成都中医药大学,四川,成都,610075
2. 新加坡国立大学,新加坡,117543
3. 四川大学,四川,成都,610064
基金项目:国家自然科学基金项目 (30 171126)
摘    要:基因芯片技术是当代生命科学中具有革命性意义的重要研究方法,但是如何应用数理统计方法系统准确地解读该技术患与我们的大批量整体性基因表达信息。乃当今基因芯片研究的一个关键性问题。我们以完成的寒证基因芯片数据库分析为基础,前瞻性地提出如下四类相互关联的分析方法:1,纵向发展的聚类分析(个体用药前后的连续追踪,进而研究家系寒证),2,横向互比的聚类分析(应用树状分层图,多维标度和平滑聚类等分析方法,考虑横向聚类分析我们已经收集的10万个证候调查数据);3,分证候的聚类分析(如肢冷单个证候疗效的分析,籍此可将39个寒证分证候聚类为六大类并做进一步分析);4,合寒证聚类分析(综合因素分析,聚类分析等方法研究寒证主效基因组及其组合模式对基因表达谱的决定性影响。寒证证候变量主导因素及其与主效基因组的相互关系等,进而“合之病能”)。

关 键 词:基因芯片  聚类分析  寒证  统计分析
文章编号:1006-3250(2002)12-0059-04
修稿时间:2002年2月8日

Some Thoughts on Cluster Analysis of Microarray Data at COLD Syndrome
WANGMi qu,ZHANGJing yuan,DINGWei jun,LIMin,WANGGang ZHANGLuo xin,LIANGFa ming,ZHANGWei,WUBin,FENGRen.Some Thoughts on Cluster Analysis of Microarray Data at COLD Syndrome[J].Chinese Journal of Basic Medicine In Traditional Chinese Medicine,2002,8(12):59-62.
Authors:WANGMi qu  ZHANGJing yuan  DINGWei jun  LIMin  WANGGang ZHANGLuo xin  LIANGFa ming  ZHANGWei  WUBin  FENGRen
Institution:WANGMi qu1,ZHANGJing yuan2,DINGWei jun1,LIMin3,WANGGang3 ZHANGLuo xin2,LIANGFa ming2,ZHANGWei1,WUBin1,FENGRen2
Abstract:cDNAMicroarrayisarevolutionaryandimportantmethod ,buthowtoapplystatisticalmethodstoanalyze suchvastamountofdataacquiredinsuchadvancedassayiscurrentlyaquestionofimmenserelevant.Thepresentpaper isbasedonthecDNAmicroarrayinformationderivedfromapproachesofCOLDSyndromebyproposingthefollowingfour methodsofanalysis . 1.Theverticalfactorclusteranalysis (pre andpost treatments ,follow upstudies ,withTCMsyndromeCOLD) ; 2 .Thehorizontalcomparativefactorclusteranalysis (byapplyingmethodssuchashierarchicalview ,multi coordinate andsmoothclusteranalysistostudytherelationshipsofuptotenthousandsymptomaticfactorsbyusinghorizontalfactor clusteranalysis) ; 3.Idividualsymptomaticfactorclusteranalysis (suchasthetherapyanalysisofsinglesyndromelimbCOLD ,andfur theruponthe 6clustersof 4 4kindsofCOLDsyndromes) ; 4 .CombinedclusteranalysisonCOLDsyndrome (comprehensiveanalysisthemajorgenesandgeneexpressprofiles , andtheirrelationshipswiththosefactorsofCOLDsyndromes) .
Keywords:cDNA microarrays  Cluster analysis  COLD Syndrome  Statistical analysis
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