| 不同地理居群新塔花的ITS2和psbA-trnH序列及聚类分析 |
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| 引用本文： | 苏艳,程波,何江,杨伟俊.不同地理居群新塔花的ITS2和psbA-trnH序列及聚类分析[J].中国实验方剂学杂志,2020,26(16):175-182. |
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| 作者姓名： | 苏艳 程波 何江 杨伟俊 |
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| 作者单位： | 1.新疆农业大学 食品科学与药学学院，乌鲁木齐 830091;2.新疆维吾尔自治区药物研究所 新疆维吾尔药重点实验室，乌鲁木齐 830004 |
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| 基金项目： | 新疆维吾尔自治区自然科学基金项目（2017D01B45） |
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| 摘 要： | 目的:分析18个不同地理居群新塔花的内转录间隔区(ITS)2和psbA-trnH序列,为其种质资源评价和基原药用植物遗传多样性分析提供参考。方法:试剂盒法提取新塔花基因组DNA,聚合酶链式反应(PCR)扩增ITS2和psbA-trnH间隔区序列,双向测序,拼接,基于Kimura两参数模型(K2P)构建邻接法(NJ)系统发育树。结果:不同地理居群新塔花ITS2和psbA-trnH序列均有种内差异。ITS2序列长度平均为236 bp,检测有9个单倍型,遗传距离为0～0. 022,不同地理居群新塔花聚为两支,XTH3,XTH6,XTH9等10个地理居群聚为一支,XTH4,XTH5,XTH10等8个地理居群聚为另一支。除XTH6的psbAtrnH序列存在6 bp缺失外,其他地理居群的psbA-trnH序列长度均为355 bp,检测有4个单倍型,遗传距离为0～0. 023,不同地理居群新塔花聚为两支,XTH1,XTH3,XTH4等12个地理居群聚为一支,XTH14,XTH17,XTH18聚为另一支。基于ITS2+psbA-trnH组合序列的系统发育(NJ)树显示,不同地理居群的新塔花可分为两支,XTH11,XTH12,XTH16等12个地理居群聚为一支,XTH14,XTH17,XTH18聚为另一支。结论:不同地理居群的新塔花地理位置接近或相似,相对遗传距离较小,亲缘关系较为接近,说明不同地理居群新塔花的亲缘关系及其遗传多样性与地理位置相关。
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| 关 键 词： | 地理居群 新塔花 内转录间隔区2 psbA-trnH 聚类分析 遗传距离 |
Cluster Analysis of Ziziphora bungeana from Different Geographical Populations Based on ITS2 and psbA-trnH Sequences |
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| SU Yan,CHENG Bo,HE Jiang,YANG Wei-jun.Cluster Analysis of Ziziphora bungeana from Different Geographical Populations Based on ITS2 and psbA-trnH Sequences[J].China Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2020,26(16):175-182. |
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| Authors: | SU Yan CHENG Bo HE Jiang YANG Wei-jun |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | geographic populations Ziziphora bungeana ITS2 psbA-trnH cluster analysis genetic distance |
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