| 韩国赤芝全基因组重测序分析 |
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| 引用本文： | 朱风丽,徐晓兰,陈体强,石林春,缪晓青,兰进.韩国赤芝全基因组重测序分析[J].世界科学技术-中医药现代化,2019,21(4):764-774. |
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| 作者姓名： | 朱风丽 徐晓兰 陈体强 石林春 缪晓青 兰进 |
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| 作者单位： | 福建农林大学食品科学学院 福州 350002,福建农林大学蜂学学院 福州 350002,福建省农业科学院食用菌研究所 福州 350014,中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所 北京 100193,福建农林大学蜂学学院 福州 350002,中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所 北京 100193 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金委青年基金项目（81503189）：灵芝三萜MVA途径关键酶基因的转录因子的筛选及功能验证，负责人：徐晓兰；国家自然科学基金委面上基金项目（81573703）：内源生长素对光的响应及在灵芝形态建成中的调控机理，负责人：兰进；福建省科技厅区域发展项目（2018N3014）：赤芝优良品种的引种和选育，负责人：徐晓兰。 |
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| 摘 要： | 目的：探索韩国赤芝与中国赤芝CGMCC5.0026间在基因组水平上存在的差异，为赤芝的遗传育种提供研究基础。方法：采用高通量重测序技术，对韩国赤芝进行全基因组重测序，并对单核苷酸多态位点突变（SNP）、小片段插入缺失变异（InDel）、结构变异（SV）进行检测和注释。对DNA水平变异基因进行KEGG、GO、COG、NR、SwissProt数据库注释。结果：韩国赤芝重测序覆盖深度为44 ×，与中国赤芝CGMCC5.0026相比，共发现10607个基因发生非同义SNP，4774个InDel和1428个SV，共导致9469个基因发生变异。这些变异基因中有转录因子86个，细胞色素P450 195个。结论：本研究通过对中国赤芝和韩国赤芝基因组序列进行比较，为赤芝的分子标记育种和对完善灵芝模式真菌研究体系提供了基础。
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| 关 键 词： | 菌丝生长 全基因组重测序 单核苷酸多肽性（SNP） 小片段插入缺失（InDel） 结构变异（SV） 转录因子 细胞色素P450 |
The Analysis of Whole-genome Resequencing of Ganoderma Lucidum Originated from South Korea |
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| Zhu Fengli,Xu Xiaolan,Chen Tiqiang,Shi Linchun,Miao Xiaoqing and Lan Jin.The Analysis of Whole-genome Resequencing of Ganoderma Lucidum Originated from South Korea[J].World Science and Technology-Modernization of Traditional Chinese Medicine,2019,21(4):764-774. |
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| Authors: | Zhu Fengli Xu Xiaolan Chen Tiqiang Shi Linchun Miao Xiaoqing and Lan Jin |
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| Institution: | College of Food Science, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, China,College of Bee science, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, China,Fujian Academy of Agricultural Sciences, Fuzhou 350014, China,Institute of Medicinal Plant Development, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College, Beijing 100193, China,College of Bee science, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, China and Institute of Medicinal Plant Development, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College, Beijing 100193, China |
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