香附子全长转录组测序及生物信息学分析

目的 通过高通量测序技术获得香附子Cyperus rotundus L.全长转录组的信息特征，为深入挖掘香附子功能基因奠定基础。方法 通过PacBio Sequel高通量测序系统，对香附子根、茎、叶、花4个部位的混样进行全长转录组测序及生物信息学分析。结果 共获得195 722条环形一致性序列（CCS）获得188 243个高质量转录本，并注释了148 563个转录本，检测出4349个转录因子和95 118个简单序列重复（simple sequence repeat，SSR）位点，还预测到64 929个长链非编码RNA（lncRNA）和45 337个mRNA，并通过京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据途径分析了13个参与萜烯合酶合成相关的基因，以及7个参与β-石竹烯合成相关的基因。结论 获得了较为可靠的香附子全长转录组数据，这将显著增强对香附子发育过程中植物化学生物合成调控基础的理解，可为深入研究香附子生物学特性、相关代谢途径、信号通路及分子机制提供数据支持。