| ITS2序列对牛樟等樟属植物鉴定评估及聚类分析研究 |
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| 引用本文： | 闫小巧,李一凡,钟志敏,刘卓斌,刘宏源,赖小平,张桂芳.ITS2序列对牛樟等樟属植物鉴定评估及聚类分析研究[J].中药材,2018(2):280-285. |
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| 作者姓名： | 闫小巧 李一凡 钟志敏 刘卓斌 刘宏源 赖小平 张桂芳 |
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| 作者单位： | 广州中医药大学中医药数理工程研究院/广东省中药新药研发重点实验室;广东茂丰源农业科技有限公司 |
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| 基金项目： | 科技部港澳台科技合作专项(2014DFH30010);基于多学科的南药开发利用关键技术集成示范研究(2012BAI29B09);广东省优秀青年教师培养计划(yq2014042);广州中医药大学"青年英才"第一批培养对象项目(QNYC20120105) |
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| 摘 要： | 目的:应用ITS2序列及其二级结构对牛樟等樟属植物进行鉴定效率评估及聚类分析研究,以期发现与牛樟亲缘关系较近的物种。方法:比较DNA提取试剂盒和改良CTAB法对牛樟等样品总DNA的提取效果;应用Bio Edit v7.0.9.0与MEGA 6.0软件将以ITS2序列进行PCR扩增的目的序列与Gen Bank中同源性较高的同属序列构建系统进化树,并应用ITS2数据库网站预测其二级结构。结果:改良CTAB法提取的DNA纯度比试剂盒稍低,但浓度较高;针对本研究中16个樟属样品,ITS2对其鉴定成功率为62.5%;基于ITS2序列的种间亲缘关系中最接近牛樟的树种为细毛樟。结论:ITS2序列作为植物鉴定条形码之一,对樟属植物鉴别率略低,可见其通用性有待考证;在对于樟属植物的聚类分析研究中,ITS2序列可结合其二级结构构型,为樟属种间遗传关系和亲缘关系鉴定提供参考。
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| 关 键 词： | 牛樟 樟属 总DNA提取方法 ITS2条形码 二级结构 鉴定效率评估 聚类分析 |
Identificating Evaluation and Cluster Analysis Based on ITS2 Sequence of Some Cinnamomum Species Included Cinnamomum kanehirae |
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| YAN Xiao-qiao,LI Yi-fan,ZHONG Zhi-min,LIU Zhuo-bin,LIU Hong-yuan,LAI Xiao-ping,ZHANG Gui-fang.Identificating Evaluation and Cluster Analysis Based on ITS2 Sequence of Some Cinnamomum Species Included Cinnamomum kanehirae[J].Jorunal of Chinese Medicinal Materials,2018(2):280-285. |
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| Authors: | YAN Xiao-qiao LI Yi-fan ZHONG Zhi-min LIU Zhuo-bin LIU Hong-yuan LAI Xiao-ping ZHANG Gui-fang |
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| Institution: | (Mathematical Engineering Academy of Chinese Medicine,Guangdong Provincial Key Laboratory of New Drug Development and Re- search of Chinese Medicine,Guangzhou University of Chinese Medicine,Guangzhou 510006,China;Guangdong Maofengyuan Agricultural Science and Technology Limited Company,Chaozhou 515700,China) |
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| Abstract: | YAN Xiao-qiao;LI Yi-fan;ZHONG Zhi-min;LIU Zhuo-bin;LIU Hong-yuan;LAI Xiao-ping;ZHANG Gui-fang(Mathematical Engineering Academy of Chinese Medicine,Guangdong Provincial Key Laboratory of New Drug Development and Re- search of Chinese Medicine,Guangzhou University of Chinese Medicine,Guangzhou 510006,China;Guangdong Maofengyuan Agricultural Science and Technology Limited Company,Chaozhou 515700,China) |
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| Keywords: | Cinnamomum kanehirae Hayata Cinnamomum genus Total DNA extraction approaches ITS2 barcode Secondary structure Evaluation of identification efficiency Clustering analysis |
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