一种初步快速甄别总肠道病毒的基因分型方法

目的建立并验证总肠道病毒5′-非编码区(5′-non coding region,5′-NCR)PCR扩增测序并在NCBI数据库比对进行生物信息分析的方法,为手足口病的早期快速诊断提供敏感、高效的总肠道病毒分子分型检测方法。方法收集165例临床检测阳性的标本,提取总RNA扩增人肠道病毒A、B、C和D型5′端非编码区用于总肠道病毒初步基因分型,PCR产物测序并在Genbank中进行BLAST分析。结果成功从临床咽拭子标本中扩增了5′-NCR用于基因分型。165例总肠道病毒阳性标本中鉴定出12种肠道病毒类型,有77例人肠道病毒(enterovirus type 71,EV-71),37例人柯萨奇病毒(coxsackievirus,CV)CV-A16,31例CV-A4,20例其它型别。结论 5′-NCR PCR测序是总肠道病毒基因分型和监测的敏感、简单、早期、快速的检测方法。