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基于不同方法的大肠埃希菌分型效果评价
引用本文:梁文娟,胡爱玲,龙金照,朱金钦,段广才.基于不同方法的大肠埃希菌分型效果评价[J].中华流行病学杂志,2022,43(8):1321-1325.
作者姓名:梁文娟  胡爱玲  龙金照  朱金钦  段广才
作者单位:新乡医学院公共卫生学院流行病与卫生统计教研室, 新乡 453003;郑州大学公共卫生学院流行病教研室, 郑州 450001
基金项目:新乡医学院博士课题(XYBSKYZZ201805)
摘    要:目的 评价并验证成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPRs)、血清学和多位点测序分型(MLST)方法对大肠埃希菌分型的效果。方法 使用CRISPRsFinder分析大肠埃希菌全基因组序列的CRISPRs间隔序列,使用在线软件SeroTypeFinder和MLST获得血清型和序列型(ST);采用PCR扩增并分析349株大肠埃希菌CRISPRs,使用CRISPRs间隔序列预测血清型和ST,并比较血清学和MLST分型结果。结果 将I-E型CRISPR/Cas、I-F型CRISPR/Cas和CRISPR3-4分别命名CT-Ⅰ、CT-Ⅱ和CT-Ⅲ。根据CRISPRs间隔序列构成和排列进一步进行分型,203株大肠埃希菌被分为79个CT型别,76个血清型和66个ST。CRISPRs分型的区分能力最强,辛普森指数为0.936。CRISPRs和血清学的关联程度最高,调整兰德指数为0.908。CRISPRs型能进一步区分相同血清或ST产志贺毒素的大肠埃希菌[O157∶H7(ST11)、O104∶H4(ST678)和O26∶H11(ST21)]菌株。扩增实验室菌株的CRISPR1、CRISPR2、CRISPR3、CRISPR4和CRISPR3-4,检出率分别为81.1%、94.5%、1.4%、1.4%和4.6%;根据CRISPRs间隔序列预测O157∶H7(ST11)和ST131准确率分别为95.0%和100.0%。结论 基于CRISPRs的大肠埃希菌的分子分型方法呈现较好的分型效果和临床应用效果,预期可以成为大肠埃希菌分型的重要分子标志物。

关 键 词:大肠埃希菌  成簇规律间隔短回文重复序列  血清型  多位点测序分型
收稿时间:2022/3/3 0:00:00

Evaluation of effect based on different typing methods in Escherichia coli
Liang Wenjuan,Hu Ailing,Long Jinzhao,Zhu Jinqin,Duan Guangcai.Evaluation of effect based on different typing methods in Escherichia coli[J].Chinese Journal of Epidemiology,2022,43(8):1321-1325.
Authors:Liang Wenjuan  Hu Ailing  Long Jinzhao  Zhu Jinqin  Duan Guangcai
Institution:Department of Epidemiology and Statistics, School of Public Health, Xinxiang Medical University, Xinxiang 453003, China;Department of Epidemiology, College of Public Health, Zhengzhou University, Zhengzhou 450001, China
Abstract:
Keywords:Escherichia Coli  Clustered regularly interspaced short palindromic repeats  Serotyping  Multilocus sequence typing
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