| 甘肃省鼠疫耶尔森菌规律成簇间隔短回文重复序列位点多态性分析及地区分布 |
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| 引用本文： | 苏永强,郭丽民,葛亚俊,席进孝,王宇萌,苗克军,吴斌,徐大琴.甘肃省鼠疫耶尔森菌规律成簇间隔短回文重复序列位点多态性分析及地区分布[J].中华流行病学杂志,2020,41(12):2125-2130. |
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| 作者姓名： | 苏永强 郭丽民 葛亚俊 席进孝 王宇萌 苗克军 吴斌 徐大琴 |
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| 作者单位： | 甘肃省疾病预防控制中心鼠疫防制科, 兰州 730020;上海市(复旦大学附属)公共卫生临床中心 201058;中国疾病预防控制中心传染病预防控制所, 北京 102206 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（81560541）；甘肃省卫生行业计划（GSWSKY-2017-21） |
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| 摘 要： | 目的 研究甘肃省鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）的规律成簇的间隔短回文重复序列（CRISPR）位点多态性及地区分布。方法 选取1962－2014年分离的203株鼠疫菌，培养并提取DNA。采用3对CRISPR引物对菌株DNA进行PCR扩增，对PCR产物进行测序。根据菌株CRISPR位点的间区序列种类和排列情况，确定菌株的基因型（类群），采用BioNumerics 5.10软件进行聚类分析。结果 203株鼠疫菌发现有16种间区序列，包括YPa位点9种、YPb位点4种、YPc位点3种，发现新的间区序列a1''。共发现5个CRISPR基因簇，分别为Cb2、Ca7、Ca7''、CaΔ5''、Ca35''。不同的基因簇呈现区域性特征：Cb2主要分布在会宁县、平川区，Ca7主要分布阿克塞哈萨克族自治县；Ca7''主要分布在夏河县；Ca35''主要分布肃北蒙古族自治县、玉门市；CaΔ5''主要集中在肃南裕固族自治县。结论 CRISPR分子分型方法能够较好地区分甘肃省不同疫源地的菌株，且各基因簇呈现一定的区域性特征。对研究甘肃省鼠疫菌进化规律和人间疫情分子生物学溯源有一定意义。
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| 关 键 词： | 鼠疫耶尔森菌 规律成簇的间隔短回文重复序列 基因型 |
| 收稿时间： | 2020/1/7 0:00:00 |
Analysis on clustered regularly interspaced short palindromic repeats loci polymorphism of Yersinia pestis and its area distribution in Gansu province |
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| Su Yongqiang,Guo Limin,Ge Yajun,Xi Jinxiao,Wang Yumeng,Miao Kejun,Wu Bin,Xu Daqin.Analysis on clustered regularly interspaced short palindromic repeats loci polymorphism of Yersinia pestis and its area distribution in Gansu province[J].Chinese Journal of Epidemiology,2020,41(12):2125-2130. |
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| Authors: | Su Yongqiang Guo Limin Ge Yajun Xi Jinxiao Wang Yumeng Miao Kejun Wu Bin Xu Daqin |
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| Institution: | Department of Plague Control and Prevention, Gansu Provincial Center for Disease Control and Prevention, Lanzhou 730020, China;Shanghai Public Health Clinical Center, Fudan University, Shanghai 201058, China;National Institute for Communicable Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing 102206, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Yersinia pestis Clustered regularly interspaced short palindromic repeats Genotyping |
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