| 基于CRISPR/Cas的大肠埃希菌分子标志物的监测研究 |
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| 引用本文： | 梁文娟,张荣光,段广才,洪丽娟,张冰,郗园林,杨海燕,陈帅印,娄婷叶,赵永新.基于CRISPR/Cas的大肠埃希菌分子标志物的监测研究[J].中华流行病学杂志,2016,37(8):1080-1086. |
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| 作者姓名： | 梁文娟 张荣光 段广才 洪丽娟 张冰 郗园林 杨海燕 陈帅印 娄婷叶 赵永新 |
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| 作者单位： | 450001 郑州大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系;450001 郑州大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系;450001 郑州大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系;450001 郑州大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系;450001 郑州大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系;450001 郑州大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系;450001 郑州大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系;450001 郑州大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系;453100 新乡医学院第一附属医院检验科;453003 新乡医学院第三附属医院检验科 |
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| 基金项目： | 国家科技重大专项（2013ZX10004607）；新乡医学院分子诊断与医学检验技术河南省协同创新中心（XTCX-2015-PY4） |
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| 摘 要： | 目的 探讨基于CRISPR/Cas的大肠埃希菌分子标志物的监测研究。方法 通过BLAST收集GenBank数据库中135株全基因组测序大肠埃希菌、203株鸟枪法测序大肠埃希菌的CRISPR/Cas和PCR扩增、测序获得本实验室保存361株大肠埃希菌（包括38株大肠埃希菌O157：H7）的CRISPR序列，应用CRISPR Finder在线软件分析CRISPR特征、DNAMAN软件进行间隔序列的比对，使用Clustal Ⅹ进行cas多序列比对和Mega 5.1软件构建系统进化树。结果 本研究以全新的视角对大肠埃希菌的CRISPR/Cas位置进行描述；结果显示，135株全基因组测序、203株鸟枪法测序和361株本实验室测序的大肠埃希菌中分别有77.04%、100.00%和75.62%的大肠埃希菌具有CRISPR1，分别有74.81%、100.00%和92.24%的大肠埃希菌具有CRISPR2，分别有11.85%、0和1.39%的大肠埃希菌具有CRISPR3和CRISPR4；GenBank数据库下载的全基因组测序的1株和本实验室测序的2株大肠埃希菌存在4个CRISPR位点；缺少cas的CRISPR1下游有插入序列存在。在699株大肠埃希菌中，8株O55：H7、180株O157：H7、8株O157：HNM、40株O104：H4、4株O145：H28有独特的CRISPR；间隔序列的缺失可发生在CRISPR中间；依据I-E和I-F的cas构建系统发育树，均可分为两类。结论 大肠埃希菌的CRISPR/Cas可能作为鉴定强毒株大肠埃希菌或者新型菌株的分子标志物。间隔序列的缺失或获得可能与噬菌体有关。
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| 关 键 词： | 大肠埃希菌 成簇的规律间隔短回文重复序列 分子标志物 |
| 收稿时间： | 2016/3/21 0:00:00 |
A surveillance study on CRISPR/Cas molecular biomarker in Escherichia coli |
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| Liang Wenjuan,Zhang Rongguang,Duan Guangcai,Hong Lijuan,Zhang Bing,Xi Yuanlin,Yang Haiyan,Chen Shuaiyin,Lou Tingye and Zhao Yongxin.A surveillance study on CRISPR/Cas molecular biomarker in Escherichia coli[J].Chinese Journal of Epidemiology,2016,37(8):1080-1086. |
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| Authors: | Liang Wenjuan Zhang Rongguang Duan Guangcai Hong Lijuan Zhang Bing Xi Yuanlin Yang Haiyan Chen Shuaiyin Lou Tingye and Zhao Yongxin |
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| Institution: | Department of Epidemiology, College of Public Health, Zhengzhou University, Zhengzhou 450001, China;Henan Innovation Center of Molecular Diagnosis and Laboratory Medicine, Xinxiang Medical University, Xinxiang 453003;Department of Epidemiology, College of Public Health, Zhengzhou University, Zhengzhou 450001, China;Department of Epidemiology, College of Public Health, Zhengzhou University, Zhengzhou 450001, China;Henan Innovation Center of Molecular Diagnosis and Laboratory Medicine, Xinxiang Medical University, Xinxiang 453003;Department of Epidemiology, College of Public Health, Zhengzhou University, Zhengzhou 450001, China;Department of Epidemiology, College of Public Health, Zhengzhou University, Zhengzhou 450001, China;Department of Epidemiology, College of Public Health, Zhengzhou University, Zhengzhou 450001, China;Department of Epidemiology, College of Public Health, Zhengzhou University, Zhengzhou 450001, China;Department of Epidemiology, College of Public Health, Zhengzhou University, Zhengzhou 450001, China;Laboratory Department, The First Affiliated Hospital of Xinxiang Medical University, Xinxiang 453100, China;Laboratory Department, The Third Affiliated Hospital of Xinxiang Medical University, Xinxiang 453003, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Escherichia coli Clustered regularly interspaced short palindromic repeats/cas Molecular biomarker |
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