| 基于生物信息学分析的卵巢癌微小RNA调控网络的初步构建 |
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| 引用本文： | 李丹丹,丁世家,陈维贤.基于生物信息学分析的卵巢癌微小RNA调控网络的初步构建[J].国际检验医学杂志,2019,40(2):132-135. |
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| 作者姓名： | 李丹丹 丁世家 陈维贤 |
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| 作者单位： | 重庆医科大学第二附属医院检验科,重庆,400010;重庆医科大学临床检验诊断学教育部重点实验室,重庆,400016 |
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| 摘 要： | 目的在生物信息学分析基础上初步构建卵巢癌微小RNA(miRNA)及长链非编码RNA(lncRNA)调控网络,探讨miRNA在卵巢癌细胞中的分子调控机制。方法通过miRwalk 2.0及HMDD v2.0精准查询与卵巢癌相关且功能明确的miRNA,根据miRwalk 2.0软件出现频次进行筛选,明确其对应靶基因表达情况。在lncRNA疾病数据库中查询与卵巢癌相关的lncRNA,运用starBase v2.0对所得到的miRNA和lncRNA进行综合分析,筛选出与上述miRNA相互作用的且与卵巢癌相关的lncRNA。通过Cytoscape软件绘制miRNA在卵巢癌中的分子调控网络。结果 hsa-let-7a、hsa-mir-21、hsa-miR-16、hsa-mir-17、hsa-mir-19b、hsa-mir-29a、hsa-mir-92a是介导卵巢癌调控的高频miRNA,成功获取了有关miRNA在卵巢癌中的分子调控网络;初步明确了高频miRNA。lncRNA与miRNA匹配分析发现,lncRNA X(染色体)失活特异性转录物(XIST)作为核心调控因子与高频miRNA相互作用介导卵巢癌基因调控。结论利用生物信息学分析技术成功描绘了一张与卵巢癌相关的miRNA分子调控网络,miRwalk、HMDD、starBase等数据库可有效地用于miRNA与疾病关系的研究。
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| 关 键 词： | 微小RNA 卵巢癌 长链非编码RNA 数据库 |
Construction of microRNA-mediated gene regulatory networks of ovarian cancer based on bioinformatic analysis |
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| LI Dandan,DING Shijia,CHEN Weixian.Construction of microRNA-mediated gene regulatory networks of ovarian cancer based on bioinformatic analysis[J].International Journal of Laboratory Medicine,2019,40(2):132-135. |
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| Authors: | LI Dandan DING Shijia CHEN Weixian |
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| Institution: | (Department of Clinical Laboratory,the Second Affiliated Hospital of Chongqing Medical University,Chongqing 400010,China;Key Laboratory of Diagnostic Medicine Designated by the Ministry of Education,Chongqing Medical University,Chongqing 400016,China) |
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| Abstract: | LI Dandan;DING Shijia;CHEN Weixian(Department of Clinical Laboratory,the Second Affiliated Hospital of Chongqing Medical University,Chongqing 400010,China;Key Laboratory of Diagnostic Medicine Designated by the Ministry of Education,Chongqing Medical University,Chongqing 400016,China) |
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| Keywords: | mircoRNA ovarian cancer long non-coding RNA database |
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