| 基于MATLAB的隐马尔可夫模型预测蛋白质结构类 |
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| 引用本文： | 杨惠云,石鸥燕,乔海晅,田心.基于MATLAB的隐马尔可夫模型预测蛋白质结构类[J].国际生物医学工程杂志,2012,35(6). |
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| 作者姓名： | 杨惠云 石鸥燕 乔海晅 田心 |
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| 作者单位： | 1. 300070,天津医科大学生物医学工程学院
2. 天津医科大学基础医学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金青年基金项目，天津医科大学科学基金项目 |
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| 摘 要： | 目的 准确预测蛋白质结构类,为研究其空间结构及生物功能打下基础.方法 应用隐马尔可夫模型(HMM)预测蛋白质结构类,分别构建3-状态HMM和8-状态HMM.数据来源于Chou和Zhou构建的蛋白质数据集,分别包含有204条蛋白质序列和498条蛋白质序列,通过留一法预测其准确率.结果 所构建的3-状态HMM和8-状态HMM对全α类的预测准确率最高,尤其是3-状态HMM的预测准确率达到95％以上.与Chou数据集相比,Zhou数据集对于全β类和α/β类的预测准确率也有所提高,同时,总体预测率也提高了2％左右；但α+β类的预测准确率有所下降.结论 将整条蛋白质序列作为预测模型的输入信息所构建的HMM模型能有效地预测蛋白质的结构类.
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| 关 键 词： | 蛋白质结构类 预测 隐马尔可夫模型 3-状态 8-状态 |
Hidden Markov model for protein structural class prediction based on MATLAB |
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| YANG Hui-yun
,
SHI Ou-yan
,
QIAO Hai-xuan
,
TIAN Xin.Hidden Markov model for protein structural class prediction based on MATLAB[J].International Journal of Biomedical Engineering,2012,35(6). |
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| Authors: | YANG Hui-yun SHI Ou-yan QIAO Hai-xuan TIAN Xin |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Protein structural class Prediction Hidden Markov model 3-state 8-state |
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