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基于生物信息学方法分析氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制题录
作者姓名:刘厚美  白国辉  陈彬  李运航  刘霞  黄婷  田源
作者单位:1. 遵义医科大学口腔医学院;2. 贵州省普通高等学校口腔疾病研究特色重点实验室;3. 遵义医科大学第一临床学院
基金项目:国家自然科学基金(81960198);
摘    要:目的探讨氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制。方法取小鼠成釉细胞株(LS8细胞), 根据氟化钠(NaF)终浓度分为对照组(0.0 mmol/L NaF)和染氟组(1.6 mmol/L NaF)。对两组细胞进行转录组测序, 筛选差异表达基因(DEGs), 对DEGs进行基因本体(GO)分析及基因集富集分析(GSEA)。采用STRING数据库构建DEGs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络, 使用Cytoscape 3.8.0软件对PPI网络进行可视化, 筛选关键模块和关键基因。同时, 使用实时荧光定量PCR检测关键基因mRNA表达水平, 并通过基因表达数据库(GEO数据库)对关键基因进行验证。结果染氟组与对照组比较, 共有709个DEGs, 其中上调基因223个, 下调基因486个。DEGs的GO分析主要涉及受体配体活性、细胞黏附分子结合、细胞外基质结构成分等分子功能, 细胞外基质胶原蛋白、受体复合物、膜筏等细胞组分, 外部封装结构组织、细胞外结构组织、细胞外基质组织等生物学过程。全基因集的GSEA发现, 白细胞介素-17(IL-17)信号通路、真核生物中的核糖体生物发生、核因子κB(NF-...

关 键 词:  成釉细胞  差异表达基因  生物信息学
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