濒危紫皮石斛叶绿体基因组结构及系统发育分析

目的 解析紫皮石斛Dendrobium devonianum叶绿体基因组特征,并探讨石斛属系统发育关系。方法 采用Illumina技术对紫皮石斛进行测序,对其叶绿体基因组进行组装、注释和分析,并基于共有编码基因序列构建系统发育树。结果 紫皮石斛叶绿体基因大小为146 493 bp,总GC含量为37.4%;其大单拷贝区、小单拷贝区长度分别为84 932、13 036 bp,反向互补重复区为24 263 bp;共编码118个基因,包括72个蛋白质编码基因,38个tRNA基因和8个rRNA基因。密码子偏好分析表明,亮氨酸是紫皮石斛叶绿体基因组中使用频次最高的氨基酸。系统发育分析表明,紫皮石斛未形成单系,与兜唇石斛D.aphyllum构成姊妹关系;瘦轴组的重唇石斛D.hercoglossum和钩状石斛D.aduncum与石斛组其他物种聚为一支。结论 紫皮石斛叶绿体基因组呈典型四分体结构,其与兜唇石斛亲缘关系最近;瘦轴组的重唇石斛和钩状石斛与石斛组亲缘关系更近,并入石斛组更合理。