| 款冬转录组SSR标记开发及其多态性研究 |
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| 引用本文： | 贺润丽,韩毅丽,段静静,刘计权,王莉花.款冬转录组SSR标记开发及其多态性研究[J].中草药,2019,50(20):5026-5032. |
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| 作者姓名： | 贺润丽 韩毅丽 段静静 刘计权 王莉花 |
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| 作者单位： | 山西中医药大学中药学院, 山西 太原 030619,山西中医药大学中药学院, 山西 太原 030619,山西中医药大学中药学院, 山西 太原 030619,山西中医药大学中药学院, 山西 太原 030619,云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所, 云南省农业生物技术重点实验室, 农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室, 云南 昆明 650223 |
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| 基金项目： | 山西省自然科学基金项目（201601D011124）；山西省中药现代化关键技术研究振东专项（2016ZD0108）；山西省国际科技合作项目（2012081045-1） |
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| 摘 要： | 目的分析款冬转录组数据的简单重复序列标记(SSR)位点信息并设计特异引物,以期为款冬分子标记辅助育种提供有力工具。方法对款冬转录组测序数据库中长度1 kb以上的18 938条unigene,利用MISA软件搜索SSR位点信息,利用Primer3设计引物,并随机选择55对SSR引物分析18份不同来源款冬材料的多态性。结果共搜索到4688个SSR位点,分布于3844条unigene中,SSR出现频率为24.75%,平均7979bp含1个SSR位点。SSR位点中三核苷酸重复类型出现频率最高(37.12%),其次是单核苷酸重复(32.36%)和二核苷酸重复(28.20%)。共有60种重复基元,其中A/T(31.42%)、AG/CT(12.80%)、ATC/ATG(9.62%)是优势重复基元。随机选择55对引物进行多态性验证分析,其中42对有扩增产物,14对具稳定可重复的多态性;利用UPGMA作图,将18份样品分为3类。结论款冬转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富,多态性高,为其遗传多样性分析、遗传图谱构建和分子标记辅助育种等研究提供了候选分子标记。
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| 关 键 词： | 款冬 转录组 简单重复序列标记 多态性 PCR |
| 收稿时间： | 2019/4/6 0:00:00 |
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