2009年云南省柯萨奇病毒B5分离株A210／KM／09全基因序列分析

目的分析柯萨奇病毒B5(cvB5)云南分离株A210／KIVI／09全基因序列及其遗传特性。方法设计针对CVB5引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列，利用Mega 4.1、RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析全基因序列。结果CVB5 A210／K1w09全基因组核苷酸序列长度为7 372 bp，编码含2 18,5个氨基酸残基的多聚蛋白；A210／KNU09全基因组核苷酸及所推导的氨基酸与CVB5／CCl0／10同源性最高，其同源性分别为92.5%和97.3%；而与其他CVB5毒株如17Y、19CSF、20CSF、1954／85，US、2000／CSF／KOR、03001N、CoxB5／Henard2010、CVB5／SD／09和Faulkner核苷酸和氨基酸同源性分别为80.1%一925%和95.0%一97.3%；A210／K_M／09与其他CVB5毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为75.3%～96.3%和85.3%，100.0%，其中与VP3、3D区段核苷酸的同源性最低。基于CVB5全长VPl基因序列进行种系进化分析，可将CVB5分为A、B、C和D4个基因型，其中C基因型可再分为CI～c4基因亚型，D基因型再分为D1。D4基因亚型。中国CVB5流行株主要聚集在C4基因亚型，国外流行株主要聚集在Dl、C2亚型。结论A2 10／KM／09分离株为C4：基因型。