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慢性镉暴露下食管鳞状细胞癌细胞的lncRNA-mRNA共表达网络分析
作者姓名:彭琳  曾明钦  陈炯玉  张厦蓉  朱芮  黄裔腾
作者单位:1. 汕头大学医学院附属肿瘤医院中心实验室;2. 汕头大学医学院附属第一医院健康管理中心
基金项目:广东省自然科学基金(2020A1515010945);;国家自然科学基金(2016A030313062);
摘    要:目的:构建食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞在慢性低浓度镉暴露诱导下的长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA的共表达网络,探讨关键lncRNA和mRNA在镉促ESCC演进及放化疗抵抗中的潜在功能及分子机制。方法:EC109细胞持续暴露于5μmol/L氯化镉培养12周,构建慢性镉暴露ESCC细胞模型CCT-EC109。采用Illumina NovaSeq 6000系统对暴露株CCT-EC109和亲本株EC109细胞进行全转录组测序,运用生物信息学方法分析差异lncRNA和mRNA表达谱,利用基因本体(GO)和京都基因与基因组大百科全书(KEGG)对差异lncRNA的靶基因进行功能分析,根据Pearson相关系数利用Cytoscape软件构建lncRNA-mRNA共表达网络,并对筛选的lncRNA和mRNA进行实时荧光定量PCR(qPCR)验证。结果:EC109细胞与CCT-EC109细胞存在差异表达lncRNA(DE-lncRNA) 2 794个,差异mRNA(DE-mRNA) 4 267个;DE-lncRNA的靶基因与DE-mRNA取交集,获得1 546个DE-lncRNA调控的镉暴露...

关 键 词:  食管鳞状细胞癌  长链非编码RNA  信使RNA  共表达网络
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