华支睾吸虫Rab家族蛋白结构及演化的生物信息学分析

目的鉴定华支睾吸虫基因组中Rab家族基因并进行分类。方法使用MEGA5中的Muscle模块对秀丽线虫Rab进行多序列比对,以该比对结果作为查询,对华支睾吸虫蛋白数据库进行PSI-Blast搜索,使用Clustal W模块获得华支睾吸虫Rab蛋白家族序列,并根据比对结果定义Rab功能域(Rab F1~Rab F5)。使用MEGA5软件的邻接法建立华支睾吸虫Rab GTPases之间的系统进化树。再使用邻接法构建多物种Rab同源蛋白序列系统进化关系树。结果用PSI-Blast搜索华支睾吸虫基因组数据库,获得54个同源基因。这54个可能的Rab家族蛋白中有21个蛋白与参考序列的同源性超过50%。这些蛋白的编码基因由多个内含子和外显子组成,且序列长短不一,读码方向也不同。不同的Rab蛋白聚类形成多个Rab蛋白亚型,与Rab家族具有多种Rab蛋白种类相一致。结论华支睾吸虫Rab蛋白家族进化具有保守性,蛋白的分化与物种的分化相一致。