| 基于协同智能的膜蛋白相互作用及其网络特性的研究 |
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| 引用本文： | Shen Y,Ding Y,Hao K. 基于协同智能的膜蛋白相互作用及其网络特性的研究[J]. 生物医学工程学杂志, 2011, 28(4): 658-662 |
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| 作者姓名： | Shen Y Ding Y Hao K |
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| 作者单位： | 东华大学信息科学与技术学院;数字化纺织服装技术教育部工程研究中心; |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(60975059,60775052); 教育部高等学校博士学科点专项科研基金资助项目(20090075110002); 上海市科学技术委员会重点基础研究项目资助(08JC1400100,09JC1400900,10JC1400200) |
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| 摘 要： | 膜蛋白及其相互作用网络已经成为现在生物信息学领域研究的一个新方向。本文提出了一种基于协同智能的膜蛋白相互作用及其网络的研究方法。这里所说的协同智能指的是谱分析、模糊K近邻(KNN)算法等方法的集成。我们将生物系统看作是一系列的计算组件,这些组件之间在外界环境下相互作用可以根据要求构造出膜蛋白相互作用网络。基于以上所提出的方法,可以更加深入地发现膜蛋白相互作用及其网络具有一定的动态和集成特性,比如小世界网络、无标度分布以及分层模块结构。这些性质类似于其他已经得到广泛研究过的蛋白质相互作用及其网络。针对这些膜蛋白相互作用及其网络特性的研究将有助于以后更深入开展一些相关生物和药物的研究。
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| 关 键 词： | 膜蛋白相互作用网络 协同智能 谱分析 模糊K近邻算法 小世界网络 无标度分布 分层模块结构 |
The study on the characters of membrane protein interaction and its network based on integrated intelligence method |
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| Shen Yizhen,Ding Yongsheng,Hao Kuangrong. The study on the characters of membrane protein interaction and its network based on integrated intelligence method[J]. Journal of biomedical engineering, 2011, 28(4): 658-662 |
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| Authors: | Shen Yizhen Ding Yongsheng Hao Kuangrong |
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| Affiliation: | Shen Yizhen1 Ding Yongsheng1,2 Hao Kuangrong1,21(College of Information Sciences and Technology,Donghua University,Shanghai 201620,China)2(Engineering Research Center of Digitized Textile & Fashion Technology,Ministry of Education,China) |
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| Abstract: | Membrane protein and its interaction network have become a novel research direction in bioinformatics.In this paper,a novel membrane protein interaction network simulator is proposed for system biology studies by integrated intelligence method including spectrum analysis,fuzzy K-Nearest Neighbor(KNN) algorithm and so on.We consider biological system as a set of active computational components interacting with each other and with the external environment.Then we can use the network simulator to construct mem... |
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| Keywords: | Membrane protein interaction network Integrated intelligence method Spectrum analysis Fuzzy K-Nearest Neighbor(KNN) algorithm Small-world network Scale free distributing Hierarchical module structure |
| 本文献已被 CNKI PubMed 等数据库收录！ |
