hsa-miR-5688在肝细胞癌中靶途径预测体系的构建与验证

目的 构建并预测在原发性肝细胞癌(肝癌)中hsa-miR-5688的靶途径及调控机制,并通过TCAG数据库和串联质量标签(TMT)标记LC-MS/MS蛋白质测序方法验证其结果,以期构建准确高效的微小RNA(miRNA,miR)靶途径预测方案.方法 通过五大线上数据库筛选hsa-miR-5688靶基因,对细胞定位、分子功能、信号通路、疾病、组织表达和基因互作进行富集分析,构建分析策略,预测其靶途径及调控机制.利用TCAG数据库分析调控途径中靶基因的mRNA表达量、突变频率和生存曲线;基于肝癌复发和预后良好的肝癌组织标本,应用TMT标记蛋白质结合LC-MS/MS方法对靶途径中的互作蛋白进行定量检测,以验证预测体系的正确性.结果 预测获得hsa-miR-5688调控的靶基因,包括信使RNA(mRNA)3031个,环状RNA(circRNA)1511个;代谢通路、细胞定位、分子功能、疾病、组织表达等富集结果经多重分析发现,靶基因RHOBTB1和UBE2W共同参与的泛素化蛋白降解途径是其调控肝癌进程的最关键信号通路.TCAG临床数据分析表明,泛素化途径的靶基因mRNA表达量在肝癌组织中明显高于正常肝组织,且基因突变会明显降低患者生存率.TMT标记蛋白质结合LC-MS/MS分析表明,与RHOBTB1和UBE2W互作的蛋白质泛素化降解相关基因UBA5、NEDD4L、UBE3C和USP14直接参与肝癌复发调控.结论 hsa-miR-5688可通过泛素化蛋白降解途径参与肝癌发生和复发进程,证明通过优化生物信息学构建快速预测miRNA靶途径的体系具有一定的高效性和准确性.

Construction and validation of a target pathway prediction system for hsa-miR-5688 in hepatocellular carcinoma