基于DNA条形码鉴定豆蔻类中药材

目的：利用ITS2序列对豆蔻类中药材进行DNA条形码鉴定研究。方法：本文采集了包括豆蔻两个基原白豆蔻Amomum kravanh与爪哇白豆蔻Amomum compactum、红豆蔻Alpinia galanga、草豆蔻Alpinia katsumadai等在内的70份样品，采用试剂盒法提取基因组DNA，应用Primer premier 5.0设计引物，通过聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction，PCR）扩增其ITS2序列，并对PCR产物进行双向测序，所得序列经CodonCode Aligner V3.71拼接后，采用MEGA5.0 软件进行序列比对，计算种内和种间距离，构建邻接树（Neighbor-joining tree，NJ Tree）。ITS2序列采用基于隐马尔可夫模型（Hidden Markov model，HMM）的注释方法获得。结果：通过新设计引物扩增的序列可以注释到5.8 S与28 S，扩增序列位于ITS2间隔区。采用新设计的引物，所有实验样品均可获得ITS2序列，NJ树结果显示不同种豆蔻类药材分别聚为一支，可以互相区分，且可以与其混伪品相互区分。另外，通过序列比对发现有5个SNP（s）存在于豆蔻与其它物种种间，且有2个稳定的SNP（s）存在于白豆蔻和爪哇白豆蔻种间，可用于二者的准确鉴定。结论：ITS2序列作为DNA条形码可准确稳定地鉴别不同种豆蔻类药材，本研究将为保障临床安全用药提供新的技术手段。

Identification of Amomi Fructus Rotundus Based on DNA Barcoding