| 摘 要： | ![]()
目的对不同基因型的丙型肝炎病毒(HCV)的E1、E2蛋白进行生物信息学比较分析,以找出重要的生物信息学数据。方法从Gene Bank中获取不同基因型HCV的E1、E2蛋白核苷酸与氨基酸序列,运用DNA Star,ClustalX,Bio Edit等国际通用的软件进行氨基酸和核苷酸的序列比对,计算核苷酸和氨基酸同源性。在线软件TMHMM v2.0分析E1、E2蛋白跨膜区。AntheProt5.0软件分析二级结构。结果 E1氨基酸起始于aa 193—aa196和终止于aa 382—aa 383,E2蛋白氨基酸起始于aa 384和终止于aa 744—aa 754。不同基因型间E1、E2蛋白基因核苷酸同源性为59.7%~77.0%,氨基酸同源性为60.6%~82.8%。E1、E2蛋白存在3个跨膜区:E1存在2个跨膜区,位于aa 273—aa 293和aa 363—aa 383;E2蛋白存在1个跨膜区,位于aa 723—aa 744。二级结构分析发现不同型HCV E1、E2蛋白富含α螺旋(21%~30%),β折叠(26%~36%)和卷曲结构(43%~48%)。结论HCV E1、E2核苷酸和氨基酸序列表现为较大的异质性,其蛋白跨膜区富含α螺旋,胞外区以β折叠为主。
|
