从少量人源粪便中分离隐孢子虫用于全基因组测序的研究

目的 直接从少量人源粪便样本中分离、纯化隐孢子虫卵囊，提取并扩增DNA，使其浓度和纯度符合全基因组测序（WGS）要求。方法 2013年12月-2014年10月收集来自美国佛罗里达州、爱达荷州和缅因州11份少量人源隐孢子虫粪便样本，每份200 mg，使用免疫磁珠分离（IMS）进行纯化卵囊；2014年8-12月收集来自美国农业部52份牛源隐孢子虫粪便样本作为对照，每份2 000 mg，采用饱和蔗糖、氯化铯密度梯度离心法和IMS等方法纯化卵囊。均使用QIAamp DNA Mini试剂盒提取基因组DNA，然后采用REPLI-g MIDI试剂盒进行全基因组扩增（WGA）；最后通过定量PCR(qPCR)对WGA产物进行评估。结果 11份人源隐孢子虫WGA产物的DNA浓度为68.00～257.80 ng/μL。qPCR对隐孢子虫小亚基rRNA基因（SSU rRNA）扩增显示，11个分离株的循环数阈值（Ct）范围为8.92～19.23, Ct值越小表明隐孢子虫基因组DNA浓度越高；其中有6个分离株Ct <15,54.54%的分离株满足WGS要求。52份牛源隐孢子虫WGA产物的DNA浓度为27.2...