利用尼罗罗非鱼EST序列筛选免疫抗病相关基因及多态性分析

利用生物信息学方法对尼罗罗非鱼ESTs序列进行基因功能注释和免疫抗病基因筛选。研究结果表明，在120991条EST序列中有60852（50．29％）条与已知的斑马鱼蛋白质相匹配，共获得11157个基因，分属于22个生物学功能。其中32个免疫抗病基因中补体因子和趋化因子相关基因有15个基因，占46．88％。结合运用生物信息学软件对补体因子和趋化因子进行多态性SNP分析，共发现8个基因中的140个SNP位点。其中补体c2基因的突变率最高，达7．57％。提示这些基因有较快的进化速率。本文为今后利用公共数据库中ESTs序列分析SNP位点，建立免疫抗病分子标记提供了新的思路。