16SrRNA基因克隆文库用于菌群分析的效能研究和评价

目的建立16SrRNA基因克隆文库进行菌群相对定量的方法，评价其对细菌的检测效率以及对混合菌群巾低含量细菌的分析能力。方法取脆弱类杆菌等9种细菌以相同及级差比例制备细菌悬液，分别用或不用变溶菌素处理后，用试剂盒提取核酸，16SrRNA基因通用引物进行PCR扩增、纯化、连接、克隆和测序，建立16SrRNA基因克隆文库，将序列与数据库进行比对分析。结果相同比例制备的菌悬液，加或不加变溶菌素提取的核酸，掺入的9种细菌均可检出。级差比例制备的菌悬液，加变溶菌素提取核酸，掺入的9种细菌均可检出；不加变溶菌素提取核酸，数量少难裂解的革兰阳性菌双歧杆菌未能检出。混合菌悬液中各种细菌的比例与文库反映的各种细菌的比例有数量对应关系，但不是线性对应关系。结论16SrRNA基因序列分析是一种较好的细菌菌群分析方法，它可以同时检出多种细菌，并能对混合细菌标本进行菌群相对定量，反映菌群中各种细菌的丰度，但不能准确定量菌群中各种细菌的数量。