基于多数据库分析RIT1在肝细胞癌中的表达及预后

目的 获取Ras亚家族新分支的创始成员RIT1蛋白(GTP-binding protein Rit1,RIT1)在肝细胞癌(hepa-tocellular carcinoma,HCC)中的表达水平数据,分析RIT1及其共表达基因在HCC发生发展过程中的作用.方法 通过Oncomine数据库和癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库分析RIT1基因在HCC中的表达,及临床特征和预后的关系.利用cBioportal在线分析工具分析RIT1在HCC中的突变情况,并通过GeneMina数据库分析与RIT1相互作用的蛋白.基于LinkedOmics数据库筛选与RIT1在HCC中共表达的蛋白并分析其参与的信号通路.结果 HCC组织中RIT1 mRNA表达和DNA拷贝数变异(copy number variation,CNV)显著高于正常组织(P＜0.01),HCC患者中肿瘤组织的RIT1转录水平显著高于正常组织;随着肿瘤等级和疾病阶段的升高,RIT1的表达量具有升高的趋势.在360例HCC样本中共有62例发生RIT1基因变异,变异率约为17.2％.生存曲线分析显示,RIT1高表达组和RIT1变异组的总体生存期短于RIT1低表达组和无变异组(P＜0.01).RAF原癌基因丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase,RAF)、神经营养的酪氨酸激酶 1 型受体(neurotrophic receptor tyrosine kinase 1,NTRK1)、Ral 鸟嘌呤核苷酸解离刺激剂样蛋白 1(Ral GDP dissociation stimulator like 1,RGL1)、神经生长因子(nerve growth factor,NGF)、RLF 锌指蛋白、鸟嘌呤核苷酸解离刺激因子(Ral guanine nucleotide-dissociation stimulator,RalGDS)、干扰素相关发育调节因子 1(interferon-related developmental regulator 1,IFRD1)、Ras 相关蛋白 1b(RAS-related protein Rap-1b,RAP1B)、Kelch 样家族成员 12(Kelch like family member 12,KLHL12)、MLLT4、母系DPP 同源物3(mothers against decapentaplegic homolog 3,Smad3)等蛋白与 RIT1 具有明显的相互作用,STX6、MPZL1、PKM2、RNF24和SOAT1等蛋白在HCC中与RIT1共表达,这些蛋白主要涉及小G蛋白信号转导、Ras信号通路和神经营养因子TRK受体信号通路,能够促进DNA构象改变、有丝分裂和细胞周期等.结论 RIT1在HCC组织中呈高表达,具有较高的基因变异频率,并且与患者预后不良相关,为之后深入研究RIT1在HCC发生发展中的作用提供了理论依据.

Utilizing Databases to Study the Expression of RIT1 in Liver Cancer and Its Prognostic