青海地区喜马拉雅旱獭疫源地鼠疫菌基因组时空演变及其生态适应分析

目的探索青海地区喜马拉雅旱獭疫源地鼠疫菌基因组时空演变及其影响因素。方法采用判断抽样选取青海地区喜马拉雅旱獭疫源地自然分离到的鼠疫菌556株,对其基因组型DFR数据进行分析,采用鼠疫菌基因组分型和空间流行病学方法,绘制鼠疫菌基因组DFR时空演变专题地图,综合分析鼠疫菌基因组时空演变特征及其趋势,探索鼠疫菌基因组时空演变影响因素。结果青海地区喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地鼠疫菌DFR分型存在着明显的时空差异。在空间尺度上,5型和8型分布广泛,其中5型主要分布在玉树和唐古拉地区,8型主要分布在海南、海西和海北等地;32型仅存在唐古拉地区,44型则分布在海北的祁连、门源2个地区。在时间尺度上,各地分离到的鼠疫菌基因组DFR型别均有不同程度的种群替代,这一特点在玉树地区表象尤为明显。结论鼠疫菌基因组型时空分布及其演变受鼠疫疫源地所在的生态环境的综合影响,而气候因素是其中的一个重要环节,这将为基于生态流行病学和基因组流行病学的现代鼠疫防治和学科建设提供参考依据。